Hola, a partir de un archivo txt con datos de recuento, estoy analizando datos de RNAseq de tres experimentos independientes diferentes que deben combinarse en un solo análisis. Las características de la muestra, como las condiciones de la enfermedad, están perfectamente confundidas dentro de los lotes. El uso de genes de mantenimiento, como los sugeridos por Eisenberg et al. ( http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ), podría ser una forma de abordar los efectos por lotes. ¿Hay alguna forma en JMP Genomics que permita especificar conjuntos de genes que podrían usarse para ajustar los lotes?
Muchísimas gracias por su tiempo.
Hola,
En JMP Genomics, puede usar la Normalización de Loess dentro de Expresión> Normalización para especificar un conjunto de control o un conjunto de genes de mantenimiento para la normalización. Vea la documentación aquí:
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html
Espero que esto ayude,
Chris
