실험 설계 - 유전 공학안녕하세요,
이 실험 디자인을 만들 수있는 방법에 대해 생각해 봤으며 모든 의견을 환영합니다.
우리가하고있는 일은 어떤면에서 유전 요소를 모으는 것입니다. 우리는 프로모터로 유전자 발현을 유도하고 종결 자 (terminator)로 중지시킨다. 이러한 요소에는 측정 가능한 요소가 있으며 때때로 이러한 요소를 개별 수치 요소로 사용합니다. 그래서 우리가하고자하는 실험은 3 개의 위치에 3 개의 유전자를 가지고 있으며 발기인과 터미네이터 세트를 가지고 있습니다. 다음과 같이 보일 것입니다 :
Pos1
프로모터 / 유전자 / 터미네이터
Pos2
프로모터 / 유전자 / 터미네이터
Pos3
프로모터 / 유전자 / 터미네이터
내가 가지고있는 문제는 이것이다. 만약 내가 발기인 (6 개), 유전자 (3 개), 종결 인자 (6 개)를 가지고 있다면 어떤 위치에서도 어떤 조합 으로든 갈 수있다. 그러나 그들은 유기체의 방식으로 인해 한 번만 사용할 수있다. 공장. 그래서 만약 내가 위치 1 발기인 4를 선택한다면, 나는 디자인의 나머지 부분을 위해 그것을 다시 사용할 수 없다. 나는 이것이 어떤 종류의 혼합물이라고 상상한다. 그러나 나는 중요 할지도 모르는 모든 상호 작용들과 함께 나의 위치적인 특성들에 걸쳐 그것을 포착하는 방법을 확신하지 못한다. 나는 어떤 도움을 인정 그래서 붙어 있어요! 나는 보통 이런 종류의 작업을하기 위해 맞춤 디자이너를 사용한다.
재 : 실험 설계 - 유전 공학하이 데이브,
나는 위의 상황이 #factors = #factorlevels이고 독특한 문제라는 독특한 상황이라고 생각합니다. #factor levels> #factors는 실험이 더 이상 제약을받지 않으며 모델이 예측 가능하다고 생각합니다. 3 가지 요소 각각이 이제 6 단계 인 아래 예를 참조하십시오.
문안 인사,
필
암사슴(
주문 설계,
{응답 추가 (최대화, "Y",.,.,. ),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P1", 0),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P2", 0),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P3", 0),
난수 시드 (1073470905), 시작 수 (4060), 용어 추가 ({1, 0}),
용어 추가 ({1, 1}), 잠재적 용어 추가 ({1, 2}), 잠재적 용어 추가 ({1, 3}),
잠재적 용어 추가 ({1, 4}), 잠재적 용어 추가 ({1, 5}), 용어 추가 ({2, 1}),
잠재적 용어 추가 ({2, 2}), 잠재적 용어 추가 ({2, 3}),
잠재적 용어 추가 ({2, 4}), 잠재적 용어 추가 ({2, 5}), 용어 추가 ({3, 1}),
잠재적 용어 추가 ({3, 2}), 잠재적 용어 추가 ({3, 3}),
잠재적 용어 추가 ({3, 4}), 잠재적 용어 추가 ({3, 5}),
용어 추가 ({1, 1}, {2, 1}), 용어 추가 ({1, 1}, {3, 1}),
용어 추가 ({2,1}, {3,1}), 샘플 크기 설정 (13),
허용되지 않는 조합 (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
), 최적 성 기준 (2), 반응 시뮬레이션 (1), 디자인 만들기,
실행 순서 설정 (무작위 화), 표 만들기}
);
재 : 실험 설계 - 유전 공학맞춤 디자인은 허용되지 않는 조합을 고려한 최적의 디자인을 찾는 것입니다.
그러나이 예에서는 매우 제한적인 시스템으로 끝납니다. 따라서 실험이 실제로 매우 유용하다고는 생각하지 않습니다. 제 생각에는 아마도 혼합물 설계가 필요하다는 것을 당신이 처음으로 생각했을 것입니다.
재 : 실험 설계 - 유전 공학좋아요. 나는 그것이 효과가 있다고 생각한다!
