Regolazione dell'effetto batch usando i geni di puliziaCiao, partendo da un file txt con dati di conteggio, sto analizzando i dati RNAseq da tre diversi esperimenti indipendenti che dovrebbero essere uniti in un'unica analisi. Le caratteristiche del campione, come le condizioni della malattia, sono perfettamente confuse all'interno dei lotti. L'uso di geni di housekeeping, come quelli suggeriti da Eisenberg et al. ( http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ), potrebbe essere un modo per affrontare gli effetti batch. C'è un modo in JMP Genomics che consente di specificare set di geni che potrebbero essere utilizzati per regolare i lotti?
Grazie mille per il tuo tempo.
Ri: Regolazione dell'effetto batch usando i geni di puliziaCiao,
In Genomics JMP, è possibile utilizzare Normalizzazione Loess in Espressione> Normalizzazione per specificare un set di controlli o un set di geni di manutenzione per la normalizzazione. Vedi la documentazione qui:
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html
Spero che questo ti aiuti,
Chris
