Genomica di JMP per analisi e previsione della selezione vegetale<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ciao,
Ho seguito la presentazione di Russ Wolfinger sulle analisi genetiche e sulla predizione. Ahimè, non sono in grado di copiarlo sul mio computer. Sospetto di perdere alcune cose importanti. Ad esempio, non posso copiare come imposta le analisi della regressione a 4-5 cresta.
Ci sono tutorial scritti per la roba di allevamento? Sarei felice di vederlo.
Grazie.
Jahn
Re: JMP Genomics per analisi e previsione della selezione vegetaleCiao Jahn,
Innanzitutto, trova il processo "Cross Validation and Model Comparison" nel menu Genomics di JMP. Il percorso del menu per questo processo è: "Modellazione predittiva >> Confronto modelli >> Convalida incrociata e confronto dei modelli ". Una volta raggiunto questo processo, fai clic su di esso per aprire la finestra del processo. Nella nuova finestra, vai alla scheda "Generale", dove sceglierai la cartella che contiene i file delle impostazioni per i modelli che vuoi confrontare facendo clic sul pulsante "Scegli" per il campo "Cartella dei file di impostazione". Scegli il percorso della cartella in cui si trovano i file delle impostazioni. Se si è utilizzato il processo "Revisione del modello predittivo" per creare i file di impostazione, selezionare la cartella di output per "Revisione del modello predittivo" come "Cartella di impostazione dei file". A questo punto, vedrai sul pannello di sinistra tutti i file di impostazioni disponibili. Fare clic ed evidenziare tutte le impostazioni su cui si desidera eseguire la convalida incrociata e il confronto del modello e fare clic sulla freccia "->" per inviarle al pannello di destra. Puoi anche impostare la cartella di output nella scheda Generale. Ora, vai sulla scheda "Analisi" e scegli il "Metodo Hold-Out" (una buona è la Partizione casuale), scegli anche "Dimensioni di esclusione, Specifica come:" ("K per K-Fold o 1 / K Hold-Out "è piuttosto standard, quindi puoi usarlo). Quindi, imposta un numero per "K per K-Fold o 1 / K Hold-Out" (se hai una dimensione del campione di 100 e scegli K = 4, allora il set di dati sarà diviso in quattro parti, a turno ognuna di verranno utilizzati come set di dati di allenamento e il resto come set di test). Infine, imposta un numero per "Numero di iterazioni di holdout casuali" (questo è il numero di volte in cui verrà elaborata la convalida incrociata, maggiore è e meglio è, tuttavia, può richiedere molto tempo, quindi ti suggerisco di provare 5). Puoi lasciare tutte le altre opzioni come predefinite.
Buona fortuna con le tue analisi!
Re: JMP Genomics per analisi e previsione della selezione vegetaleCiao di nuovo,
L'ho capito da solo 
Per quanto posso capire, quando impara diversi modelli come Russ Wolfinger nel suo tutorial, devi premere il pulsante 'Aggiorna recensione' per ogni modello.
Ancora non ho capito come fa i confronti dei modelli basati sui BLUP. Qualcuno può aiutarmi qui?
Grazie
Jahn