이러한 허용되지 않는 조합은 맞춤형 디자이너에서 최적의 모델을 찾거나 단순히 광범위하게 누락 된 것으로 간주됩니까? 이것이 상호 작용 용어의 상호 작용에 영향을 미칠 것인가?
재 : 실험 설계 - 유전 공학하이 데이브,
그건 네 문제를 잘 설명 해준다.
사용자 지정 디자인의 허용되지 않는 조합 기능이 솔루션이라고 생각합니다.
필자는 레벨 1, 4, 6의 3 가지 요인, 모든 이산 숫자로 디자인을 시작했습니다.
P_PW1_P1,
P_PW1_P2,
P_PW1_P3
그런 다음 "허용되지 않은 조합 스크립트 사용"을 선택하고 다음과 같이 표현식을 추가하십시오.
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
기본적으로 우리는 factor X1 level = factor X2 level을 허용되지 않는 조합으로 정의하고 있습니다. X1 / X3 및 X2 / X3에서도 마찬가지입니다.
"|"는 Or와 같이 허용되지 않는 여러 조합을 조합하는 Or의 symobol입니다.
나는 이것이 당신을 위해 일할 수있는 디자인을 제공한다고 생각합니다.
(아래 전체 스크립트)
@ryan_lekivetz 블로그 게시물에서 허용되지 않는 조합 필터 및 / 또는 스크립트를 사용하는 좋은 예가 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
문안 인사,
필
암사슴(
주문 설계,
{응답 추가 (최대화, "Y",.,.,. ),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 4, 6}, "P_PW1_P1", 0),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 4, 6}, "P_PW1_P2", 0),
팩터 추가 (이산 숫자, {1, 4, 6}, "P_PW1_P3", 0),
임의 시드 설정 (1489472428), 시작 수 (89357), 용어 추가 ({1, 0}),
용어 추가 ({1, 1}), 잠재적 용어 추가 ({1, 2}), 용어 추가 ({2, 1}),
잠재적 용어 추가 ({2, 2}), 용어 추가 ({3,1}), 잠재적 용어 추가 ({3, 2}),
별칭 용어 ({1, 1}, {2, 1}) 추가, 별칭 용어 ({1, 1}, {3,1}) 추가,
별칭 용어 추가 ({2,1}, {3,1}), 샘플 크기 설정 (6),
허용되지 않는 조합 (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
}}
);
재 : 실험 설계 - 유전 공학안녕하세요,
내가 출품 한 디자인의 네 번째 런 만이 이번 만에 유효합니다. 다른 요소가 포함될 수없는 요소가 사용되면 요소가 같은 세트에서 비롯된 경우에도 요소를 반복하여 사용할 수 없습니다.
데이브
재 : 실험 설계 - 유전 공학뉘앙스에 대해 깊이 논의하지 않고 나에게 떠오르는 것이 무엇인지 설명하려고합니다. 1. 라틴 사각형 (전혀 적용되지 않을 수도 있음) 및 2. 유전자 위치는 GP가 3 단계 : g1g2g3, g2g3g1, g3g1g2를 가진 범주 형 변수 (GP라고 부름)이며 GP, 종결 자, 발기인을 통해 실험합니다. 나는 달리기 나 전체 디자인 안에서 바꿀 수있는 것과 할 수없는 것에 대해 다소 혼란 스럽다는 것을 인정할 것이다.재 : 실험 설계 - 유전 공학안녕하세요,
내가 실험 설계를 탐구 한 한 가지 방법입니다.
모든 위치 요소를 일련의 범주 적 요인으로 분리하면 관련이 있다는 사실을 포착하지 않을 것이라고 우려합니다 (다른 위치에있는 동일한 세트이며 하나의 위치에서 사용되면 하나의 위치에있을 수 있음). 이러한 상호 작용이 위치 요소를 연결하는 방법
재 : 실험 설계 - 유전 공학안녕하세요,
그냥 분명히하기 위해서 : 당신은 9 가지 요소가 있다는 것을 의미합니까? 즉
Pos1 발기인
Pos1 유전자
Pos1 터미네이터
Pos2 발기인
.
.
.
.
Pos3 터미네이터
과
발기인 요인은 6 단계의 범주입니다.
유전자 요인은 3 단계의 범주 형입니다.
터미네이터 요소는 6 단계의 범주 형입니다.
