Experimentelles Design - GentechnikHallo,
Ich habe über mögliche Wege zur Erstellung dieses experimentellen Designs nachgedacht und würde mich über jeden Input freuen.
Was wir tun, ist, genetische Elemente auf bestimmte Weise zusammenzusetzen. Wir steuern die Genexpression mit einem Promotor und stoppen ihn mit einem Terminator. Diese Elemente haben messbare Längen und werden manchmal als diskrete numerische Faktoren verwendet. Ein Experiment, das wir gerne machen würden, hätte 3 Gene in 3 Positionen mit einer Reihe von Promotoren und Terminatoren. Es würde ungefähr so aussehen:
Pos1
Promotor / Gen / Terminator
Pos2
Promotor / Gen / Terminator
Pos3
Promotor / Gen / Terminator
Das Problem, das ich habe, ist folgendes: Wenn ich eine Reihe von Promotoren (6), Genen (3) und Terminatoren (6) habe, können diese in jeder beliebigen Position kombiniert werden - aber sie können NUR einmalig verwendet werden, je nachdem, wie die Organe wirken funktioniert. Wenn ich also für Position 1 Promoter 4 wähle, kann ich sie nicht für den Rest des Designs verwenden. Ich kann mir vorstellen, dass dies eine Art Mischung ist, aber ich bin mir nicht sicher, wie ich meine Positionscharakteristika festnehme, insbesondere bei allen Interaktionen, die möglicherweise wichtig sind. Ich bin so festgefahren, dass mir jede Hilfe dankbar war! Normalerweise verwende ich benutzerdefinierten Designer für diese Art von Arbeit.
Re: Experimentelles Design - GentechnikHallo Dave,
Ich denke, das obige ist eine einzigartige Situation, in der #factors = #factorlevels und ein einzigartiges Problem ist. Ich denke, wo #Faktorebenen> #Faktoren das Experiment nicht mehr so eingeschränkt ist und das Modell abschätzbar ist. Siehe Beispiel unten, wo jeder der 3 Faktoren jetzt 6-stufig ist.
Grüße,
Phil
DAMHIRSCHKUH(
Maßgefertigtes Design,
{Antwort hinzufügen (Maximieren, "Y",.,.,. )
Add-Faktor (diskrete numerische Zahl, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Add-Faktor (diskrete numerische Zahl, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Add-Faktor (diskrete numerische Zahl, {1, 2, 3, 4, 5, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Set Random Seed (1073470905), Anzahl der Starts (4060), Term hinzufügen ({1, 0}),
Term hinzufügen ({1, 1}), Potentiellen Term hinzufügen ({1, 2}), Potentiellen Term hinzufügen ({1, 3}),
Potentiellen Term hinzufügen ({1, 4}), Potentiellen Term hinzufügen ({1, 5}), Term hinzufügen ({2, 1}),
Potentiellen Term hinzufügen ({2, 2}), Potentiellen Term hinzufügen ({2, 3}),
Potentiellen Term hinzufügen ({2, 4}), Potentiellen Term hinzufügen ({2, 5}), Term hinzufügen ({3, 1}),
Potentiellen Term hinzufügen ({3, 2}), Potentiellen Term hinzufügen ({3, 3}),
Potentiellen Term hinzufügen ({3, 4}), Potentiellen Term hinzufügen ({3, 5}),
Begriff hinzufügen ({1, 1}, {2, 1}), Begriff hinzufügen ({1, 1}, {3, 1}),
Begriff hinzufügen ({2, 1}, {3, 1}), Probengröße einstellen (13),
Nicht zugelassene Kombinationen (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
), Optimalitätskriterium (2), Antwort simulieren (1), Gestalten,
Ausführungsreihenfolge festlegen (Zufallsgenerator), Tabelle erstellen}
);
Re: Experimentelles Design - GentechnikKundenspezifisches Design ist das Finden des optimalen Designs angesichts der nicht zulässigen Kombinationen.
In diesem Beispiel erhalten Sie jedoch ein sehr eingeschränktes System. Ich glaube nicht, dass das Experiment tatsächlich sehr nützlich sein wird. Ich glaube, Sie hatten wahrscheinlich im ersten Moment recht, dass hier ein Mischungsdesign erforderlich ist.
Re: Experimentelles Design - GentechnikDas ist großartig. Ich denke das funktioniert!
Werden diese unzulässigen Kombinationen bei der Suche nach dem optimalen Modell im benutzerdefinierten Designer berücksichtigt oder einfach nur übertrieben? Beeinflusst dies die Interpretation von Interaktionsbedingungen?
