用於植物育種分析和預測的JMP基因組學<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />嗨,
我一直在關注Russ Wolfinger關於育種分析和預測的演講。唉,我無法在自己的電腦上複製他。我懷疑我錯過了一些重要的東西。例如,我無法複製他如何設置4-5嶺回歸分析。
是否有育種的書面教程?我很高興看到這一點。
謝謝。
雅恩
回复:JMP基因組學用於植物育種分析和預測嗨Jahn,
首先,在JMP Genomics菜單中找到“交叉驗證和模型比較”過程。此過程的菜單路徑為:“預測建模>>模型比較” 交叉驗證和模型比較“。完成此過程後,單擊它以打開過程窗口。在新窗口中,轉到“常規”選項卡,您可以在其中選擇包含要比較的模型的設置文件的文件夾,方法是單擊“設置文件的文件夾”字段的“選擇”按鈕。選擇設置文件所在的文件夾路徑。如果使用“Predictive Model Review”過程創建設置文件,則選擇“Predictive Model Review”的輸出文件夾作為“設置文件的文件夾”。此時,您將在左側面板中看到所有可用的設置文件。單擊並突出顯示要運行交叉驗證和模型比較的所有設置,然後單擊箭頭“ - >”符號將其發送到右側面板。您也可以在“常規”選項卡中設置輸出文件夾。現在,進入“分析”選項卡並選擇“保持方法”(一個好的方法是隨機分區),同時選擇“保持大小,指定為:”(“K表示K-Fold或1 / K Hold-Out“非常標準,所以你可以使用它。接下來,設置“K表示K-Fold或1 / K Hold-Out”的數字(如果樣本大小為100並選擇K = 4,則數據集將分為四個部分,依次為每個部分它們將用作訓練數據集,其餘部分用作測試集)。最後,為“隨機保持迭代次數”設置一個數字(這是交叉驗證將被處理的次數;越大越好,但是,它可能是耗時的,所以我建議嘗試5)。您可以將所有其他選項保留為默認選項。
祝你的分析好運!
回复:JMP基因組學用於植物育種分析和預測你好,我們又見面了,
我想出了自己的一個:-)據我所知,在設置Russ Wolfinger的幾個模型時,你必須按下每個模型的“Update Review”按鈕。
我還沒弄清楚他是如何根據BLUP進行模型比較的。有人能幫我一下嗎?
謝謝
雅恩