在JMPG中重新編碼基因型產生不完整的輸出數據集你好,
我試圖將二倍體格式(例如A / G,G / C等)的基因型數據集(~40k SNP)重新編碼為數字格式(0,同源; 1,hete; 2,同源)。重新編碼看起來很好,問題是我的數據輸出不完整(它只包含~29 k SNP)。我沒有得到任何錯誤或按摩,表明我的其他標記發生了什麼。
能不能給我解決這個問題的任何線索
我正在使用JMP Genomics 8.2
謝謝
回复:在JMPG中重新編碼基因型產生不完整的輸出數據集你好 @lfsamayo_ncsu_e ,
這很奇怪。我只是將來自AA,AB和BB的295988個SNP重新編碼為0,1和2。 所有的SNP都在那裡。我正在使用JMP Genomics 9.0。
給支持人員打電話或發送電子郵件至support@jmp.com,詢問他們可能存在的問題。
最好,
克里斯