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ajout de groupes post-hoc aux tracés

Est-il possible d'ajouter des lettres aux tracés pour signifier des différences post-hoc (par exemple, HSD de Tukey p<0,05) ? Ce que je fais normalement, c'est utiliser GraphBuilder pour créer un tracé, le copier, le coller dans Adobe Illustrator, puis ajouter manuellement des lettres minuscules (a = le plus élevé, b = le plus élevé suivant... f = le plus bas) pour indiquer post-hoc différences (après avoir exécuté le modèle statistique sous « Ajuster le modèle »). Je suppose que c'est la seule façon de procéder, mais j'ai juste pensé demander si quelqu'un avait écrit un script personnalisé qui place des annotations (même simplement des astérisques dans des exemples plus simples de 2 exemples) au-dessus/à côté de tracer les valeurs. Dans cet exemple, j'ai inséré les groupes post-hoc dans des colonnes.

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Excellent! Je n'ai même jamais pensé à utiliser les étiquettes de lignes et de colonnes, mais il semble qu'elles puissent être utilisées avec des graphiques linéaires.

 

Il se peut que je réponde à un "besoin" de développement de JMP qui en est une extension : lorsque vous utilisez Graph Builder, vous pouvez lui faire tracer des statistiques récapitulatives, telles que des barres de moyenne et d'erreur. S'il y avait une autre option sous les barres d'erreur pour les étiquettes de groupe post-hoc, ce serait génial ! Mais là encore, ce n'est pas grave de copier et coller les moyens, std. devs., et les groupes post-hoc dans une autre table, puis utilisez Graph Builder pour tracer les données récapitulatives (plutôt que les données brutes). Merci encore et j'espère que cela sera utile à d'autres.

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Quelque chose que j'ai négligé plus tôt est l'ajout d'étiquettes à des points individuels en sélectionnant les lignes que vous souhaitez étiqueter et en allant dans Lignes > Étiquette/Délabel.Cela devrait vous permettre de faire ce que vous voulez dans ce graphique.J'ai essentiellement recréé votre exemple (sauf sans les barres d'erreur), mais j'ai dû journaliser les tracés un par un car je devais changer les étiquettes de chaque panneau.

 

Voici à quoi ressemble le résultat final :

 

 

 

Je joins le fichier journal, mais il y a un bug frustrant où les paramètres de ligne personnalisés sont perturbés après l'enregistrement et la réouverture du journal.Vous remarquerez probablement que toutes les lignes seront en pointillés lorsque vous l'ouvrirez.

 

Script de table de données (encore une fois, impossible de joindre directement la table de données) :

