<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ho fatto test di sopravvivenza quasi a 50 di quelli per diversi polimorfismi del gene manualmente, che è relativamente più dispendioso in termini di tempo rispetto alle tabelle di contingenza chi-quadro che possono essere applicate a più variabili con un clic sotto "Adatta X per Y". Vorrei sapere se esiste un modo per automatizzare il processo, simile a un comando macro.
Basta notare che il mio background sulla programmazione / programmazione è relativamente debole, dato che ho solo una laurea in MD. La sceneggiatura sembra avere 2 problemi
a) Non fornisce gli stessi risultati del modo "manuale". Per esempio:
e 
b) Come puoi vedere i genotipi originali (variabili categoriali) sono convertiti in 1,2,3.
A parte questo, lo script funziona senza intoppi e restituisce 20 test.
Non mi dispiacerebbe nemmeno se dovessi copiare una stringa con tutti i nomi delle intestazioni delle colonne che voglio eseguire (separate da virgola) poiché posso farlo facilmente dal mio file e in generale vorrei apprezzare avere uno strumento universale che può essere applicato in casi diversi dal gene **.
Grazie molto. Lo script qui sotto mostra l'idea. Il file Journal contiene attualmente tutti gli output, ma penso che ne vuoi solo un po '. Copia il codice qui sotto, fai 'File> Nuovo> Nuovo script' e incollalo, poi 'Modifica Esegui' script. Ovviamente questo codice si basa sul modo in cui hai chiamato le tue colonne, ma sarebbe facile aggiungere un'interfaccia utente che ti consenta di selezionarle.
NamesDefaultToHere ( 1 );
// (1) Crea alcuni dati fittizi nella tabella 'dt'
ng = 20 ; // Numero di colonne di raggruppamento (gene) da utilizzare
dt = Nuova tabella ( "Gene Polymorphism Survival" ,
Nuova colonna ( "Sopravvivenza globale" ,
Numerico,
"Continuo" ,
Formato ( "Migliore" , 12 ),
Formula( Random Weibull ( 1 ))
),
Nuova colonna ( ": Stato di sopravvivenza globale" ,
Numerico,
"Nominale" ,
Formato ( "Migliore" , 12 ),
Formula( Numero intero casuale ( 0 , 1 ))
),
Aggiungi righe ( 100 )
);
per (c = 1 , c <= ng, c ++, dt << Nuova colonna ( "gene" || carbonizzare (c), numerico, "Nominale" , Formato ( "Migliore" , 12 ), Formula ( Numero intero casuale ( 3 ))));
// (2) INIZIA QUI - Crea una lista di tutte le colonne di raggruppamento (gene) nella tabella (gCol)
gCols = dt << getColumnNames ( "Stringa" );
per (c = Nitems (gCols), c> = 1 , c--, Se (! Inizia con (gCols, "gene" ), Rimuovere da (gCols, c)));
// (3) Avvia la piattaforma di sopravvivenza (invisibilmente) per ogni colonna di geni. . .
per (c = 1 , c <= Nitems (gCols), c ++,
sur = dt << Sopravvivenza (
Y (: sopravvivenza globale),
Censore (: stato di sopravvivenza generale),
Raggruppamento (gCols), Failure Plot ( 0 ),
Codice Censore ( 0 ),
Invisibile
);
// (4) 'Harvest' e consolidare i risultati in qualche modo:
// Qui creiamo solo un JRN, ma puoi prendere qualsiasi pezzo del rapporto che ti piace.
sur << rivista ;
rapporto (sur) << chiudi la finestra ;
);
Sto usando l'undicesima versione JMP di SAS. Questo è l'output di ciò che hai chiesto
Sopravvivenza(
Y (: sopravvivenza globale),
Censore (: stato di sopravvivenza generale),
Raggruppamento (: Nome ("gene1")),
Failure Plot (0),
Codice Censore (0)
);
Oltre ad automatizzare i test di sopravvivenza, una funzione sul salvataggio delle immagini sarebbe ottimale.
Sono felice di (cercare di) aiuto, ma ho bisogno di un po 'di più, sfortunatamente.
Potresti fare una delle tue relazioni "a mano", quindi andare al triangolo rosso in alto e selezionare "script> Salva script nella finestra dello script", per favore? Quindi taglia e incolla questo codice in una risposta di seguito. Con ogni mezzo cambia i nomi delle colonne se sei preoccupato per questo.
Infine, quale versione di JMP stai usando, per favore?
Sto usando la vecchia piattaforma di sopravvivenza che fornisce ranghi di registro e la distribuzione del tempo fino a un evento. In 'Y Time to Event' va la sopravvivenza generale, il censore diventa lo stato di sopravvivenza generale corrispondente e infine il raggruppamento viene modificato in base ai geni e alle variabili generate (genotipo, allele alternative, ecc.). Devo scorrere il menu, richiamare, cercare la mia variabile e quindi fare clic con il pulsante destro del mouse per salvare l'immagine per oltre 50 diverse variabili / colonne che rappresentano polimorfismi genetici. Apprezzerei le istruzioni precise su come eseguire i comandi JSL. Grazie per la risposta veloce, Ian.
Più o meno qualsiasi analisi in JMP può essere automatizzata utilizzando JMP Scripting Language (JSL). Ciò include fare la stessa analisi con variabili diverse e possibilmente consolidare i risultati. Ma i dettagli dipenderanno dalla piattaforma specifica che si desidera utilizzare per il "test di sopravvivenza". Puoi fornire maggiori dettagli, per favore?
