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agregar grupos post-hoc a las parcelas

¿Es posible agregar letras a las gráficas para indicar diferencias post-hoc (p. ej., HSD de Tukey p<0.05)? Lo que normalmente hago es usar GraphBuilder para hacer un gráfico, copiarlo, pegarlo en Adobe Illustrator y luego agregar manualmente letras minúsculas (a = más alto, b = siguiente más alto ... f = más bajo) para indicar post-hoc diferencias (de haber ejecutado el modelo estadístico en "Modelo de ajuste"). Supongo que esta es la única forma de hacerlo, pero pensé en preguntar en caso de que alguien haya escrito un script personalizado que coloque anotaciones (incluso solo asteriscos en ejemplos más simples de 2 muestras) arriba/adyacente a valores de trama. En este ejemplo, inserté los grupos post-hoc dentro de las columnas.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

¡Excelente! Ni siquiera pensé en usar las etiquetas de fila y columna, pero parece que se pueden usar con gráficos de líneas.

 

Es mejor que se desarrolle una "necesidad" de JMP que es una extensión de esto: cuando usa Graph Builder, puede hacer que trace estadísticas de resumen, como barras de error y media. Si hubiera otra opción debajo de las barras de error para las etiquetas de grupo post-hoc, ¡sería increíble! Pero, de nuevo, no es gran cosa copiar y pegar los medios, estándar. dev., y grupos post-hoc en otra tabla y luego use Graph Builder para trazar los datos de resumen (en lugar de los datos sin procesar). Gracias de nuevo y espero que esto sea útil para otros.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

Algo que descuidé anteriormente es agregar etiquetas a puntos individuales seleccionando las filas que desea etiquetar y yendo a Filas> Etiquetar/Desetiquetar.Esto debería permitirle hacer lo que quiera en este gráfico.Básicamente, recreé su ejemplo (excepto sin las barras de error), pero tuve que registrar las gráficas de una en una porque necesitaba cambiar las etiquetas de cada panel.

 

Así es como se ve el resultado final:

 

 

 

Adjunto el archivo del diario, pero hay un error frustrante en el que la configuración de la línea personalizada se estropea después de guardar y volver a abrir el diario.Probablemente notará que todas las líneas aparecerán discontinuas cuando lo abra.

 

Script de tabla de datos (nuevamente, no se puede adjuntar la tabla de datos directamente):

New Table( "Multipanel Example with Tukey labels",
 Add Rows( 4 ),
 Set Header Height( 59 ),
 New Script(
  "Growth",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Growth ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Line( X, Y, Legend( 10 ) ),
    Points( X, Y, Legend( 11 ), Jitter( "None" ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Growth",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", 12, 1 ), Min( 0.4 ), Max( 0.9 ),
     Inc( 0.1 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      10,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      11,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "chlorophyll",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :chlorophyll a ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 6 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 7 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "chlorophyll a",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", Use thousands separator( 1 ), 12, 0 ),
     Min( 0 ), Max( 8 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      6,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      7,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -8, -13}, {1, -12, 26} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -5, 21}, {1, -14, -16} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "Symbiodinium density",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Symbiodinium density ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 4 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 5 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Symbiodinium density",
     ScaleBox,
     {Min( 1.5 ), Max( 4 ), Inc( 0.5 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      5,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, 2, 24}, {1, -3, -16} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, 3, -15}, {1, 1, 24} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "max dark-adapted",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Name( "max. dark-adapted quantum yield" ) ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 3 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 4 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "max. dark-adapted quantum yield",
     ScaleBox,
     {Min( 0.72 ), Max( 0.77 ), Inc( 0.01 ), Minor Ticks( 1 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      3,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -4, -17}, {1, -6, -18} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -7, -14}, {1, -4, -17} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Treatment",
  Character,
  "Nominal",
  Set Property( "Value Ordering", {"upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Values( {"upwelling", "upwelling", "non-upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Display Width( 132 )
 ),
 New Column( "Temperature Regime",
  Numeric,
  "Nominal",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [1, 2, 1, 2] )
 ),
 New Column( "Growth",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.78, 0.75, 0.68, 0.82] )
 ),
 New Column( "Symbiodinium density",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [2.8, 3.05, 3.45, 3.38] )
 ),
 New Column( "Tukey Symbiodinium",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"B", "B", "A", "A"} )
 ),
 New Column( "chlorophyll a",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [7.2, 4.3, 5.5, 6.5] )
 ),
 New Column( "Tukey chlorophyll",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "C", "BC", "AB"} )
 ),
 New Column( "max. dark-adapted quantum yield",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.76, 0.749, 0.753, 0.739] ),
  Set Display Width( 148 )
 ),
 New Column( "Tukey max",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "B", "B", "C"} )
 ),
 Set Row States( [32776, 248, 32776, 248] ),
 Set Label Columns( :Tukey max )
)

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

Quiero tener algo como esto: un tratamiento en el eje x (surgencia vs. no surgencia), luego los íconos representan dos regímenes de temperatura diferentes. En el panel c, puede ver las interacciones entre las dos variables predictoras, pero no en D. En los paneles bd, incluí letras para mostrar las diferencias post hoc. Me pregunto si podría hacer una figura así en JMP.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

¿Podrías subir una imagen de cómo sería la trama que estás imaginando?Estoy seguro de que hay alguna manera de torcer el brazo de JMP para que lo haga.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

¡Excelente! Brillante idea tener solo los grupos de Tukey en la parte inferior.

