Plan d'expérience - génie génétiqueSalut,
J'ai réfléchi aux moyens possibles de créer ce modèle expérimental et apprécierais toute contribution.
Ce que nous faisons, c'est assembler des éléments génétiques de certaines manières. Nous conduisons l'expression des gènes avec un promoteur et l'arrêtons avec un terminateur. Ces éléments ont des points forts mesurables et nous les utilisons parfois comme facteurs numériques discrets. Donc, une expérience que nous aimerions avoir aurait 3 gènes en 3 positions avec un ensemble de promoteurs et de terminateurs. Cela ressemblerait à ceci:
Pos1
Promoteur / gène / terminateur
Pos2
Promoteur / gène / terminateur
Pos3
Promoteur / gène / terminateur
Le problème que j’ai est le suivant: si j’ai un ensemble de promoteurs (6), de gènes (3) et de terminateurs (6), ceux-ci peuvent être utilisés dans n’importe quelle combinaison, dans n’importe quelle position - mais ils ne peuvent être utilisés qu'une seule fois en raison de travaux. Donc, si je choisis pour la position 1 promoteur 4, alors je ne peux plus l’utiliser pour le reste de la conception. J'imagine que c'est une sorte de mélange, mais je ne suis pas sûr de savoir comment capturer cela dans mes caractéristiques de position, en particulier avec toutes les interactions qui pourraient être importantes. Je suis coincé alors toute aide appréciée! J'utilise normalement designer personnalisé pour faire ce genre de travail.
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSalut Dave,
Je pense que ce qui précède est une situation unique où #factors = #factorlevels est un problème unique. Je pense que là où # niveaux de facteurs> # facteurs, l'expérience n'est plus aussi contrainte et que le modèle sera estimable. Voir l'exemple ci-dessous, où chacun des 3 facteurs est maintenant à 6 niveaux.
Cordialement,
Phil
BICHE(
Design personalisé,
{Ajouter une réponse (Maximiser, "Y",.,.,. ),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Définir une graine aléatoire (1073470905), Nombre de démarrages (4060), Ajouter un terme ({1, 0}),
Ajouter un terme ({1, 1}), Ajouter un terme potentiel ({1, 2}), Ajouter un terme potentiel ({1, 3}),
Ajouter un terme potentiel ({1, 4}), Ajouter un terme potentiel ({1, 5}), Ajouter un terme ({2, 1}),
Ajouter un terme potentiel ({2, 2}), Ajouter un terme potentiel ({2, 3}),
Ajouter un terme potentiel ({2, 4}), Ajouter un terme potentiel ({2, 5}), Ajouter un terme ({3, 1}),
Ajouter un terme potentiel ({3, 2}), Ajouter un terme potentiel ({3, 3}),
Ajouter un terme potentiel ({3, 4}), Ajouter un terme potentiel ({3, 5}),
Ajouter un terme ({1, 1}, {2, 1}), Ajouter un terme ({1, 1}, {3, 1}),
Ajouter un terme ({2, 1}, {3, 1}), définir la taille de l'échantillon (13),
Combinaisons non autorisées (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
), Critère d’optimalité (2), simuler les réponses (1), conception,
Définir l'ordre d'exécution (Aléatoire), Créer un tableau}
)
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueLa conception personnalisée consiste à trouver la conception optimale compte tenu des combinaisons non autorisées.
Cependant, dans cet exemple, vous vous retrouvez avec un système très contraint. Donc, je ne pense pas que l'expérience sera réellement très utile. Je pense que vous aviez probablement raison dans le premier cas, une conception de mélange est nécessaire ici.
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueC'est super. Je pense que ça marche!
Ces combinaisons non autorisées sont-elles prises en compte lors de la recherche du modèle optimal dans un concepteur personnalisé ou sont-elles simplement expliquées? Cela affectera-t-il l'interprétation de termes d'interaction?
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSalut Dave,
Cela explique bien votre problème.
Je pense que la fonctionnalité Combinaisons non autorisées dans la conception personnalisée pourrait être la solution.
J'ai commencé une conception avec 3 facteurs, tous numériques discrets, avec les niveaux 1, 4, 6:
P_PW1_P1,
P_PW1_P2,
P_PW1_P3
Puis-je "Utiliser le script de combinaisons non autorisées" et ajouter le texte suivant comme expression:
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
Fondamentalement, nous définissons le niveau de facteur X1 = niveau de facteur X2 comme une combinaison non autorisée. Et pareil pour X1 / X3 et X2 / X3.
"|" est le symbole pour Or. C'est la façon dont nous combinons plusieurs combinaisons interdites, telles que celles-ci.
Je pense que cela donne un design qui fonctionnerait pour vous.
(script complet ci-dessous)
@ryan_lekivetz a quelques bons exemples d'utilisation du filtre et / ou du script des combinaisons interdites dans ses articles de blog.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
Cordialement,
Phil
BICHE(
Design personalisé,
{Ajouter une réponse (Maximiser, "Y",.,.,. ),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 4, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 4, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Ajouter un facteur (discret numérique, {1, 4, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Définir une graine aléatoire (1489472428), Nombre de démarrages (89357), Ajouter un terme ({1, 0}),
Ajouter un terme ({1, 1}), Ajouter un terme potentiel ({1, 2}), Ajouter un terme ({2, 1}),
Ajouter un terme potentiel ({2, 2}), Ajouter un terme ({3, 1}), Ajouter un terme potentiel ({3, 2}),
Ajouter un terme alias ({1, 1}, {2, 1}), Ajouter un terme alias ({1, 1}, {3, 1}),
Ajouter un terme de pseudonyme ({2, 1}, {3, 1}), Définir la taille de l'échantillon (6),
Combinaisons non autorisées (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
)}
)
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSalut,
Seule la 4ème série de la conception que je viens d’attacher est valide dans cette expression. Les facteurs ne peuvent pas être répétés dans une conception, même s'ils proviennent du même ensemble, s'ils sont utilisés une fois que les autres facteurs de positionnement ne peuvent pas le contenir.
Dave
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSans une discussion approfondie sur les nuances que vous essayez de décrire, ce qui m’était venu à l’esprit était 1. carrés latins (pourrait ne pas être du tout applicable) et 2. la position du gène étant une variable catégorique (appelez-la GP) où GP a 3 niveaux: g1g2g3, g2g3g1, g3g1g2 et ensuite vous expérimentez à travers GP, terminateur, promoteur. J'admettrai que je suis un peu confus quant à ce qui peut et ne peut pas être changé dans une exécution ou dans la conception complète.Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSalut,
Oui, c'est une des manières que j'ai explorées pour concevoir l'expérience.
Si je sépare tous les éléments de position en un ensemble de facteurs catégoriels, alors je crains de ne pas capturer le fait qu'ils sont liés (en ce sens qu'ils sont les mêmes ensembles dans des positions différentes et que l'on en utilise un dans une position, cela peut pas être réutilisé) et comment ces interactions cartographient les éléments de position.
Re: Conception expérimentale - génie génétiqueSalut,
Juste pour être clair: cela signifie-t-il que vous avez 9 facteurs? c'est à dire
Pos1 Promoteur
Pos1 Gene
Pos1 Terminator
Pos2 Promoteur
.
.
.
.
Pos3 Terminator
Et
Les facteurs promoteurs sont catégoriques sur 6 niveaux
Les facteurs géniques sont catégoriques à 3 niveaux
Les facteurs de terminaison sont catégoriques sur 6 niveaux
