안녕하세요, 카운트 데이터와 txt 파일에서 시작, 나는 하나의 분석으로 병합해야 세 가지 독립적 인 실험에서 RNAseq 데이터를 분석입니다. 질병 상태와 같은 샘플 특성은 배치 내에서 완벽하게 혼동됩니다. Eisenberg et al.에 의해 제안 된 것과 같은 하우스 키핑 유전자의 사용. ( http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ), 일괄 처리 효과를 처리하는 한 방법 일 수 있습니다. 배치를 조정하는 데 사용할 수있는 유전자 세트를 지정할 수있는 JMP Genomics의 방법이 있습니까?
시간 내 주셔서 대단히 감사합니다.
안녕하세요,
JMP Genomics에서 Expression> Normalization 내에서 Loess Normalization을 사용하여 정규화를위한 유전자 세트 또는 하우스 키핑 세트를 지정할 수 있습니다. 다음 문서를 참조하십시오.
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html
희망이 도움이,
크리스
