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Pruebas de hipótesis múltiples<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Hola a todos,

Muy pronto necesitaré realizar un gran número de pruebas de hipótesis. Como es bien sabido, en este caso, confiar en los valores de p es incorrecto, debido a errores de tipo I, me gustaría usar la tasa de descubrimiento falso, y más precisamente la tasa de descubrimiento falso positivo (Storey), y para calcular los valores q como mis "valores p ajustados".

Mi pregunta se divide en dos:

1. ¿Hay algún código para calcular el pFDR y los valores q correspondientes en JMP 9? Vi algo en Internet a partir del cual asumo que tales funciones ya existen en JMP Clinical. Solo tengo una licencia para JMP 9, y no tengo idea de cuánto costará la clínica de JMP o si tendré algún presupuesto. Entonces, si hay un código JSL simple en algún lugar, puede ser muy útil para mí.

2. En caso de que exista dicho código, lo más probable es que se requiera un vector de valores p como salida. Considere que tengo un archivo JMP con 1 variable categórica y 500 continuas, y quiero ejecutar una prueba t para cada una de las 500, y guardar en un archivo nuevo, una variable de los valores p, que contiene 500 de ellos. ¿Cómo hago eso en JSL? ¿Es posible en absoluto? ¿Que JMP ejecutará automáticamente 500 pruebas y guardará solo los valores p?

Gracias de antemano....

Pruebas de hipótesis múltiples

Gracias a todos por la ayuda.

Después del fin de semana trataré de trabajar con el código y leeré las diapositivas.

Gracias Dave por el enlace, parece que es justo lo que necesito, y gracias a todos por el asistente, lo aprecio.

Pruebas de hipótesis múltiples

Mucha información buena en esas diapositivas. Gracias por compartir Dave

Pruebas de hipótesis múltiples

Aquí hay algunas diapositivas que explican cómo usa JSL para conectarte a R

Pruebas de hipótesis múltiples

Para matrices || Es un operador de concatenación horizontal. Concat (m, owr ...) es equivalente.

No tengo experiencia con FDR pero he jugado un poco con la conexión JMP-R. A continuación se muestra un ejemplo. La primera mitad es idéntica al ejemplo anterior. La salida se muestra en el registro jmp. Para obtener la salida como una cadena, coloque el R Submit dentro de la función Log Capture ().

dt = Abierto ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;

metro = [] ;

por ( yo = 4 , yo <= N Col ( dt ) , yo ++,

          Ay = De una sola mano ( Y ( Columna ( yo ) ) , X ( : sexo ) , t prueba ( 1 ) , invisible ) ;

          Owr = Informe ( Ay ) ;

          metro = metro || Owr El "t prueba" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

) ;

dtp = Nueva mesa ( "pruebas t" , Nueva Columna ( "pag" , numérico , establecer valores ( metro ) ) ) ;

nombre de variable = "pag" ;

R Init () ; // Inicializar conexión R

R Enviar ( dtp ) ; // Enviar tabla de datos a R

// Enviar una cadena con los comandos R

R Enviar ( "Datos <- dtp

nombres (datos)

adjuntar (datos)

media(" || nombre de variable || ")" ) ;  

Repetición () ;

Pruebas de hipótesis múltiples

Gracias, esa es una buena idea ...

Hay una cosa más que necesito para hacerlo (acepte mis disculpas, ya que estoy demasiado ocupada, nunca tengo tiempo para aprender JSL correctamente ...). De su código obtengo un final con una tabla JMP que contiene 1 columna, de valores p, ¿verdad? ¿Debería ahora escribir un código JSL que se conecte a R? Si es así, necesitaré un poco de orientación o, si debo exportar la tabla y trabajar directamente desde R, debería funcionar, ¿no es así?

Si alguien me puede escribir un ejemplo simple y rápido de cómo, después de volver a emitir la nueva tabla, para conectarme a R y ejecutar incluso algo simple como mean (p), puedo modificarlo para el pFDR más adelante.

y una última pregunta (promesa), en la línea:

metro = metro || Owr El "t prueba" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

porque m o owr [...]? Quiero decir, ¿por qué el || es necesario?

Gracias, un millón, me está ahorrando mucho tiempo exportando grandes conjuntos de datos a R y codificando allí ...

Pruebas de hipótesis múltiples

1. No tengo conocimiento del código JMP disponible libremente, pero hay varias opciones en R. http://strimmerlab.org/notes/fdr.html enumera algunos paquetes relacionados con FDR. JMP 9 puede conectarse y recuperar resultados de R. Esa es probablemente una tarea mucho más sencilla que codificar los algoritmos en JSL desde cero.

2. Eso debería ser posible. A continuación se muestra un ejemplo que puede darle algunas ideas. Funciona haciendo un bucle a través de todas las columnas y numéricas a la derecha de la columna x fija en un ajuste de una sola vía y recuperando el valor de p (prueba t de dos caras) del informe e insértelo en una matriz. La matriz finalmente se agrega a una columna en una nueva tabla de datos.

dt = Abierto ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;

metro = [] ;

por ( yo = 4 , yo <= N Col ( dt ) , yo ++,

          Ay = De una sola mano ( Y ( Columna ( yo ) ) , X ( : sexo ) , t prueba ( 1 ) , invisible ) ;

          Owr = Informe ( Ay ) ;

          metro = metro || Owr El "t prueba" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

) ;

Nueva mesa ( "pruebas t" , Nueva Columna ( "pag" , numérico , establecer valores ( metro ) ) ) ;

Pruebas de hipótesis múltiples

Creo que pFDR existe en JMP Genomics, pero no en JMP estándar (o Pro)