ハウスキーピング遺伝子を使用したバッチ効果の調整こんにちは、カウントデータを含むtxtファイルから始めて、私は単一の分析にマージされるべきである3つの異なる独立した実験からのRNAseqデータを分析しています。病状などのサンプルの特性は、バッチ内で完全に混同されています。Eisenbergらによって示唆されたもののようなハウスキーピング遺伝子の使用。（ http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ）、バッチ効果に対処する1つの方法があります。バッチを調整するために使用することができる遺伝子のセットを指定することを可能にするJMP Genomicsの方法はありますか？
お時間をいただきありがとうございます。
再：ハウスキーピング遺伝子を用いたバッチ効果の調整こんにちは、
JMP Genomicsでは、Expression> Normalization内でLoess Normalizationを使用して、正規化用の遺伝子のコントロールセットまたはハウスキーピングセットを指定できます。 こちらのドキュメントを参照してください。
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html
お役に立てれば、
クリス
