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JMP Genomics zur Analyse und Vorhersage von Pflanzenzüchtungen<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Hallo,

Ich habe Russ Wolfingers Vortrag über Zuchtanalysen und -vorhersage gesehen. Leider kann ich ihn nicht auf meinem eigenen Computer kopieren. Ich vermute, dass ich einige wichtige Sachen vermisse. Zum Beispiel kann ich nicht kopieren, wie er die 4-5-Kammregressionsanalysen erstellt.

Gibt es schriftliche Anleitungen für das Zuchtmaterial? Ich würde mich freuen, das zu sehen.

Vielen Dank.

Jahn

Re: JMP Genomics zur Analyse und Vorhersage von Pflanzenzüchtungen

Hi Jahn,

Suchen Sie zuerst den Prozess "Kreuzvalidierung und Modellvergleich" im Menü "JMP Genomics". Der Menüpfad zu diesem Prozess lautet: "Predictive Modeling >> Model Comparisons >> Kreuzvalidierung und Modellvergleich ". Sobald Sie diesen Prozess erreicht haben, klicken Sie darauf, um das Prozessfenster zu öffnen. Gehen Sie im neuen Fenster auf die Registerkarte "Allgemein". Dort wählen Sie den Ordner aus, in dem sich die Einstellungsdateien für die zu vergleichenden Modelle befinden, indem Sie auf "Auswählen" für das Feld "Ordner für Einstellungsdateien" klicken. Wählen Sie den Ordnerpfad, in dem sich die Einstellungsdateien befinden. Wenn Sie zum Erstellen der Einstellungsdateien den Prozess "Predictive Model Review" verwendet haben, wählen Sie den Ausgabeordner für "Predictive Model Review" als "Ordner für Einstellungsdateien" aus. An dieser Stelle sehen Sie im linken Bereich alle verfügbaren Einstellungsdateien. Klicken Sie auf und markieren Sie alle Einstellungen, für die Sie die Kreuzvalidierung und den Modellvergleich ausführen möchten, und klicken Sie auf den Pfeil "->", um sie an das rechte Bedienfeld zu senden. Sie können den Ausgabeordner auch auf der Registerkarte Allgemein festlegen. Gehen Sie nun auf die Registerkarte "Analyse" und wählen Sie die "Hold-Out-Methode" (eine gute Methode ist die Zufallspartition). Wählen Sie auch die "Hold-Out-Größe", geben Sie an: "(" K für K-Fold oder 1 / K Hold-Out "ist ziemlich Standard, also können Sie es verwenden). Als nächstes legen Sie eine Zahl für "K für K-Fold oder 1 / K Hold-Out" fest (wenn Sie eine Stichprobengröße von 100 haben und K = 4 wählen, wird der Datensatz in vier Teile aufgeteilt, und zwar jeweils einer davon Sie werden als Trainingsdatensatz und der Rest als Testset verwendet. Legen Sie schließlich eine Zahl für "Number of Random Hold-Out Iterations" fest (dies ist die Anzahl, wie oft die Kreuzvalidierung verarbeitet wird; je größer, desto besser, es kann jedoch zeitaufwändig sein, daher würde ich empfehlen, es auszuprobieren 5). Sie können alle anderen Optionen als Standard belassen.

Viel Glück bei deinen Analysen!   

Re: JMP Genomics zur Analyse und Vorhersage von Pflanzenzüchtungen

Hallo nochmal,

Ich habe das selbst herausgefunden Soweit ich es verstehen kann, müssen Sie beim Einrichten mehrerer Modelle, wie es Russ Wolfinger in seinem Tutorial tut, für jedes Modell die Schaltfläche "Update Review" drücken.

Ich habe immer noch nicht herausgefunden, wie er die auf BLUPs basierenden Modellvergleiche durchführt. Kann mir hier jemand weiterhelfen?

Vielen Dank

Jahn