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JMP Genomics pour l'analyse et la prédiction de la sélection végétale<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Salut,

J'ai suivi la présentation de Russ Wolfinger sur les analyses de reproduction et les prédictions. Hélas, je ne peux pas le copier sur mon propre ordinateur. Je soupçonne que je manque des choses importantes. Par exemple, je ne peux pas copier comment il a mis en place les analyses de régression 4-5 Ridge.

Existe-t-il des tutoriels écrits pour le matériel d'élevage? Je serais heureux de voir ça.

Je vous remercie.

Jahn

Re: JMP Genomics pour l'analyse et la prédiction de la sélection végétale

Salut jahn

Tout d’abord, recherchez le processus "Validation croisée et comparaison de modèles" dans le menu JMP Genomics. Le chemin de menu de ce processus est: "Modélisation prédictive >> Comparaisons de modèles >> Validation croisée et comparaison de modèles ". Une fois que vous avez atteint ce processus, cliquez dessus pour ouvrir la fenêtre de processus. Dans la nouvelle fenêtre, allez dans l'onglet "Général", où vous choisirez le dossier qui contient les fichiers de paramètres des modèles que vous souhaitez comparer en cliquant sur le bouton "Choisir" du champ "Dossier de fichiers de paramètres". Choisissez le chemin du dossier dans lequel se trouvent les fichiers de paramètres. Si vous avez utilisé le processus "Predictive Model Review" pour créer les fichiers de paramétrage, choisissez le dossier de sortie de la "Revision de modèle prédictive" en tant que "Dossier de paramétrage". À ce stade, vous verrez sur le panneau de gauche tous les fichiers de paramètres disponibles. Cliquez sur et mettez en surbrillance tous les paramètres sur lesquels vous souhaitez exécuter la validation croisée et la comparaison de modèle, puis cliquez sur le signe "->" pour les envoyer au panneau de droite. Vous pouvez également définir le dossier de sortie dans l'onglet Général. Maintenant, allez dans l'onglet "Analyse" et choisissez la méthode "Hold-Out" (une bonne est la partition aléatoire), choisissez également la "Taille du hold-out, spécifiez comme:" ("K pour K-Fold ou 1 / K Hold-Out "est assez standard, vous pouvez donc l'utiliser). Ensuite, définissez un nombre pour "K pour K-Fold ou 1 / K Hold-Out" (si vous avez une taille d’échantillon de 100 et choisissez K = 4, le jeu de données sera divisé en quatre parties, chacune à son tour. ils seront utilisés en tant qu’ensemble de données d’entraînement et le reste en tant qu’ensemble de test). Enfin, définissez un nombre pour "Nombre d'itérations de rétention aléatoires" (il s'agit du nombre de fois que la validation croisée sera traitée; plus elle sera grande, mieux cela va prendre du temps, donc je suggérerais d'essayer 5). Vous pouvez laisser toutes les autres options par défaut.

Bonne chance pour vos analyses!   

Re: JMP Genomics pour l'analyse et la prédiction de la sélection végétale

Re-bonjour,

Je l'ai compris moi-même Autant que je sache, lors de la configuration de plusieurs modèles comme le fait Russ Wolfinger dans son tutoriel, vous devez appuyer sur le bouton «Mettre à jour la révision» pour chaque modèle.

Je n'ai toujours pas compris comment il fait les comparaisons de modèles basées sur les BLUP. Quelqu'un peut-il m'aider?

Je vous remercie

Jahn