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Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Ciao,

 

Ho pensato a possibili modi per creare questo disegno sperimentale e apprezzerei qualsiasi input.

 

Quello che stiamo facendo è mettere insieme elementi genetici in determinati modi. Noi guidiamo l'espressione genica con un promotore e lo fermiamo con un terminatore. Questi elementi hanno soglie misurabili e talvolta li usiamo come fattori numerici discreti. Quindi un esperimento che vorremmo fare avrebbe 3 geni in 3 posizioni con un insieme di promotori e terminatori. Sarebbe simile a questo:

 

Pos1

Promoter / Gene / Terminator

Pos2

Promoter / Gene / Terminator

Pos3

Promoter / Gene / Terminator

 

Il problema che ho è questo, se ho una serie di promotori (6), geni (3), terminatori (6) questi possono andare in qualsiasi combinazione in qualsiasi posizione - ma possono essere usati SOLO una volta a causa del modo in cui gli organismi lavori. Quindi, se scelgo il promotore di posizione 1 4, non posso più utilizzarlo per il resto del progetto. Immagino che questo sia un qualche tipo di miscela, ma non sono sicuro di come io catturi questo attraverso il mio charactaritico posizionale, specialmente con tutte le interazioni che potrebbero essere importanti. Sono bloccato quindi ogni aiuto è apprezzato! Di solito uso un designer personalizzato per fare questo tipo di lavoro.

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Ciao Dave,

Penso che quanto sopra sia una situazione unica in cui #factors = #factorlevels ed è un problema unico. Penso che laddove #factor levels> #factors l'esperimento non sia più così vincolato e il modello sia stimabile. Vedere l'esempio sotto, dove ciascuno dei 3 fattori è ora a 6 livelli.

Saluti,

Phil

 

 

 

DOE (
Design personalizzato,
{Aggiungi risposta (Massimizza, "Y",.,.,. ),
Aggiungi fattore (numerico discreto, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Aggiungi fattore (numerico discreto, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Aggiungi fattore (numerico discreto, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Imposta campione casuale (1073470905), numero di avviamenti (4060), termine aggiuntivo ({1, 0}),
Aggiungi termine ({1, 1}), Aggiungi termine potenziale ({1, 2}), Aggiungi termine potenziale ({1, 3}),
Aggiungi termine potenziale ({1, 4}), Aggiungi termine potenziale ({1, 5}), Aggiungi termine ({2, 1}),
Aggiungi termine potenziale ({2, 2}), Aggiungi termine potenziale ({2, 3}),
Aggiungi termine potenziale ({2, 4}), Aggiungi termine potenziale ({2, 5}), Aggiungi termine ({3, 1}),
Aggiungi termine potenziale ({3, 2}), Aggiungi termine potenziale ({3, 3}),
Aggiungi termine potenziale ({3, 4}), Aggiungi termine potenziale ({3, 5}),
Aggiungi termine ({1, 1}, {2, 1}), Aggiungi termine ({1, 1}, {3, 1}),
Aggiungi termine ({2, 1}, {3, 1}), Imposta dimensione campione (13),
Combinazioni non consentite (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
), Optimality Criterion (2), Simula le risposte (1), Make Design,
Imposta Ordine di esecuzione (Randomizza), Crea tabella}
);

 

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Il design personalizzato sta trovando il design ottimale date le combinazioni non consentite.

 

Tuttavia, in questo esempio si finisce con un sistema molto limitato. Quindi non penso che l'esperimento sarà davvero molto utile. Penso che tu abbia probabilmente ragione nel primo caso che qui è richiesto un design per le miscele. 

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

È grandioso. Penso che funzioni!

 

Queste combinazioni non consentite vengono prese in considerazione nel trovare il modello ottimale in Custom Designer o semplicemente ampiamente enfatizzate? Ciò influirà sull'interpretazione di qualsiasi termine di interazione?

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Ciao Dave,

 

Questo spiega bene il tuo problema.

 

Penso che la funzione Combinazioni non consentite nel design personalizzato potrebbe essere la soluzione.

 

Ho iniziato un progetto con 3 fattori, tutti numerici discreti, con i livelli 1, 4, 6:

P_PW1_P1,

P_PW1_P2,

P_PW1_P3

 

Quindi uso lo script "Use Disallowed Combinations Script" e aggiungo quanto segue come espressione:

P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |

P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |

P_PW1_P2 == P_PW1_P3

 

Fondamentalmente, stiamo definendo il fattore X1 level = il fattore X2 level come una combinazione che non è consentita. E lo stesso per X1 / X3 e X2 / X3.

 

"|" è il symobol per Or, che è il modo in cui combiniamo più combinazioni che non sono consentite, come queste. 

 

Penso che questo dia un design che potrebbe funzionare per te.

(full script below)

 

@ryan_lekivetz ha alcuni buoni esempi di utilizzo del filtro e / o dello script delle combinazioni non consentite nei suoi post sul blog.

 

https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588

https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453

 

Saluti,

Phil

 

 

 

DOE (
Design personalizzato,
{Aggiungi risposta (Massimizza, "Y",.,.,. ),
Aggiungi fattore (numero discreto, {1, 4, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Aggiungi fattore (discreto numerico, {1, 4, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Aggiungi fattore (numero discreto, {1, 4, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Imposta campione casuale (1489472428), numero di avviamenti (89357), termine aggiuntivo ({1, 0}),
Aggiungi termine ({1, 1}), Aggiungi termine potenziale ({1, 2}), Aggiungi termine ({2, 1}),
Aggiungi termine potenziale ({2, 2}), Aggiungi termine ({3, 1}), Aggiungi termine potenziale ({3, 2}),
Aggiungi Alias Term ({1, 1}, {2, 1}), Aggiungi Alias Term ({1, 1}, {3, 1}),
Aggiungi termine alias ({2, 1}, {3, 1}), Imposta dimensione campione (6),
Combinazioni non consentite (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
)}
);

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Ciao,

 

Solo la quarta esecuzione del disegno che ho eseguito è valida in questo esempio. I fattori non possono essere ripetuti in un disegno, anche se provengono dallo stesso insieme, se è usato una volta che gli altri fattori posizionali non possono contenerlo.

 

Dave

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria geneticaSenza una profonda discussione sulle sfumature che stai cercando di descrivere mi è venuto in mente 1. piazze latine (potrebbe non essere del tutto applicabile) e 2. la posizione del gene è una variabile categoriale (chiamala GP) dove GP ha 3 livelli: g1g2g3, g2g3g1, g3g1g2 e poi si sperimenta su GP, terminatore, promotore. Devo ammettere che sono un po 'confuso su cosa può e non può essere cambiato all'interno di una corsa o del design completo.Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Ciao,

 

Questo è il modo in cui ho esplorato la progettazione dell'esperimento.

 

Se separo tutti gli elementi posizionali in una serie di fattori categoriali, allora mi preoccupo di non catturare il fatto che sono correlati (in quanto sono gli stessi set in posizioni diverse e se uno è usato in una posizione può essere riutilizzati) e in che modo queste interazioni mappano attraverso gli elementi posizionali.

Ri: Progettazione sperimentale - ingegneria genetica

Ciao,

 

Giusto per essere chiari: vuol dire che hai 9 fattori? vale a dire

 

Promotore Pos1

Gene Pos1

Terminatore Pos1

Promotore Pos2

.

.

.

.

Terminatore Pos3

 

E

 

I fattori promotori sono categoriali a 6 livelli

I fattori genetici sono categoriali a 3 livelli

I fattori di terminazione sono categoriali a 6 livelli