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aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

È possibile aggiungere lettere ai grafici per indicare differenze post-hoc (ad esempio, HSD di Tukey p<0,05)? Quello che faccio normalmente è usare GraphBuilder per creare un grafico, copiarlo, incollarlo in Adobe Illustrator e quindi aggiungere manualmente lettere minuscole (a=più alto, b=successivo più alto.....f=più basso) per denotare post hoc differenze (dall'aver eseguito il modello statistico in "Fit model"). Immagino che questo sia l'unico modo per farlo, ma ho pensato di chiedere nel caso in cui qualcuno avesse scritto uno script personalizzato che mette annotazioni (anche solo asterischi in esempi più semplici di 2 campioni) sopra/adiacente a valori di trama. In questo esempio, ho inserito i gruppi post-hoc all'interno delle colonne.

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Eccellente! Non ho mai nemmeno pensato di utilizzare le etichette di riga e colonna, ma sembra che possano essere utilizzate con i grafici a linee.

 

Potrei meglio un "bisogno" per gli sviluppi JMP che è un'estensione di questo: quando usi Graph Builder, puoi fare in modo che tracci statistiche di riepilogo, come medie e barre di errore. Se ci fosse un'altra opzione sotto le barre di errore per le etichette di gruppo post-hoc sarebbe fantastico! Ma poi di nuovo, non è un grosso problema copiare e incollare i mezzi, std. devs. e gruppi post-hoc in un'altra tabella e quindi utilizzare Graph Builder per tracciare i dati di riepilogo (anziché i dati grezzi). Grazie ancora e spero che questo sia utile ad altri.

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Qualcosa che ho trascurato in precedenza è l'aggiunta di etichette a singoli punti selezionando le righe che desideri etichettare e andando su Righe> Etichetta/Unlabel.Questo dovrebbe permetterti di fare quello che vuoi in questo grafico.Fondamentalmente ho ricreato il tuo esempio (tranne senza le barre di errore), ma ho dovuto registrare i grafici 1 alla volta perché avevo bisogno di cambiare le etichette per ogni pannello.

 

Ecco come appare il risultato finale:

 

 

 

Allego il file del diario, ma c'è un bug frustrante in cui le impostazioni della riga personalizzata vengono incasinate dopo aver salvato e riaperto il diario.Probabilmente noterai che tutte le linee saranno tratteggiate quando lo apri.

 

Script della tabella dati (di nuovo, non è possibile allegare direttamente la tabella dati):

New Table( "Multipanel Example with Tukey labels",
 Add Rows( 4 ),
 Set Header Height( 59 ),
 New Script(
  "Growth",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Growth ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Line( X, Y, Legend( 10 ) ),
    Points( X, Y, Legend( 11 ), Jitter( "None" ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Growth",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", 12, 1 ), Min( 0.4 ), Max( 0.9 ),
     Inc( 0.1 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      10,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      11,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "chlorophyll",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :chlorophyll a ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 6 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 7 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "chlorophyll a",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", Use thousands separator( 1 ), 12, 0 ),
     Min( 0 ), Max( 8 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      6,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      7,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -8, -13}, {1, -12, 26} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -5, 21}, {1, -14, -16} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "Symbiodinium density",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Symbiodinium density ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 4 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 5 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Symbiodinium density",
     ScaleBox,
     {Min( 1.5 ), Max( 4 ), Inc( 0.5 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      5,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, 2, 24}, {1, -3, -16} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, 3, -15}, {1, 1, 24} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "max dark-adapted",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Name( "max. dark-adapted quantum yield" ) ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 3 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 4 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "max. dark-adapted quantum yield",
     ScaleBox,
     {Min( 0.72 ), Max( 0.77 ), Inc( 0.01 ), Minor Ticks( 1 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      3,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -4, -17}, {1, -6, -18} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -7, -14}, {1, -4, -17} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Treatment",
  Character,
  "Nominal",
  Set Property( "Value Ordering", {"upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Values( {"upwelling", "upwelling", "non-upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Display Width( 132 )
 ),
 New Column( "Temperature Regime",
  Numeric,
  "Nominal",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [1, 2, 1, 2] )
 ),
 New Column( "Growth",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.78, 0.75, 0.68, 0.82] )
 ),
 New Column( "Symbiodinium density",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [2.8, 3.05, 3.45, 3.38] )
 ),
 New Column( "Tukey Symbiodinium",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"B", "B", "A", "A"} )
 ),
 New Column( "chlorophyll a",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [7.2, 4.3, 5.5, 6.5] )
 ),
 New Column( "Tukey chlorophyll",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "C", "BC", "AB"} )
 ),
 New Column( "max. dark-adapted quantum yield",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.76, 0.749, 0.753, 0.739] ),
  Set Display Width( 148 )
 ),
 New Column( "Tukey max",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "B", "B", "C"} )
 ),
 Set Row States( [32776, 248, 32776, 248] ),
 Set Label Columns( :Tukey max )
)

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Voglio avere qualcosa di simile a questo: un trattamento sull'asse x (upwelling vs. non upwelling), quindi le icone rappresentano due diversi regimi di temperatura. Nel pannello c, puoi vedere le interazioni tra le due variabili predittive, ma non in D. Nei pannelli bd, ho incluso lettere per mostrare differenze post hoc. Mi chiedo se potrei fare una figura del genere in JMP?

