Est-ce que quelqu'un sait comment créer une intrigue circos pour l'analyse de synténie à l'aide de JMP Genomics?
Bonjour,
C'est possible. Pour en créer un, utilisez le navigateur de génome sous Vues du génome. Voici un lien vers la documentation:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=ST_G_GV_0001.html
La clé sera d'utiliser l'onglet Lien dans la boîte de dialogue pour ce processus. Voici un lien avec un couple plus de détails:
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_GV_0094.html
Un bon exemple de ce dont vous aurez besoin est indiqué en cliquant sur le bouton "Charger" en bas de la boîte de dialogue et en choisissant les paramètres de l'exemple AffyHuEx1Circular. Vous verrez quelques exemples de paramètres et un exemple de jeu de données d'entrée SAS Links que vous pouvez ouvrir pour voir ce dont vous aurez besoin pour établir les liens entre les chromosomes.
Si vous avez besoin de plus, vous pouvez contacter support@jmp.com.
Merci,
Chris Kirchberg
