Aide PCA 3DPeut-être une question PCA stupide : juste pour être sûr, je veux comparer mes sorties graphiques PCA entre différents programmes. Auparavant, je téléchargeais mes points spatiaux x, y, z pour chaque point de repère dans R, exécutais l'ACP et affichais les tracés, les scores, etc. Mais j'ai commencé à obtenir des résultats étranges dans R lorsque je réexécutais le même ensemble de données. (merci voulant comparer). Lorsque j'ai téléchargé mes valeurs x, y, z dans JMP et sélectionné Analyser > Méthodes multivariées > Composantes principales, il semble qu'il traite simplement les points comme des valeurs normales. Ces points de repère proviennent d'objets hautement 3D, mais dans le JMP PCA, la sortie graphique 3D présente pratiquement tous les spécimens sur un seul plan. (et cela semble 100 % différent de la sortie effectuée dans R) Alors, pourrais-je télécharger les scores PC dans JMP et exécuter l'analyse à partir de là ? (ou est-ce que cela générerait déjà de nouveaux scores dérivés de scores?) S'il me manque quelque chose, ou une meilleure alternative, j'apprécierais grandement tout conseil / assistance.
Re: Aide PCA 3DD'accord, mais ce qui n'a pas de sens dans votre tableau Excel, c'est pourquoi vous avez apparemment un score de composante principale pour chacun des 36 repères 3D (X1, Y1, Z1, X2, Y2, Z2, etc.) pour chaque spécimen. Ce n'est pas ainsi que fonctionne l'APC.
L'ACP est principalement utilisée comme technique de réduction variable. Ainsi, vous réduisez généralement un grand nombre de variables à un petit nombre de PC. Ensuite, vous pouvez utiliser les scores de chaque PC comme description plus simple des observations (ou des spécimens).
Ou bien vous utilisez l'ACP pour comprendre la corrélation entre les variables.
Je ne sais pas quel est le but de l'utilisation de PCA ici.
Désolé!Re: Aide PCA 3DJ'espère pouvoir clarifier les choses. Pour chacun des spécimens, il y a 36 repères 3D (X1,Y1,Z1,X2,Y2,Z2, etc.). Dans le programme que j'ai utilisé pour obtenir à l'origine les coordonnées spatiales (un programme appelé Landmark), la sortie consistait à organiser l'ensemble des données avec une colonne X, Y et Z, les lignes constituant les points de repère. Lorsque j'ai initialement essayé de télécharger cette forme de l'ensemble de données, JMP lisait chaque ligne (c'est-à-dire chaque point de repère) comme un spécimen distinct. Lorsque j'ai demandé de l'aide dans un précédent article de la communauté JMP, il m'a été conseillé de convertir chaque spécimen et tous ses points X, Y, Z en une seule ligne (enchère les 108 entrées basses de la ligne). Ensuite, j'ai découvert que le graphique 3D de sortie créait simplement un nuage de points des points spatiaux - par exemple, il traçait littéralement un point de repère avec les coordonnées 3D 1,2,3 et un autre avec 3,4,5 dans ces dimensions spatiales, pas le Valeurs PC.
Donc, à partir de là, j'ai pris les valeurs PC de mon ensemble de données que j'ai obtenu dans R et je les ai "converties" par JMP (une ligne constituant un spécimen et tous ses scores PC). Même si j'ai les spécimens physiques en main, je souhaite comparer leurs relations spatiales via une ACP. C'est pourquoi j'ai pensé que les étapes pour afficher le PCA 3D dans JMP que j'ai mentionnées dans le commentaire précédent sont acceptables... mais je voulais vérifier avant de trop loin.
Re: Aide PCA 3DDésolé, je ne comprends pas les données. Il semble y avoir 109 variables dans cet ensemble de données (y compris le spécimen). Pourquoi y a-t-il 36 valeurs XYZ différentes pour chaque spécimen et comment utilisez-vous ces variables dans PCA pour créer les 109 variables dans votre onglet scores PCA ? En fait, il serait peut-être préférable de revenir à l'essentiel et de se demander quel est l'objectif de l'analyse et pourquoi vous utilisez l'ACP.Re: Aide PCA 3DMerci Phil. Pour les tracés 3D, je souhaite visualiser les coordonnées x, y, z à partir des scores des composants principaux. Si cela aide à clarifier, j'ai joint une feuille de calcul Excel. Vous verrez un onglet qui est juste les coordonnées spatiales x, y, z pour chaque point de repère de chaque spécimen. Le deuxième onglet contient les scores PC pour chaque point de repère. Je veux visualiser la relation spatiale 3D dérivée des scores PC, mais je veux m'assurer que les étapes que je suis pour créer le graphique sont la bonne séquence.
Re: Aide PCA 3DSalut,
Pouvez-vous clarifier quelque chose - Dans le tracé 3D, essayez-vous de visualiser les coordonnées x, y, z ou les scores des composants principaux ?
Je m'attendrais à ce que les scores des composants principaux soient assis dans un avion. Une façon de penser à l'ACP est qu'il s'agit d'une technique de réduction de dimension. C'est ce que vous voyez dans le tracé des scores 3D dans PCA dans JMP. La variation "fortement 3D" a été ramenée à une variation 2D sur les 2 premières composantes principales.
Cela a-t-il du sens?
Heureux de regarder vos données si vous êtes en mesure de les partager.
Acclamations,
Phil
