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La ricodifica del genotipo in JMPG fornisce un set di dati di output incompleto

Ciao,

Sto cercando di ricodificare un set di dati genotipo (~ 40 k SNPs) dal formato diploid (ad es. A / G, G / C, ecc.) In formato numerico (0, homo; 1, hete; 2, homo). La ri-codifica sembra buona, il problema è che il mio output di dati è incompleto (contiene solo ~ 29 k SNP). Non ricevo alcun errore o massaggio indicando cosa è successo con il resto dei miei marcatori.

Potresti darmi qualche indizio per risolvere questo problema

Sto usando JMP Genomics 8.2

Grazie

Ri: Re-coding genotype in JMPG produce set di dati di output incompleti

Ciao @lfsamayo_ncsu_e ,

Questo è curativo. Ho appena ricodificato 295988 SNP da AA, AB e BB a 0,1 e 2. Tutti gli SNP ci sono. Sto usando JMP Genomics 9.0.

Dare supporto a una chiamata o inviarli tramite email a support@jmp.com e chiedere loro quale potrebbe essere il problema.