New Table( "Multipanel Example with Tukey labels",
 Add Rows( 4 ),
 Set Header Height( 59 ),
 New Script(
  "Growth",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Growth ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Line( X, Y, Legend( 10 ) ),
    Points( X, Y, Legend( 11 ), Jitter( "None" ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Growth",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", 12, 1 ), Min( 0.4 ), Max( 0.9 ),
     Inc( 0.1 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      10,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      11,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "chlorophyll",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :chlorophyll a ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 6 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 7 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "chlorophyll a",
     ScaleBox,
     {Format( "Fixed Dec", Use thousands separator( 1 ), 12, 0 ),
     Min( 0 ), Max( 8 ), Inc( 2 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      6,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      7,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -8, -13}, {1, -12, 26} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -5, 21}, {1, -14, -16} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "Symbiodinium density",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Symbiodinium density ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 4 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 5 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "Symbiodinium density",
     ScaleBox,
     {Min( 1.5 ), Max( 4 ), Inc( 0.5 ), Minor Ticks( 0 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      5,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, 2, 24}, {1, -3, -16} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, 3, -15}, {1, 1, 24} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Script(
  "max dark-adapted",
  Graph Builder(
   Size( 518, 446 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Show Legend( 0 ),
   Variables(
    X( :Treatment ),
    Y( :Name( "max. dark-adapted quantum yield" ) ),
    Overlay( :Temperature Regime )
   ),
   Elements(
    Points( X, Y, Legend( 3 ), Jitter( "None" ) ),
    Line( X, Y, Legend( 4 ) )
   ),
   SendToReport(
    Dispatch(
     {},
     "max. dark-adapted quantum yield",
     ScaleBox,
     {Min( 0.72 ), Max( 0.77 ), Inc( 0.01 ), Minor Ticks( 1 )}
    ),
    Dispatch(
     {},
     "400",
     ScaleBox,
     {Legend Model(
      3,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     ), Legend Model(
      4,
      Properties(
       0,
       {Line Color( 0 ), Line Style( "Dotted" ),
       Fill Color( 0 )},
       Item ID( "1", 1 )
      ),
      Properties(
       1,
       {Line Color( 0 ), Fill Color( 0 )},
       Item ID( "2", 1 )
      )
     )}
    ),
    Dispatch( {}, "graph title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch( {}, "X title", TextEditBox, {Set Text( "" )} ),
    Dispatch(
     {},
     "Graph Builder",
     FrameBox,
     {DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (1)" ),
      label offset( {0, -4, -17}, {1, -6, -18} )
     ), DispatchSeg(
      Marker Seg( "Marker (2)" ),
      label offset( {0, -7, -14}, {1, -4, -17} )
     )}
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Treatment",
  Character,
  "Nominal",
  Set Property( "Value Ordering", {"upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Values( {"upwelling", "upwelling", "non-upwelling", "non-upwelling"} ),
  Set Display Width( 132 )
 ),
 New Column( "Temperature Regime",
  Numeric,
  "Nominal",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [1, 2, 1, 2] )
 ),
 New Column( "Growth",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.78, 0.75, 0.68, 0.82] )
 ),
 New Column( "Symbiodinium density",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [2.8, 3.05, 3.45, 3.38] )
 ),
 New Column( "Tukey Symbiodinium",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"B", "B", "A", "A"} )
 ),
 New Column( "chlorophyll a",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [7.2, 4.3, 5.5, 6.5] )
 ),
 New Column( "Tukey chlorophyll",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "C", "BC", "AB"} )
 ),
 New Column( "max. dark-adapted quantum yield",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Set Values( [0.76, 0.749, 0.753, 0.739] ),
  Set Display Width( 148 )
 ),
 New Column( "Tukey max",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values( {"A", "B", "B", "C"} )
 ),
 Set Row States( [32776, 248, 32776, 248] ),
 Set Label Columns( :Tukey max )
)

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Je veux avoir quelque chose comme ça : un traitement sur l'axe x (upwelling vs non-upwelling), puis les icônes représentent deux régimes de température différents. Dans le panneau c, vous pouvez voir les interactions entre les deux variables prédictives, mais pas dans D. Dans les panneaux bd, j'ai inclus des lettres pour montrer les différences post hoc. Je me demande si je pourrais faire un tel chiffre dans JMP ?

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Pourriez-vous télécharger une photo de ce à quoi pourrait ressembler l’intrigue que vous envisagez ?Je suis sûr qu'il existe un moyen de forcer JMP à y parvenir.

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Super! Idée géniale d'avoir juste les groupes de Tukey en bas.

 

Je vais devoir réfléchir à la façon de procéder pour les tracés d'interaction. Pour l'instant, je ne peux que faire plusieurs listes de groupes de traitement, une pour chaque groupe de Tukey (voir image.). Dans cet exemple, il y a deux traitements, chacun avec deux groupes, donc idéalement il n'y aurait que deux groupes sur l'axe des x.

 

Bizarrement, je reçois un message d'erreur lorsque j'essaie de télécharger la table JMP, c'est pourquoi je fournis l'image à la place.

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Vous pouvez certainement utiliser des zones de légende.Une autre idée serait de faire glisser la colonne avec les étiquettes Tukey vers l'axe X et d'imbriquer cette colonne dans la colonne de l'autre axe X.Voici un exemple d'un graphique différent des mêmes données où j'ai utilisé les lettres Tukey sur l'axe X imbriquées dans la variable de l'axe X "Groupes".

 

 

 

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Génial! Ça a marché. Je ne sais pas pourquoi je pensais que ce serait si difficile. C'est comme vous l'avez dit : copiez et collez simplement les groupes de lettres de Tukey dans leurs propres colonnes, définissez-les comme étiquettes de colonne, puis ajoutez-les au tracé de cette façon. Le seul problème que je vois est que je n'arrive pas à comprendre comment le faire pour les tracés sans barres, car je ne vois pas la fonctionnalité « étiquette » pour ceux-ci. Des idées? Les zones de légende peuvent-elles être glissées sur les icônes dans un tracé linéaire, par exemple ? Merci encore pour votre aide.

