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Re: Add-Ins mappage croisé

Vous pouvez également installer OneMap version 2.0.4 ou antérieure à partir de l’archive. https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/onemap/ . Cette version est compatible avec le complément Outcross de JMP Genomics 9.0 et versions antérieures. Pour votre conveniecy, je vous attache OneMap_2.0.4.zip pour le système Windows.

Re: Add-Ins mappage croisé

ERREUR: R: erreur dans rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose = FALSE)

ERREUR: R: impossible de trouver la fonction "rf.2pts"

 

Les messages d'erreur affichés ci-dessus sont dus à des mises à jour dans le package OneMap (à partir de la version 2.1.0). Ces mises à jour ont des effets sur certaines fonctions R (noms de fonctions et sur certaines routines internes) et entraînent des erreurs dans le complément Outcross de JMP Genomics jusqu'à la version 9.0. Les correctifs nécessaires dans JMP Genomics ont déjà été apportés pour rendre le complément Outcross compatible avec les versions OneMap 2.1.0 et 2.1.1 (la dernière version de OneMap disponible dans CRAN le 9 avril ^th , 2018). Ces correctifs seront disponibles dans la prochaine version de JMP Genomics. En attendant, veuillez contacter l’équipe du support technique pour obtenir de l’aide sur ce problème.

 

Re: Add-Ins mappage croisé

Salut Salih,

Je pense que l'un des développeurs de JMP Genomics a peut-être répondu à votre question en vous envoyant directement un courrier électronique. Voici le commentaire afin que d'autres personnes qui pourraient se trouver dans la même situation puissent aussi avoir la réponse.

 

Plesae vérifie que le package OneMap R est installé et redémarrez JMP Genomics.

Si vous recevez toujours un message d'erreur, faites-le nous savoir.

 

Chris

Re: Add-Ins mappage croiséCher Chris,

MERCI.

Cela a fonctionné et je n'ai pas reçu de message d'erreur RLANG.

Cependant, j'ai reçu un message d'erreur ci-dessous lorsque j'ai tenté d'exécuter la recombinaison
et analyse du groupe de couplage dans les add-ins: analyse de la carte de couplage croisé. je
fichier d'exemple par défaut (simuf1) pour exécuter un groupe de recombinaison et de liaison
une analyse.

L'erreur suivante s'est produite dans le processus LinkageGroupOutcross

ERREUR: R: erreur dans rf.2pts (outcross.obj, LOD = NULL, max.rf = NULL, verbose).
= FAUX):
ERREUR: R: impossible de trouver la fonction "rf.2pts"
ERREUR: R: erreur dans get.2pts.analysis (twopts.obj): objet 'twopts.obj' non
a trouvé
ERREUR: R: erreur dans eval (expr, p): objet 'rfmat.obj' introuvable
ERREUR: R: Appels: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval

S'il vous plait, écrivez quelle est la raison pour laquelle vous recevez un message d'erreur.

J'exécute également l'ordre de la carte de liaison à l'aide de fichiers par défaut

L'erreur suivante s'est produite dans le processus LinkageMapOrderOutcross
ERREUR: R: Erreur dans make.seq (twopts.obj, "all"): fonction introuvable
"make.seq"
ERREUR: R: erreur dans eval (expr, p): objet 'mappedm.final' non trouvé
ERREUR: R: Appels: .SASExportDataExchangeFile -> eval.parent -> eval -> eval

S'il vous plait, écrivez quelle est la raison pour laquelle vous recevez un message d'erreur.

* J'ai également lancé l'analyse QTL et je n'ai pas reçu de message d'erreur. *
Re: Add-Ins mappage croisé

Salut Salih,

 

J'ai reçu des commentaires de développement. Essaye ça:

1. Fermez complètement JMP Genomics et assurez-vous que JMP et SAS ne s'exécutent pas en arrière-plan (utilisez le Gestionnaire des tâches pour le savoir).
2. Redémarrez l'ordinateur pour vous assurer que toutes les variables de registre ou système sont maintenant reconnues et qu'elles auraient pu être ajoutées lors de l'installation de R
3. Ouvrez une session SAS (Démarrer> SAS> SAS 9.4) et entrez les informations suivantes dans la fenêtre d'édition:
   1. options proc option = RLANG;

      courir;

   2. Cliquez sur le bouton qui ressemble à un homme qui court en haut de la barre d'outils.
4. Vérifier dans le journal et il devrait renvoyer un message dans la fenêtre du journal
5. Si cela revient:
   1. "NORLANG Ne supporte pas l’accès aux interfaces en langage R. ", vous n’avez pas l’autorisation d’appeler R depuis le système SAS.
   2. "RLANG Supporte l'accès aux interfaces en langage R. ", vous pouvez appeler R à partir du système SAS. Vérifiez votre environnement R_Home. Voir ce lien:

https://stackoverflow.com/questions/19525903/editing-sas-config-files-to-execute-r-making-sas-play-well-with-others

 

Faites-moi savoir si vous rencontrez toujours des problèmes.

 

Chris

 

Re: Mappage du croisement des compléments

Salut Salih,

 

Avez-vous redémarré JMP Genomics après avoir modifié le sasv9.cfg? Vous devez fermer JMP Genomics et le rouvrir pour que la modification prenne effet.

 

Veuillez me recontacter afin que nous puissions trouver une solution.

 

Merci,

 

Luciano

Cartographie de l'outcross des compléments

J'ai installé l'analyse de la carte de liaison externe dans les compléments du logiciel JMP Genomics. J'ai également écrit -RLANG dans la première voie du fichier sasv9.cfg sous C: \ Program Files \ SASHome \ SASFoundation \ 9.4 \ nls \ en \ sasv9.cfg. Cependant, je reçois toujours le message d'erreur ci-dessous lorsque j'exécute une analyse de liaison.

J'ai besoin de votre expérience là-dessus.

Meilleurs vœux

Salih

 

ERREUR: l'option système RLANG doit être spécifiée dans le fichier de configuration SAS ou sur la ligne de commande d'invocation SAS pour activer
soumission des déclarations en langage R.
16632 si ^ isOK alors faites;

Autre