Re: Add-Ins outcross mapping Alternativamente, puede instalar OneMap versión 2.0.4 o anterior desde el archivo https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Esta versión es compatible con el complemento de Outcross en JMP Genomics 9.0 y versiones anteriores. Para su conveniencia, adjunto OneMap_2.0.4.zip para el sistema de Windows.
Re: Add-Ins outcross mappingERROR: R: Error en rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose = FALSE)
ERROR: R: no se pudo encontrar la función "rf.2pts"
Los mensajes de error que se muestran arriba se deben a actualizaciones en el paquete OneMap (a partir de la versión 2.1.0). Estas actualizaciones tienen efectos en algunas funciones R (nombres de funciones y algunas rutinas internas), y causarán errores en el complemento Outcross de JMP Genomics hasta la versión 9.0. Ya se han realizado las correcciones necesarias en JMP Genomics para hacer que el complemento de Outcross sea compatible con las versiones OneMap 2.1.0 y 2.1.1 (la última versión de OneMap disponible en CRAN el 9 de abril th , 2018). Estas correcciones estarán disponibles en la próxima versión de JMP Genomics. Mientras tanto, comuníquese con el equipo de soporte técnico para solicitar asistencia con este problema.
Re: Add-Ins outcross mappingHola salih
Creo que uno de los desarrolladores de JMP Genomics pudo haber respondido a tu pregunta directamente por correo electrónico. Aquí está el comentario para que otros que puedan encontrarse con la misma situación también puedan tener la respuesta.
Plesae se asegura de que el paquete OneMap R esté instalado y reinicie JMP Genomics.
Si aún recibe un mensaje de error, avísenos.
Chris
Re: Add-Ins outcross mappingQuerido Chris,
GRACIAS.
Funcionó y no recibí el mensaje de error RLANG.
Sin embargo, recibí el siguiente mensaje de error cuando intenté ejecutar la recombinación
y análisis de grupos de enlaces bajo complementos: análisis de mapas de enlaces de outcross. yo
usó el archivo de muestra predeterminado (simuf1) para ejecutar la recombinación y el grupo de vinculación
análisis.
El siguiente error ocurrió en el proceso LinkageGroupOutcross
ERROR: R: Error en rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose
= FALSO):
ERROR: R: no se pudo encontrar la función "rf.2pts"
ERROR: R: Error en get.2pts.analysis (twopts.obj): objeto 'twopts.obj' no
encontró
ERROR: R: Error en eval (expr, p): objeto 'rfmat.obj' no encontrado
ERROR: R: Llamadas: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval
Por favor, puede escribir cuál es la razón para obtener un mensaje de error.
También corro orden de mapa de vinculación utilizando archivos predeterminados
El siguiente error ocurrió en el proceso LinkageMapOrderOutcross
ERROR: R: Error en make.seq (twopts.obj, "all"): no se pudo encontrar la función
"make.seq"
ERROR: R: Error en eval (expr, p): objeto 'mappedm.final' no encontrado
ERROR: R: Llamadas: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval
Por favor, puede escribir cuál es la razón para obtener un mensaje de error.
* También ejecuté el análisis QTL y no recibí ningún mensaje de error. *
Re: Add-Ins outcross mappingHola salih
He recibido algunos comentarios de desarrollo. Prueba esto:
- Cierre completamente JMP Genomics y asegúrese de que JMP y SAS no se estén ejecutando en segundo plano (use el Administrador de tareas para averiguarlo)
- Reinicie la computadora para asegurarse de que se están reconociendo todas las variables de registro o sistema que podrían haber sido agregadas por la instalación de R
- Abra una sesión de SAS (Inicio> SAS> SAS 9.4) y escriba lo siguiente en la ventana del editor:
- opción de opciones de proc = RLANG;
correr;
- Haga clic en el botón que parece un hombre corriendo en la parte superior de la barra de herramientas
- Verifique en el registro y debería devolver un mensaje en la ventana de registro
- Si vuelve:
- "NORLANG No admita el acceso a las interfaces de lenguaje R ", no tiene permiso para llamar a R desde el sistema SAS.
- "RLANG Admita el acceso a las interfaces de lenguaje R ", puede llamar a R desde el sistema SAS. Revise su entorno R_Home. Vea este enlace:
https://stackoverflow.com/questions/19525903/editing-sas-config-files-to-execute-r-making-sas-play-well-with-others
Déjame saber si sigues teniendo problemas.
Chris
Re: mapeo cruzado de complementosHola Salih,
¿Reinició JMP Genomics después de editar el sasv9.cfg del archivo? Debe cerrar JMP Genomics y volver a abrirlo para que la edición surta efecto.
Por favor, contácteme para que podamos encontrar una solución.
Gracias,
Luciano
Mapeo cruzado de complementosInstalé análisis de mapas de enlaces cruzados en complementos en el software JMP Genomics. También escribí -RLANG en el primer carril del archivo sasv9.cfg en C: \ Archivos de programa \ SASHome \ SASFoundation \ 9.4 \ nls \ en \ sasv9.cfg. Sin embargo, sigo recibiendo el siguiente mensaje de error cuando ejecuto un análisis de vinculación.
Necesito tu experiencia en eso.
Los mejores deseos
Salih
ERROR: La opción del sistema RLANG debe especificarse en el archivo de configuración SAS o en la línea de comando de invocación SAS para habilitar la
presentación de declaraciones en lenguaje R.
16632 si ^ está OK, entonces hágalo;
Otro
