Qualcuno sa come fare un diagramma dei circhi per l'analisi di synteny usando JMP Genomics?
Ciao,
È possibile. Per crearne uno, usa Genome Browswer sotto Genome Views. Ecco un link alla documentazione:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=ST_G_GV_0001.html
La chiave sarà utilizzare la scheda Link nella finestra di dialogo per questo processo. Ecco un link con un paio di dettagli in più:
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_GV_0094.html
Un buon esempio di ciò che ti servirà è mostrato facendo clic sul pulsante "Carica" nella parte inferiore della finestra di dialogo e scegliendo le impostazioni di esempio di AffyHuEx1Circular. Questo mostrerà alcune impostazioni di esempio e un esempio Links SAS Input Data Set che puoi aprire per vedere di cosa avrai bisogno per creare i collegamenti tra i cromosomi.
Se hai bisogno di più, potresti voler contattare support@jmp.com.
Grazie,
Chris Kirchberg
