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Hilfe bei der Bearbeitung von Transkriptlängen mit bestimmten Bereichen in JMP

Ich habe ca. ~ 60.000 Transkriptlängen im Längenbereich von 200 bis 10.000, die ich mit Hilfe von Binning in ihrer Längenverteilung darstellen möchte. 3000,> 3000), wobei der letzte Behälter alle Längen> 3000 enthält. Bisher konnte ich das nicht herausfinden (neu bei JMP). Ich habe alle Transkripte in einer Spalte, einen Wert pro Zeile.

 

Vielen Dank,

 

Johnny

Betreff: Hilfe bei der Bearbeitung von Transkriptlängen mit bestimmten Bereichen in JMP

Vielen Dank für dieses Skript, es hilft sehr. Ich hatte keine Ahnung, dass Sie in JMP ein Skript erstellen könnten.

 

Johnny

Betreff: Hilfe bei der Bearbeitung von Transkriptlängen mit bestimmten Bereichen in JMP

Dazu erstellen Sie einfach eine neue Spalte und verwenden eine relativ einfache Formel, um die Behälter zu erstellen.  Hier ist ein Skript, das das tut, was Sie möchten. Sie können dies jedoch interaktiv erstellen, indem Sie die neue Spalte erstellen und dann den Formeleditor verwenden, um den Code für die Formel zu erstellen

Names Default To Here( 1 );
// Create an example data table
dt = New Table( "Bin",
 add rows( 60000 ),
 New Column( "value", numeric, formula( Random Normal( 1500, 600 ) ) )
);
// Make sure all 60,000 get processed before proceeding
wait(2);
// Remove the formula to make the values "real" not virtual values
dt:value << delete property( "formula" );

// Create a new column with a binning formula you want
dt << New Column( "Bin",
 character,
 formula(
  If(
   :value < 250, "<250",
   :value < 500, "250-499",
   :value > 3000, ">3000",
   Char( 500 * Floor( :value / 500 ) ) || "-" || Char(
    500 * Ceiling( :value / 500 ) - 1
   )
  )
 )
);

// Since the bin values will not display alphabetically, set the Value Ordering
// column property to make sure the ordering will display properly
dt:bin << set property(
 "value ordering",
 {"<250", "250-499", "500-999", "1000-1499", "1500-1999", "2000-2499", "2500-2999", ">3000"}
);

PS

Ich glaube, dass Sie Ihren Kommentar finden werden " Jede Idee, wie dies möglich ist, wenn überhaupt möglich? "Wird zu einer Nicht-Frage, oder es wird zumindest auf den ersten Teil der Frage" Eine Idee, wie dies zu tun? "Abgeändert.  Mit JMP und JSL kann fast alles, was Sie brauchen, gefunden oder erstellt werden.