Hallo, ausgehend von einer Textdatei mit Zähldaten analysiere ich RNAseq-Daten aus drei verschiedenen unabhängigen Experimenten, die in einer einzigen Analyse zusammengeführt werden sollten. Probenmerkmale wie Krankheitszustände werden innerhalb der Chargen perfekt verwechselt. Die Verwendung von Housekeeping-Genen, wie die von Eisenberg et al. ( http://dx.doi.org/10.1016/j.tig.2013.05.010 ), könnte eine Möglichkeit sein, die Batch-Effekte anzugehen. Gibt es in JMP Genomics eine Möglichkeit, Gen-Sätze anzugeben, mit denen die Stapel eingestellt werden könnten?
Vielen Dank für deine Zeit.
Hallo,
In JMP Genomics können Sie die Loess-Normalisierung in Expression> Normalization verwenden, um einen Kontrollsatz oder einen Housekeeping-Satz von Genen für die Normalisierung anzugeben. Dokumentation hier ansehen:
http://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PA_G_EX_0342.html
Hoffe das hilft,
Chris