Re: Experimentelles Design - GentechnikHallo Dave,
Das erklärt dein Problem gut.
Ich denke, dass die Disallowed Combinations-Funktion im Custom Design die Lösung sein könnte.
Ich begann ein Design mit 3 Faktoren, alle diskret numerisch, mit den Stufen 1, 4, 6:
P_PW1_P1,
P_PW1_P2,
P_PW1_P3
Dann verwende ich "Use Disallowed Combinations Script" und füge Folgendes als Ausdruck hinzu:
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
Grundsätzlich definieren wir den Faktor X1-Level = Faktor X2-Level als eine Kombination, die nicht zulässig ist. Und das gleiche gilt für X1 / X3 und X2 / X3.
"|" ist das Symbol für Or. So kombinieren wir mehrere Kombinationen, die nicht zulässig sind, wie diese.
Ich denke, das gibt ein Design, das für Sie funktionieren würde.
(volles Skript unten)
@ryan_lekivetz hat einige gute Beispiele für die Verwendung des Filters und / oder des Skripts für unzulässige Kombinationen in seinen Blogbeiträgen.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Verwenden-der-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
Grüße,
Phil
DAMHIRSCHKUH(
Maßgefertigtes Design,
{Antwort hinzufügen (Maximieren, "Y",.,.,. )
Faktor hinzufügen (diskrete numerische, {1, 4, 6}, "P_PW1_P1", 0),
Faktor hinzufügen (diskrete numerische Zahl, {1, 4, 6}, "P_PW1_P2", 0),
Faktor hinzufügen (diskrete numerische, {1, 4, 6}, "P_PW1_P3", 0),
Set Random Seed (1489472428), Anzahl der Starts (89357), Term hinzufügen ({1, 0}),
Begriff hinzufügen ({1, 1}), Potentiellen Begriff hinzufügen ({1, 2}), Begriff hinzufügen ({2, 1}),
Potentiellen Term hinzufügen ({2, 2}), Term hinzufügen ({3, 1}), Potentiellen Term hinzufügen ({3, 2}),
Alias-Term hinzufügen ({1, 1}, {2, 1}), Alias-Term hinzufügen ({1, 1}, {3, 1}),
Alias-Term hinzufügen ({2, 1}, {3, 1}), Sample Size einstellen (6),
Nicht zugelassene Kombinationen (
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
)}
);
Re: Experimentelles Design - GentechnikHallo,
In diesem Ausdruck ist nur der 4. Lauf in dem von mir angeglichenen Design gültig. Die Faktoren können in einem Entwurf nicht wiederholt werden, auch wenn sie aus demselben Satz stammen, wenn sie einmal verwendet werden, wenn die anderen Positionsfaktoren ihn nicht enthalten können.
Dave
Re: Experimentelles Design - GentechnikOhne tiefe Diskussion über die Nuancen, die Sie zu beschreiben versuchen, war für mich 1. lateinische Quadrate (möglicherweise überhaupt nicht zutreffend) und 2. Die Genposition ist eine kategoriale Variable (nennen Sie es GP), wobei GP 3 Stufen hat: g1g2g3, g2g3g1, g3g1g2 und dann experimentieren Sie über GP, Terminator, Promotor. Ich gebe zu, dass ich etwas verwirrt bin, was innerhalb eines Laufs oder des gesamten Designs geändert werden kann und was nicht.Re: Experimentelles Design - GentechnikHallo,
Ja, das ist eine Möglichkeit, wie ich das Experiment entworfen habe.
Wenn ich alle Positionselemente in eine Reihe kategorialer Faktoren trenne, mache ich mir Sorgen, dass ich nicht die Tatsache feststelle, dass sie miteinander verwandt sind (dh es handelt sich um dieselben Sätze in verschiedenen Positionen und wenn eine in einer Position verwendet wird, kann dies möglich sein.) nicht wiederverwendet werden) und wie diese Interaktionen auf die Positionselemente abgebildet werden.
Re: Experimentelles Design - GentechnikHallo,
Nur um klar zu sein: Bedeutet das, dass Sie 9 Faktoren haben? dh
Pos1 Promoter
Pos1 Gene
Pos1 Terminator
Pos2 Promoter
.
.
.
.
Pos3 Terminator
Und
Promotorfaktoren sind 6-stufig kategorisch
Genfaktoren sind kategorial auf 3 Ebenen
Terminatorfaktoren sind 6-stufig kategorisch
