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Die Umcodierung des Genotyps in JMPG führt zu einem unvollständigen Ausgabedatensatz

Hallo,

Ich versuche, einen Genotyp-Datensatz (~ 40 k SNPs) vom diploiden Format (zB A / G, G / C usw.) in das numerische Format (0, Homo; 1, Hete; 2, Homo) umzucodieren. Die Umcodierung sieht gut aus, das Problem ist, dass meine Datenausgabe unvollständig ist (sie enthält nur ~ 29 k SNPs). Ich bekomme keine Fehler oder Massage, um anzuzeigen, was mit den restlichen Markern passiert ist.

Könnten Sie mir bitte einen Anhaltspunkt geben, um dieses Problem zu lösen

Ich verwende JMP Genomics 8.2

Vielen Dank

Re: Umcodierung des Genotyps in JMPG führt zu unvollständigem Ausgabedatensatz

Hallo @lfsamayo_ncsu_e .

Das ist aktuell Ich habe gerade 295988 SNPs von AA, AB und BB in 0,1 und 2 umcodiert. Alle SNPs sind da. Ich verwende JMP Genomics 9.0.

Rufen Sie den Support an oder senden Sie eine E-Mail an support@jmp.com, und fragen Sie ihn, was möglicherweise das Problem ist.