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Potresti caricare una foto di come potrebbe essere la trama che stai immaginando?Sono sicuro che c'è un modo per convincere JMP a farcela.

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Grande! Brillante idea di avere solo i gruppi di Tukey in fondo.

 

Dovrò pensare a come procedere per le trame di interazione. A partire da ora, posso solo fare in modo che faccia più elenchi dei gruppi di trattamento, uno per ogni gruppo di Tukey (vedi immagine). In questo esempio, ci sono due trattamenti, ciascuno con due gruppi, quindi idealmente ci sarebbero solo due gruppi sull'asse x.

 

Stranamente, ricevo un messaggio di errore quando provo a caricare la tabella JMP, motivo per cui sto fornendo l'immagine.

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Puoi sicuramente usare le didascalie.Un'altra idea sarebbe trascinare la colonna con le etichette Tukey sull'asse X e nidificare quella colonna nell'altra colonna dell'asse x.Ecco un esempio di un grafico diverso degli stessi dati in cui ho utilizzato le lettere Tukey nell'asse X nidificate nella variabile dell'asse x "Gruppi".

 

 

 

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Eccezionale! Ha funzionato. Non so perché ho pensato che sarebbe stato così difficile. È come hai detto tu: copia e incolla semplicemente i gruppi di lettere di Tukey nelle loro colonne, impostali come etichette di colonna e quindi aggiungili alla trama in questo modo. L'unico problema che vedo è che non riesco a capire come farlo per i grafici non a barre, poiché non vedo la funzione "etichetta" per quelli. Qualche idea? Ad esempio, le caselle dei sottotitoli possono essere trascinate sulle icone in un grafico a linee? Grazie ancora per il vostro aiuto.

Oggetto: aggiunta di gruppi post-hoc ai grafici

Penso che questo sia possibile senza troppo lavoro e senza script.L'idea di base è creare una tabella di dati dal rapporto delle lettere di collegamento Tukey e unire quelle lettere ai dati originali abbinando il nome del gruppo alla colonna Livelli dalla tabella Tukey.Quindi, combina le colonne con i gruppi di lettere selezionandole > fai clic con il pulsante destro del mouse su una qualsiasi delle colonne evidenziate > Nuova colonna formula > Concatena (con spazio o con virgola).Successivamente, seleziona la colonna risultante e usala per le etichette (Cols > Label/Unlabel).

 

Infine, crea il tuo grafico in Graph Builder.Dopo aver creato un grafico a barre, sono stato in grado di aggiungere barre ed etichette di errore come hai mostrato utilizzando i controlli del pannello di controllo per Bar.

 

**La community non mi consente di pubblicare la tabella ("Il contenuto dell'allegato non corrisponde al tipo di file").Ecco lo script per riprodurlo:

New Table( "ExamplePlotTukeyLabels",
 Add Rows( 17 ),
 New Script(
  "Source",
  Data Table( "Untitled 4" ) << Join(
   With( Data Table( "Untitled 6" ) ),
   By Matching Columns( :Groups = :Level ),
   Drop multiples( 0, 0 ),
   Include Nonmatches( 0, 0 ),
   Preserve main table order( 1 )
  )
 ),
 New Script(
  "Make Into Data Table",
  Names Default To Here( 1 );
  platform = Current Data Table() << Oneway(
   Y( :Y ),
   X( :Groups ),
   All Pairs( 1 )
  );
  Wait( 0 );
  Report( platform )[Outline Box( "Oneway Analysis of Y By Groups" )][
  Outline Box( "Means Comparisons" )][
  Outline Box( "Comparisons for all pairs using Tukey-Kramer HSD" )][
  Outline Box( "Connecting Letters Report" )][Table Box( 1 )] <<
  Make Into Data Table;
  Report( platform ) << Close Window;
 ),
 New Script(
  "Example with Tukey Levels",
  Graph Builder(
   Size( 518, 550 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Variables( X( :Groups ), Y( :Y ) ),
   Elements(
    Bar(
     X,
     Y,
     Legend( 4 ),
     Error Bars( "Standard Error" ),
     Label( "Label by Row" )
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Groups",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 2",
   "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 3", "Group 3",
   "Group 3", "Group 3", "Group 3", "Group 4", "Group 4"}
  )
 ),
 New Column( "Y",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   Random Normal( 15, 3 ) + Col Mean( Random Normal( 0, 10 ), :Groups )
  ),
  Suppress Eval
 ),
 New Column( "Level",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "C",
   "C", "D", "D"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column A",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"", "", "", "", "", "A", "A", "A", "A", "A", "", "", "", "", "", "A",
   "A"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column B",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"B", "B", "B", "B", "B", "", "", "", "", "", "B", "B", "B", "B", "B",
   "B", "B"}
  )
 ),
 New Column( "Concatenate[~Le...etter Column B]",
  Character,
  "Nominal",
  Formula( :Name( "~Letter Column A" ) || " " || :Name( "~Letter Column B" ) )
 ),
 New Column( "Mean",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Fixed Dec", 12, 6 ),
  Set Values(
   [12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854,
   12.8498772929854, 19.105279210907, 19.105279210907, 19.105279210907,
   19.105279210907, 19.105279210907, 11.7021088825322, 11.7021088825322,
   11.7021088825322, 11.7021088825322, 11.7021088825322, 16.4722902997683,
   16.4722902997683]
  )
 ),
 Set Label Columns( :Name( "Concatenate[~Le...etter Column B]" ) )
)