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Re: Add-Ins-Outcross-Mapping

Alternativ können Sie OneMap Version 2.0.4 oder früher aus dem Archiv installieren https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Diese Version ist mit dem Outcross-Add-In in JMP Genomics 9.0 und früheren Versionen kompatibel. Für Ihre Bequemlichkeit befestige ich OneMap_2.0.4.zip für Windows-Systeme.

Re: Add-Ins-Outcross-Mapping

FEHLER: R: Fehler in rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose = FALSE)

FEHLER: R: Funktion "rf.2pts" konnte nicht gefunden werden

 

Die oben angezeigten Fehlermeldungen beruhen auf Aktualisierungen im OneMap-Paket (ab Version 2.1.0). Diese Aktualisierungen wirken sich auf einige R-Funktionen (Funktionsnamen und einige interne Routinen) aus und verursachen Fehler im Outcross-Add-In von JMP Genomics bis Version 9.0. Die erforderlichen Korrekturen in JMP Genomics wurden bereits durchgeführt, um das Outcross Add-In mit den Versionen OneMap 2.1.0 und 2.1.1 (der neuesten Version von OneMap, die am 9. April in CRAN verfügbar ist) kompatibel zu machen ^th 2018). Diese Korrekturen werden in der nächsten Version von JMP Genomics verfügbar sein. Wenden Sie sich in der Zwischenzeit an den Technischen Support, um Unterstützung bei diesem Problem anzufordern.

 

Re: Add-Ins-Outcross-Mapping

Hallo Salih,

Ich glaube, einer der Entwickler für JMP Genomics hat Ihre Frage möglicherweise direkt per E-Mail beantwortet. Hier ist der Kommentar, damit auch andere, die sich in derselben Situation befinden, die Antwort haben können.

 

Stellen Sie sicher, dass das OneMap R-Paket installiert ist, und starten Sie JMP Genomics erneut.

Wenn Sie immer noch eine Fehlermeldung erhalten, teilen Sie uns dies bitte mit.

 

Chris

Re: Add-Ins-Outcross-MappingLieber Chris,

VIELEN DANK.

Es hat funktioniert und ich habe keine RLANG-Fehlermeldung erhalten.

Ich habe jedoch eine Fehlermeldung erhalten, als ich versuchte, die Rekombination auszuführen
und Linkage-Gruppenanalyse unter Add-Ins: Outcross-Linkage-Map-Analyse. ich
verwendete die Standard-Beispieldatei (simuf1), um die Rekombinations- und Verknüpfungsgruppe auszuführen
Analyse.

Der folgende Fehler ist im Prozess LinkageGroupOutcross aufgetreten

FEHLER: R: Fehler in rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose
= FALSCH):
FEHLER: R: Funktion "rf.2pts" konnte nicht gefunden werden
FEHLER: R: Fehler in get.2pts.analysis (twopts.obj): Objekt 'twopts.obj' nicht
gefunden
FEHLER: R: Fehler in eval (expr, p): Objekt 'rfmat.obj' nicht gefunden
FEHLER: R: Aufrufe: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval

Bitte schreiben Sie den Grund für eine Fehlermeldung.

Ich führe auch die Verknüpfungszuordnung mit Standarddateien aus

Der folgende Fehler ist im Prozess LinkageMapOrderOutcross aufgetreten
FEHLER: R: Fehler in make.seq (twopts.obj, "all"): Funktion konnte nicht gefunden werden
"make.seq"
FEHLER: R: Fehler in eval (expr, p): Objekt 'mappedm.final' wurde nicht gefunden
FEHLER: R: Aufrufe: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval

Bitte schreiben Sie den Grund für eine Fehlermeldung.

* Ich führe auch eine QTL-Analyse durch und erhielt keine Fehlermeldung. *
Re: Add-Ins-Outcross-Mapping

Hallo Salih,

 

Ich habe einige Kommentare von der Entwicklung erhalten. Versuche dies:

1. Fahren Sie JMP Genomics vollständig herunter und stellen Sie sicher, dass JMP und SAS nicht im Hintergrund ausgeführt werden. (Verwenden Sie den Task-Manager, um dies herauszufinden.)
2. Starten Sie den Computer neu, um sicherzustellen, dass alle Registrierungs- oder Systemvariablen erkannt werden, die möglicherweise von der R-Installation hinzugefügt wurden
3. Öffnen Sie eine SAS-Sitzung (Start> SAS> SAS 9.4) und geben Sie im Editorfenster Folgendes ein:
   1. proc options option = RLANG;

      Lauf;

   2. Klicken Sie oben in der Symbolleiste auf die Schaltfläche, die wie ein laufender Mann aussieht
4. Überprüfen Sie das Protokoll und es sollte eine Meldung im Protokollfenster angezeigt werden
5. Wenn es zurückkehrt:
   1. "NORLANG Zugriff auf R-Sprachoberflächen nicht unterstützen ", Sie haben keine Berechtigung, R vom SAS-System aus anzurufen.
   2. "RLANG Zugriff auf R-Sprachschnittstellen unterstützen ", Sie können R vom SAS-System aus anrufen. Überprüfen Sie Ihre R_Home-Umgebung. Siehe diesen Link:

https://stackoverflow.com/questions/19525903/editing-sas-config-files-to-execute-r-making-sas-play-well-mit-andere

 

Lassen Sie mich wissen, wenn Sie immer noch Probleme haben.

 

Chris

 

Betreff: Add-Ins-Outcross-Mapping

Hallo Salih,

 

Haben Sie JMP Genomics nach dem Bearbeiten von neu gestartet? sasv9.cfg Datei? Sie müssen JMP Genomics schließen und erneut öffnen, damit die Bearbeitung wirksam wird.

 

Bitte melden Sie sich bei mir, damit wir eine Lösung finden können.

 

Vielen Dank,

 

Luciano

Outcross-Zuordnung von Add-Ins

Ich habe die Outcross Linkage Map-Analyse in Add-Ins in der JMP Genomics-Software installiert. Ich habe auch -RLANG in die erste Spur der Datei sasv9.cfg unter C: \ Programme \ SASHome \ SASFoundation \ 9.4 \ nls \ de \ sasv9.cfg geschrieben. Beim Ausführen der Verknüpfungsanalyse wird jedoch immer noch die folgende Fehlermeldung angezeigt.

Ich brauche deine Erfahrung damit.

Besten Wünsche

Salih

 

FEHLER: Die RLANG-Systemoption muss in der SAS-Konfigurationsdatei oder in der SAS-Aufrufbefehlszeile angegeben werden, um die zu aktivieren
Einreichung von R-Sprachaussagen.
16632 wenn ^ isOK dann tun;

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