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Réglage de l'effet de lot à l'aide de gènes de maintenance

Bonjour, à partir d’un fichier txt contenant un nombre de données, j’analyse les données RNAseq de trois expériences indépendantes différentes qui doivent être fusionnées en une seule analyse. Les caractéristiques des échantillons, telles que les conditions de la maladie, sont parfaitement confondues dans les lots. L'utilisation de gènes de ménage, tels que ceux suggérés par Eisenberg et al. ( http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ), pourrait être un moyen de traiter les effets de lot. Existe-t-il un moyen dans JMP Genomics permettant de spécifier des ensembles de gènes pouvant être utilisés pour ajuster les lots?

Merci beaucoup pour votre temps.

Re: ajustement de l'effet de lot en utilisant des gènes de maintenance

Salut,

Dans JMP Genomics, vous pouvez utiliser la normalisation Loess dans Expression> Normalisation pour spécifier un jeu de contrôles ou un jeu de gènes de gestion pour la normalisation. Voir la documentation ici:

http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html