 

Tendré que pensar en cómo hacer esto para las tramas de interacción. A partir de ahora, solo puedo hacer que haga varias listas de los grupos de tratamiento, una para cada grupo de Tukey (ver imagen). En este ejemplo, hay dos tratamientos, cada uno con dos grupos, por lo que idealmente habría solo dos grupos en el eje x.

 

Extrañamente, recibo un mensaje de error cuando intento cargar la tabla JMP, por lo que proporciono la imagen en su lugar.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

Definitivamente puedes usar cuadros de subtítulos.Otra idea sería arrastrar la columna con las etiquetas de Tukey hacia el eje X y anidar esa columna en la otra columna del eje X.Aquí hay un ejemplo de un gráfico diferente de los mismos datos donde usé las letras Tukey en el eje X anidado en la variable del eje x "Grupos".

 

 

 

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

¡Impresionante! Funcionó. No sé por qué pensé que sería tan difícil. Es como usted dijo: simplemente copie y pegue los grupos de letras de Tukey en sus propias columnas, configúrelos como etiquetas de columna y luego agréguelos a la gráfica de esa manera. El único problema que veo es que no puedo averiguar cómo hacerlo para gráficos que no son de barra, ya que no veo la función de "etiqueta" para ellos. ¿Algunas ideas? ¿Se pueden arrastrar los cuadros de título sobre los iconos en un gráfico de líneas, por ejemplo? De nuevo, gracias por tu ayuda.

Re: agregar grupos post-hoc a las parcelas

Creo que esto es posible sin demasiado trabajo y sin secuencias de comandos.La idea básica es crear una tabla de datos a partir de su informe de letras de conexión de Tukey y unir esas letras a sus datos originales haciendo coincidir el nombre del grupo con la columna Niveles de la tabla de Tukey.Luego, combine las columnas con los grupos de letras seleccionándolas > haga clic con el botón derecho en cualquiera de las columnas resaltadas > Nueva columna de fórmula > Concatenar (con espacio o con coma).A continuación, seleccione la columna resultante y utilícela para las etiquetas (Cols > Label/Unlabel).

 

Finalmente, haga su gráfico en Graph Builder.Después de hacer un gráfico de barras, pude agregar barras de error y etiquetas como usted mostró usando los controles del Panel de control para Bar.

 

**La comunidad no me permite publicar la tabla ("El contenido del archivo adjunto no coincide con su tipo de archivo").Aquí está el script para reproducirlo:

New Table( "ExamplePlotTukeyLabels",
 Add Rows( 17 ),
 New Script(
  "Source",
  Data Table( "Untitled 4" ) << Join(
   With( Data Table( "Untitled 6" ) ),
   By Matching Columns( :Groups = :Level ),
   Drop multiples( 0, 0 ),
   Include Nonmatches( 0, 0 ),
   Preserve main table order( 1 )
  )
 ),
 New Script(
  "Make Into Data Table",
  Names Default To Here( 1 );
  platform = Current Data Table() << Oneway(
   Y( :Y ),
   X( :Groups ),
   All Pairs( 1 )
  );
  Wait( 0 );
  Report( platform )[Outline Box( "Oneway Analysis of Y By Groups" )][
  Outline Box( "Means Comparisons" )][
  Outline Box( "Comparisons for all pairs using Tukey-Kramer HSD" )][
  Outline Box( "Connecting Letters Report" )][Table Box( 1 )] <<
  Make Into Data Table;
  Report( platform ) << Close Window;
 ),
 New Script(
  "Example with Tukey Levels",
  Graph Builder(
   Size( 518, 550 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Variables( X( :Groups ), Y( :Y ) ),
   Elements(
    Bar(
     X,
     Y,
     Legend( 4 ),
     Error Bars( "Standard Error" ),
     Label( "Label by Row" )
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Groups",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 2",
   "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 3", "Group 3",
   "Group 3", "Group 3", "Group 3", "Group 4", "Group 4"}
  )
 ),
 New Column( "Y",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   Random Normal( 15, 3 ) + Col Mean( Random Normal( 0, 10 ), :Groups )
  ),
  Suppress Eval
 ),
 New Column( "Level",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "C",
   "C", "D", "D"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column A",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"", "", "", "", "", "A", "A", "A", "A", "A", "", "", "", "", "", "A",
   "A"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column B",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"B", "B", "B", "B", "B", "", "", "", "", "", "B", "B", "B", "B", "B",
   "B", "B"}
  )
 ),
 New Column( "Concatenate[~Le...etter Column B]",
  Character,
  "Nominal",
  Formula( :Name( "~Letter Column A" ) || " " || :Name( "~Letter Column B" ) )
 ),
 New Column( "Mean",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Fixed Dec", 12, 6 ),
  Set Values(
   [12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854,
   12.8498772929854, 19.105279210907, 19.105279210907, 19.105279210907,
   19.105279210907, 19.105279210907, 11.7021088825322, 11.7021088825322,
   11.7021088825322, 11.7021088825322, 11.7021088825322, 16.4722902997683,
   16.4722902997683]
  )
 ),
 Set Label Columns( :Name( "Concatenate[~Le...etter Column B]" ) )
)