Wie kann man Überlebenstests in JMP automatisieren?<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ich habe fast 50 dieser Überlebensversuche für verschiedene Genpolymorphismen manuell durchgeführt, was im Vergleich zu den Chi-Quadrat-Kontingenztabellen, die mit einem Klick unter 'Fit X by Y' auf mehrere Variablen angewendet werden können, vergleichsweise zeitaufwendiger ist. Ich würde gerne wissen, ob es eine Möglichkeit gibt, den Prozess zu automatisieren, ähnlich wie bei einem Makrobefehl.
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Bitte beachten Sie, dass mein Hintergrundwissen zum Programmieren / Programmieren relativ schwach ist, da ich nur einen MD-Abschluss habe. Das Skript scheint zwei Probleme zu haben
a) Es liefert nicht die gleichen Ergebnisse wie bei der "manuellen" Methode. Zum Beispiel:
und 
b) Wie Sie sehen, werden die ursprünglichen Genotypen (kategoriale Variablen) in 1,2,3 umgewandelt.
Abgesehen davon läuft das Skript problemlos und gibt 20 Tests zurück.
Es würde mir auch nichts ausmachen, wenn ich eine Zeichenfolge mit allen Spaltenüberschriften kopieren müsste, die ich ausführen möchte (durch Kommas getrennt), da ich dies leicht aus meiner Datei erledigen kann, und ich würde generell schätzen, ein universelles Werkzeug zu haben Wird in anderen Fällen als dem Gen angewendet **.
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Danke vielmals. Das folgende Skript zeigt die Idee. Die Journaldatei enthält derzeit die gesamte Ausgabe, aber ich denke, Sie möchten nur etwas davon. Kopieren Sie den folgenden Code, führen Sie 'Datei> Neu> Neues Skript' aus und fügen Sie ihn ein. Anschließend können Sie das Skript 'Edit Run' ausführen. Offensichtlich hängt dieser Code von der Art ab, wie Sie Ihre Spalten benannt haben, aber es wäre einfach, eine Benutzeroberfläche hinzuzufügen, mit der Sie sie auswählen können.
NamesDefaultToHere ( 1 );
// (1) Machen Sie einige Dummy-Daten in der Tabelle 'dt'
ng = 20 ; // Anzahl der zu verwendenden Gruppierungs- (Gen-) Spalten
dt = Neue Tabelle ( Genpolymorphismus-Überleben .
Neue Spalte ( "Gesamtüberleben" .
Numerisch,
"Kontinuierlich" .
Format ( "Beste" . 12 )
Formel( Zufälliges Weibull ( 1 ))
)
Neue Spalte ( ": Gesamtüberlebensstatus" .
Numerisch,
"Nominal" .
Format ( "Beste" . 12 )
Formel( Zufällige ganze Zahl ( 0 . 1 ))
)
Zeilen hinzufügen ( 100 )
);
zum (c = 1 , c <= ng, c ++, dt << Neue Spalte ( "Gen" || Verkohlen (c), Numerisch, "Nominal" . Format ( "Beste" . 12 ), Formel ( Zufällige ganze Zahl ( 3 ))));
// (2) START HERE - Erstellen Sie eine Liste aller Gruppierungsspalten (Genspalten) in der Tabelle (gCol).
gCols = dt << getColumnNames ( "String" );
zum (c = Nitems (gCols), c> = 1 , c--, Ob (! Beginnt mit (gCols. "Gen" ) Entfernen von (gCols, c)));
// (3) Starten Sie die Überlebensplattform (unsichtbar) für jede Gensäule. . .
zum (c = 1 , c <= Nitems (gCols), c ++,
sur = dt << Überleben (
Y (: Gesamtüberleben),
Zensur (: Gesamtüberlebensstatus),
Gruppierung (gCols), Ausfalldiagramm ( 0 )
Zensurcode ( 0 )
Unsichtbar
);
// (4) 'Ernten' und die Ergebnisse irgendwie konsolidieren:
// Hier bauen wir einfach eine JRN, aber Sie können die beliebigen Teile des Berichts nehmen, die Sie möchten.
sur << Tagebuch ;
Bericht (sur) << Fenster schließen ;
);
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Ich verwende die JMP-Version 11 von SAS. Dies ist die Ausgabe dessen, wonach Sie gefragt haben
Überleben(
Y (: Gesamtüberleben),
Zensur (: Gesamtüberlebensstatus),
Gruppierung (: Name ("Gen1")),
Fehlerdarstellung (0),
Zensurcode (0)
);
Neben der Automatisierung von Überlebensversuchen wäre eine Funktion zum Speichern von Bildern optimal.
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Ich helfe gerne (helfe), brauche aber leider etwas mehr.
Könnten Sie einen Ihrer Berichte "von Hand" erstellen, dann zum roten Dreieck oben gehen und "Skript> Skript in Skriptfenster speichern" auswählen? Dann schneiden Sie diesen Code aus und fügen Sie ihn in eine Antwort ein. Ändern Sie auf jeden Fall die Spaltennamen, wenn Sie darüber besorgt sind.
Zum Schluss, welche Version von JMP verwenden Sie bitte?
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Ich benutze die ältere Survival-Plattform, die Log-Ränge und die Verteilung der Zeit bis zu einem Ereignis bereitstellt. In 'Y Time to Event' ist das Gesamtüberleben, der Zensor wird zum entsprechenden Gesamtüberlebensstatus und schließlich wird die Gruppierung entsprechend den Genen und generierten Variablen (Genotyp, alternative Allel-Prescends usw.) geändert. Ich muss durch das Menü blättern, mich erinnern, nach meiner Variablen suchen und dann mit der rechten Maustaste auf Bild speichern klicken, um mehr als 50 verschiedene Variablen / Spalten für genetische Polymorphismen anzuzeigen. Ich würde mich über genaue Anweisungen zur Ausführung von JSL-Befehlen freuen. Danke für die schnelle Antwort, Ian.
Re: Wie automatisiert man Überlebenstests in JMP?Mit JMP Scripting Language (JSL) kann mehr oder weniger jede Analyse in JMP automatisiert werden. Dies beinhaltet die Durchführung der "gleichen" Analyse mit verschiedenen Variablen und möglicherweise die Konsolidierung der Ergebnisse. Die Details hängen jedoch von der jeweiligen Plattform ab, die Sie für Ihren "Überlebenstest" verwenden möchten. Können Sie bitte weitere Einzelheiten angeben?
