實驗設計 - 基因工程嗨，
我一直在考慮創建這個實驗設計的可能方法，並會欣賞任何輸入。
我們正在做的是以某種方式將遺傳因素放在一起。我們用啟動子驅動基因表達，並用終止子阻止它。這些元素具有可測量的強度，我們有時將它們用作離散數值因子。因此，我們想做的實驗將在3個位置具有3個基因，其具有一組啟動子和終止子。它看起來像這樣：
POS1
啟動子/基因/終止
POS2
啟動子/基因/終止
POS3
啟動子/基因/終止
我遇到的問題是，如果我有一套啟動子（6），基因（3），終止子（6），它們可以在任何位置任意組合 - 但由於組織的方式，它們只能使用一次作品。因此，如果我選擇位置1啟動器4，那麼我不能再用它來進行其餘的設計。我想這是某種混合物，但我不確定如何捕捉我的位置特徵，特別是所有可能很重要的相互作用。我被卡住了所以任何幫助讚賞！我通常使用自定義設計師來完成這種工作。
回复：實驗設計 - 基因工程嗨戴夫，
我認為上面是一個獨特的情況，其中#factors = #factorlevels並且是一個獨特的問題。我認為在#factor levels> #factors的地方，實驗不再受限制，模型將是可估計的。參見下面的示例，其中3個因子中的每一個現在是6級。
問候，
菲爾
美國能源部（
定制設計，
{添加回复（最大化，“Y”，。，。，。）
添加因子（離散數字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P1”，0），
添加因子（離散數字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P2”，0），
添加因子（離散數字，{1,2,3,4,5,6}，“P_PW1_P3”，0），
設置隨機種子（1073470905），起始數（4060），添加術語（{1,0}），
添加術語（{1,1}），添加潛在術語（{1,2}），添加潛在術語（{1,3}），
添加潛在術語（{1,4}），添加潛在術語（{1,5}），添加術語（{2,1}），
添加潛在術語（{2,2}），添加潛在術語（{2,3}），
添加潛在術語（{2,4}），添加潛在術語（{2,5}），添加術語（{3,1}），
添加潛在術語（{3,2}），添加潛在術語（{3,3}），
添加潛在術語（{3,4}），添加潛在術語（{3,5}），
添加術語（{1,1}，{2,1}），添加術語（{1,1}，{3,1}），
添加術語（{2,1}，{3,1}），設置樣本大小（13），
不允許的組合（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
），最優性判據（2），模擬響應（1），設計，
設置運行順序（隨機化），生成表格}
）;
回复：實驗設計 - 基因工程定制設計是在不允許的組合下找到最佳設計。
但是，在此示例中，您最終會得到一個非常有限的系統。所以我不認為實驗會非常有用。我認為你可能在第一時間需要混合物設計。
回复：實驗設計 - 基因工程那樣太好了。我覺得有效！
在定制設計師中尋找最佳模型還是廣泛地被淘汰時，這些不允許的組合是否被考慮在內？這會影響任何互動條款的interpritaiton嗎？
回复：實驗設計 - 基因工程嗨戴夫，
這很好地解釋了你的問題。
我認為Custom Design中的Disallowed Combinations功能可能就是解決方案。
我開始設計有3個因素，所有離散數字，級別1,4,6：
P_PW1_P1，
P_PW1_P2，
P_PW1_P3
然後我“使用不允許的組合腳本”並添加以下表達式：
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 |
P_PW1_P1 == P_PW1_P3 |
P_PW1_P2 == P_PW1_P3
基本上，我們將因子X1水平=因子X2水平定義為不允許的組合。X1 / X3和X2 / X3也一樣。
“|”是Or的symobol，這是我們如何組合不允許的多個組合，例如這些。
我認為這給了一個適合你的設計。
（下面的完整腳本）
@ryan_lekivetz 有一些在他的博客文章中使用不允許的組合過濾器和/或腳本的好例子。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Using-the-Disallowed-Combinations-Filter-in-JMP-12/ba-p/30588
https://community.jmp.com/t5/JMP-Blog/Mmm-cookies-a-tale-of-discrete-numeric-variables-disallowed/ba-p/30453
問候，
菲爾
美國能源部（
定制設計，
{添加回复（最大化，“Y”，。，。，。）
添加因子（離散數字，{1,4,6}，“P_PW1_P1”，0），
添加因子（離散數字，{1,4,6}，“P_PW1_P2”，0），
添加因子（離散數字，{1,4,6}，“P_PW1_P3”，0），
設置隨機種子（1489472428），起始數（89357），添加術語（{1,0}），
添加術語（{1,1}），添加潛在術語（{1,2}），添加術語（{2,1}），
添加潛在術語（{2,2}），添加術語（{3,1}），添加潛在術語（{3,2}），
添加別名術語（{1,1}，{2,1}），添加別名術語（{1,1}，{3,1}），
添加別名術語（{2,1}，{3,1}），設置樣本大小（6），
不允許的組合（
P_PW1_P1 == P_PW1_P2 | P_PW1_P1 == P_PW1_P3 | P_PW1_P2 == P_PW1_P3
）}
）;
回复：實驗設計 - 基因工程嗨，
只有在我設計的設計中的第4次運行才有效。這些因素不能在設計中重複，即使它們來自同一組，如果在其他位置因素不能包含它時使用它們。
戴夫
回复：實驗設計 - 基因工程如果沒有深入討論細微差別，你試圖描述我想到的是1。拉丁方塊（可能根本不適用）和2。基因位置是一個分類變量（稱之為GP），其中GP有3個水平：g1g2g3，g2g3g1，g3g1g2然後你在GP，終止子，啟動子上進行實驗。我承認，我對在運行或完整設計中能夠和不能改變的內容感到有些困惑。回复：實驗設計 - 基因工程嗨，
是的，這是我探索設計實驗的一種方式。
如果我將所有位置元素分離為一組分類因素，那麼我擔心我沒有捕捉到它們相關的事實（因為它們在不同的位置是相同的集合，如果在一個位置使用它可以不被重用）以及這些交互如何映射到位置元素。
回复：實驗設計 - 基因工程嗨，
需要明確的是：這是否意味著你有9個因素？即
Pos1推廣者
Pos1基因
Pos1終結者
Pos2推廣者
。
。
。
。
Pos3終結者
和
啟動因子是6級分類
基因因子是3級分類
終結者因素是6級分類
