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Le codage du génotype dans JMPG donne un ensemble de données de sortie incomplet

Bonjour,

 

J'essaie de recoder un jeu de données de génotype (~ 40 k SNP) du format diploïde (par exemple A / G, G / C, etc.) au format numérique (0, homo; 1, hete; 2, homo). Le recodage semble bon, le problème est que ma sortie de données est incomplète (elle ne contient que ~ 29 k SNP). Je ne reçois aucune erreur ni aucun message indiquant ce qui s'est passé avec le reste de mes marqueurs.

 

Pourriez-vous s'il vous plaît me donner un indice pour résoudre ce problème

 

J'utilise JMP Genomics 8.2

 

Merci

Re: le codage du génotype dans JMPG donne un ensemble de données de sortie incomplet

salut @lfsamayo_ncsu_e ,

 

C'est curieux. Je viens de recoder 295988 SNP de AA, AB et BB à 0,1 et 2.  Tous les SNPs sont là. J'utilise JMP Genomics 9.0.

 

Appelez le support technique ou envoyez-lui un courrier électronique à support@jmp.com et demandez-leur quel est le problème.

 

Meilleur,

 

Chris