実験デザイン - 遺伝子工学こんにちは、
私はこの実験計画を作成するための可能な方法について考えてきました、そしてどんな入力でも評価するでしょう。
私たちがしていることは特定の方法で遺伝的要素をまとめることです。私達はプロモーターで遺伝子発現を駆動し、そしてターミネーターでそれを止めます。これらの要素には測定可能な変化があり、それらを離散的な数値因子として使用することがあります。だから私たちがやりたい実験はプロモーターとターミネーターのセットを持つ3つの位置に3つの遺伝子を持っているでしょう。これは次のようになります。
Pos1
プロモーター/遺伝子/ターミネーター
Pos2
プロモーター/遺伝子/ターミネーター
Pos3
プロモーター/遺伝子/ターミネーター
私が抱えている問題は、私がプロモーター（6）、遺伝子（3）、ターミネーター（6）のセットを持っている場合、これらはどの位置でも任意の組み合わせで行くことができるということです。動作します。だから私は位置1プロモーター4を選択した場合、私はそれをデザインの残りの部分に再び使用することはできません。私はこれがある種の混合物であると思います、しかし、私がどのように私がどのように私の位置的な特性を横切ってそれを捕らえるかについて確信がありません。私は立ち往生しているので、どんな助けにも感謝しています！私は通常このような作業をするためにカスタムデザイナーを使います。
実験デザイン - 遺伝子工学こんにちはDave、
上記は#factors = #factorlevelsというユニークな状況であり、これはユニークな問題です。＃ファクタレベル>＃ファクタの場合、実験はもはやそれほど制約されず、モデルは推定可能になると思います。以下の例を参照してください。ここで、3つの要素はそれぞれ6レベルです。
よろしく、
フィル
DOE（
カスタムデザイン、
{Add Response（最大化、"Y"、...、...、。）
係数の追加（離散値、{1、2、3、4、5、6}、"P_PW1_P1"、0）、
係数の追加（離散値、{1、2、3、4、5、6}、"P_PW1_P2"、0）、
係数の追加（離散値、{1、2、3、4、5、6}、"P_PW1_P3"、0）、
ランダムシードの設定（1073470905）、開始数（4060）、用語の追加（{1、0}）、
用語の追加（{1、1}）、潜在用語の追加（{1、2}）、潜在用語の追加（{1、3}）、
ポテンシャル項の追加（{1、4}）、ポテンシャル項の追加（{1、5}）、ターム追加（{2、1}）、
ポテンシャル項の追加（{2、2}）、ポテンシャル項の追加（{2、3}）、
ポテンシャル項の追加（{2、4}）、ポテンシャル項の追加（{2、5}）、ターム追加（{3、1}）、
ポテンシャル項の追加（{3、2}）、ポテンシャル項の追加（{3、3}）、
ポテンシャル項の追加（{3、4}）、ポテンシャル項の追加（{3、5}）、
用語を追加（{1、1}、{2、1}）、用語を追加（{1、1}、{3、1}）、
項の追加（{2、1}、{3、1}）、サンプルサイズの設定（13）、
許可されていない組み合わせ（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
）、最適性基準（2）、応答のシミュレーション（1）、設計を行い、
実行順序の設定（ランダム化）、表の作成}
;
実験デザイン - 遺伝子工学カスタムデザインは、許可されていない組み合わせを考慮して最適なデザインを見つけることです。
しかし、この例では、非常に制約のあるシステムになります。ですから、この実験が実際には非常に役立つとは思いません。私はあなたが多分混合物の設計がここで必要とされるという最初の例では正しかったと思う。
実験デザイン - 遺伝子工学それは素晴らしい。私はそれがうまくいくと思います！
これらの許可されていない組み合わせは、カスタムデザイナーで最適なモデルを見つける際に考慮されているのか、それとも単に広く除外されているのか？これは相互作用用語の解釈に影響しますか？
実験デザイン - 遺伝子工学こんにちはDave、
それはあなたの問題をうまく説明しています。
カスタムデザインのDisallowed Combinations機能が解決策になるかもしれません。
私は3つの要素からなる設計を開始しました。レベル1、4、6で、すべて離散的な数値です。
P_PW1_P1、
P_PW1_P2、
P_PW1_P3
それから私は "許可されていない組み合わせスクリプトを使用する"と表現として次を追加します。
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
基本的に、因子X1レベル=因子X2レベルを、許可されていない組み合わせとして定義しています。X1 / X3とX2 / X3も同じです。
"|"はOrのシンボリックです。これは、このように許可されていない複数の組み合わせを組み合わせる方法です。
私はこれがあなたのために働くだろうデザインを与えると思います。
（下のフルスクリプト）
@ryan_lekivetz 彼のブログ記事に、許可されていない組み合わせのフィルタやスクリプトの使用例がいくつかあります。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
よろしく、
フィル
DOE（
カスタムデザイン、
{Add Response（最大化、"Y"、...、...、。）
係数の追加（離散数値、{1、4、6}、"P_PW1_P1"、0）、
係数の追加（離散値、{1、4、6}、"P_PW1_P2"、0）、
係数の追加（離散値、{1、4、6}、"P_PW1_P3"、0）、
ランダムシードの設定（1489472428）、開始数（89357）、用語の追加（{1、0}）、
用語を追加（{1、1}）、潜在的用語を追加（{1、2}）、用語を追加（{2、1}）、
ポテンシャル項の追加（{2、2}）、タームの追加（{3、1}）、ポテンシャル項の追加（{3、2}）、
エイリアス用語の追加（{1、1}、{2、1}）、エイリアス用語の追加（{1、1}、{3、1}）、
エイリアス項の追加（{2、1}、{3、1}）、サンプルサイズの設定（6）、
許可されていない組み合わせ（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
）}
;
実験デザイン - 遺伝子工学こんにちは、
私がアタッチしたデザインの4番目のランだけがこのエクスプレッションで有効です。他の事後要素がそれを含むことができない場合、それらが同じセットから来たとしても、それらの要素はデザイン内で繰り返すことはできません。
デイブ
実験デザイン - 遺伝子工学ニュアンスについての深い議論がなければ、あなたは私にとって頭に浮かんだことを説明しようとしていました1。ラテン方陣（まったく該当しないかもしれません）および2。遺伝子位置は、GPが3つのレベル、すなわちg1g2g3、g2g3g1、g3g1g2を有するカテゴリ変数（GPと呼ぶ）であり、それからあなたは、GP、ターミネーター、プロモーターにわたって実験する。私はランやフルデザインの中で何が変更できるのか、変更できないのかについて少し混乱していることを認めます。実験デザイン - 遺伝子工学こんにちは、
そう、それが私が実験の計画を検討した一つの方法です。
すべての位置要素を一連のカテゴリファクタに分けてみると、それらが関連しているという事実が捉えられていないのではないかと心配しています。そしてそれらの相互作用がどのように位置の要素を越えてマッピングされるのか。
実験デザイン - 遺伝子工学こんにちは、
念のために言うと、9つの要素があるということですか。すなわち
Pos1プロモーター
Pos1遺伝子
Pos1ターミネーター
Pos2プロモーター
。
。
。
。
Pos3ターミネーター
そして
プロモーター因子は6レベルのカテゴリー型です
遺伝子因子は3レベルのカテゴリカルです
ターミネーター係数は6レベルのカテゴリカルです
