La recodificación del genotipo en JMPG produce un conjunto de datos de salida incompletoHola,
Estoy tratando de recodificar un conjunto de datos de genotipo (~ 40 k SNP) desde formato diploide (por ejemplo, A / G, G / C, etc.) a formato numérico (0, homo; 1, hete; 2, homo). La recodificación parece buena, el problema es que mi salida de datos está incompleta (solo contiene ~ 29 k SNP). No recibo ningún error o masaje que indique lo que sucedió con el resto de mis marcadores.
¿Podría por favor darme alguna pista para resolver este problema?
Estoy usando JMP Genomics 8.2
Gracias
Re: La recodificación del genotipo en JMPG produce un conjunto de datos de salida incompletoHola @lfsamayo_ncsu_e ,
Eso es curroso Acabo de recodificar 295988 SNP de AA, AB y BB a 0,1 y 2. Todos los SNPs están ahí. Estoy usando JMP Genomics 9.0.
Haga una llamada a Soporte o envíe un correo electrónico a support@jmp.com y pregúnteles cuál puede ser el problema.
Mejor,
Chris