Re : ajout de groupes post-hoc aux tracés

Je pense que c'est possible sans trop de travail et sans script.L'idée de base est de créer une table de données à partir de votre rapport de lettres de connexion Tukey et de joindre ces lettres à vos données d'origine en faisant correspondre le nom du groupe à la colonne Niveaux de la table Tukey.Ensuite, combinez les colonnes avec les groupes de lettres en les sélectionnant > cliquez avec le bouton droit sur l'une des colonnes en surbrillance > Nouvelle colonne de formule > Concaténer (avec espace ou avec virgule).Ensuite, sélectionnez la colonne résultante et utilisez-la pour les étiquettes (Cols > Label/Unlabel).

 

Enfin, créez votre tracé dans Graph Builder.Après avoir créé un graphique à barres, j'ai pu ajouter des barres d'erreur et des étiquettes comme vous l'avez montré à l'aide des commandes du Panneau de configuration pour Bar.

 

**La communauté ne me permet pas de publier le tableau (« Le contenu de la pièce jointe ne correspond pas à son type de fichier »).Voici le script pour le reproduire :

New Table( "ExamplePlotTukeyLabels",
 Add Rows( 17 ),
 New Script(
  "Source",
  Data Table( "Untitled 4" ) << Join(
   With( Data Table( "Untitled 6" ) ),
   By Matching Columns( :Groups = :Level ),
   Drop multiples( 0, 0 ),
   Include Nonmatches( 0, 0 ),
   Preserve main table order( 1 )
  )
 ),
 New Script(
  "Make Into Data Table",
  Names Default To Here( 1 );
  platform = Current Data Table() << Oneway(
   Y( :Y ),
   X( :Groups ),
   All Pairs( 1 )
  );
  Wait( 0 );
  Report( platform )[Outline Box( "Oneway Analysis of Y By Groups" )][
  Outline Box( "Means Comparisons" )][
  Outline Box( "Comparisons for all pairs using Tukey-Kramer HSD" )][
  Outline Box( "Connecting Letters Report" )][Table Box( 1 )] <<
  Make Into Data Table;
  Report( platform ) << Close Window;
 ),
 New Script(
  "Example with Tukey Levels",
  Graph Builder(
   Size( 518, 550 ),
   Show Control Panel( 0 ),
   Variables( X( :Groups ), Y( :Y ) ),
   Elements(
    Bar(
     X,
     Y,
     Legend( 4 ),
     Error Bars( "Standard Error" ),
     Label( "Label by Row" )
    )
   )
  )
 ),
 New Column( "Groups",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 1", "Group 2",
   "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 2", "Group 3", "Group 3",
   "Group 3", "Group 3", "Group 3", "Group 4", "Group 4"}
  )
 ),
 New Column( "Y",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Best", 12 ),
  Formula(
   Random Normal( 15, 3 ) + Col Mean( Random Normal( 0, 10 ), :Groups )
  ),
  Suppress Eval
 ),
 New Column( "Level",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"A", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "C",
   "C", "D", "D"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column A",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"", "", "", "", "", "A", "A", "A", "A", "A", "", "", "", "", "", "A",
   "A"}
  )
 ),
 New Column( "~Letter Column B",
  Character,
  "Nominal",
  Set Values(
   {"B", "B", "B", "B", "B", "", "", "", "", "", "B", "B", "B", "B", "B",
   "B", "B"}
  )
 ),
 New Column( "Concatenate[~Le...etter Column B]",
  Character,
  "Nominal",
  Formula( :Name( "~Letter Column A" ) || " " || :Name( "~Letter Column B" ) )
 ),
 New Column( "Mean",
  Numeric,
  "Continuous",
  Format( "Fixed Dec", 12, 6 ),
  Set Values(
   [12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854, 12.8498772929854,
   12.8498772929854, 19.105279210907, 19.105279210907, 19.105279210907,
   19.105279210907, 19.105279210907, 11.7021088825322, 11.7021088825322,
   11.7021088825322, 11.7021088825322, 11.7021088825322, 16.4722902997683,
   16.4722902997683]
  )
 ),
 Set Label Columns( :Name( "Concatenate[~Le...etter Column B]" ) )
)