다중 가설 테스트<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />안녕 모두,
많은 가설 테스트를 수행하기 위해 조만간 필요할 것입니다. 유형 1 오류로 인해 p 값에 의존하는 것이 잘못된 것이라는 사실이 널리 알려져 있기 때문에 잘못된 발견 률,보다 정확하게는 거짓 거짓 발견 률 (Storey)을 사용하고 싶습니다. q 값을 "조정 된 P 값"으로 계산하십시오.
내 질문은 두 가지로 나뉩니다.
1. pFDR과 JMP 9에 해당하는 q 값을 계산할 코드가 있습니까? 나는 인터넷에서 JMP Clinical에 그러한 기능이 이미 있다고 가정하는 것을 보았습니다. JMP 9에 대한 라이센스 만 보유하고 있기 때문에 JMP 비용이 얼마나되는지 또는 예산을 확보 할 수 있는지 알 수 없습니다. 그래서 어딘가에 간단한 JSL 코드가 있다면, 그것은 나를 위해 매우 유용 할 수 있습니다.
2. 그러한 코드가있는 경우 대부분 출력물로 p- 값의 벡터가 필요합니다. 1 개의 범주 형 변수와 500 개의 연속 변수가있는 JMP 파일을 가지고 있고 각 500 개에 대해 t- 검정을 실행하고 p - 값의 변수 인 새 파일을 저장하려고합니다. 500 명. JSL에서는 어떻게합니까? 전혀 가능합니까? JMP는 자동으로 500 개의 테스트를 실행하고 p- 값만 저장합니다.
미리 감사드립니다 ....
다중 가설 테스트모두 도움을 주셔서 감사합니다.
주말 후에 나는 코드 작업을 시도하고 슬라이드를 읽을 것입니다.
데이브에게 링크를 주셔서 감사합니다. 내가 필요로하는 것처럼 보이고, 모두에게 감사드립니다. 감사합니다!
다중 가설 테스트그 슬라이드에서 좋은 정보 많이. Dave를 공유해 주셔서 감사합니다.
다중 가설 테스트다음 슬라이드를 참조하십시오. JSL을 사용하여 R에 연결
다중 가설 테스트행렬 || 수평 결합 연산자입니다. Concat (m, owr ...)는 동등합니다.
나는 FDR에 대한 경험이 없지만 JMP-R의 매력으로 조금 놀았습니다. 아래는 그 예입니다. 전반은 위의 예와 동일합니다. 출력은 jmp 로그에 표시됩니다. 출력을 문자열로 얻으려면 R Submit를 Log Capture () 함수 안에 넣습니다.
dt = 열다 ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;
엠 = [] ;
에 대한 ( 나는 = 4 , 나는 <= N Col ( dt ) , 나는 ++,
아야 = 일방 통행 ( 와이 ( 기둥 ( 나는 ) ) , 엑스 ( : 섹스 ) , 시험 ( 1 ) , 보이지 않는 ) ;
올빼미 = 보고서 ( 아야 ) ;
엠 = 엠 || 올빼미 [ "t 테스트" ] [ 번호 열 상자 ( 4 )] [ 1 ] ;
) ;
dtp = 새 테이블 ( "t- 테스트" , 새 열 ( "피" , 숫자 , 값을 설정하다 ( 엠 ) ) ) ;
varname = "피" ;
R Init () ; // R 연결 초기화
R 보내기 ( dtp ) ; // R에 데이터 테이블 보내기
// R 명령으로 문자열 제출
R 제출 ( "데이터 <- dtp
이름 (데이터)
첨부 (데이터)
평균(" || varname || ")" ) ;
Rterm () ;
다중 가설 테스트고마워, 그거 좋은 생각이야 ...
내가 그것을 끝내기 위해 필요로하는 또 하나의 물건이있다 (나의 사과를 받아 들인다. 내가 너무 바빠서 JSL을 배울 시간이 없다.). 귀하의 코드에서 P 값의 1 열을 포함하는 JMP 테이블로 끝납니다. 맞습니까? 그렇다면 R에 연결하는 JSL 코드를 작성해야합니까? 그렇다면 약간의 안내가 필요합니다. 또는 테이블을 내보내고 R에서 직접 작업해야합니까? 그렇지 않습니다.
누구든지 새로운 테이블을 retreirving 한 후 R에 연결하고 mean (p)와 같은 간단한 것을 실행하는 방법에 대한 간단한 간단한 예제를 작성할 수 있으면 나중에 pFDR에 맞게 수정할 수 있습니다.
그리고 마지막으로 한 가지 질문 (약속)은 다음과 같습니다.
엠 = 엠 || 올빼미 [ "t 테스트" ] [ 번호 열 상자 ( 4 )] [ 1 ] ;
왜? 또는 올빼미 [...]? 내 말은 왜? 필요한거야?
고마워요 백만, 당신은 저에게 많은 시간을 R에 큰 데이터 세트를 내보내고 거기에 코딩하는 시간을 절약하고 있습니다 ....
다중 가설 테스트1. 자유롭게 사용할 수있는 JMP 코드를 알지 못하지만 R에 몇 가지 옵션이 있습니다. http://strimmerlab.org/notes/fdr.html 일부 FDR 관련 패키지를 나열합니다. JMP 9는 R에 연결하여 결과를 검색 할 수 있습니다. JSL의 알고리즘을 처음부터 코딩하는 것보다 훨씬 간단합니다.
2. 그것은 가능해야합니다. 다음은 몇 가지 아이디어를 줄 수있는 예입니다. 이는 일원에 맞는 고정 x- 열의 오른쪽에있는 모든 숫자 y- 열을 반복하고 보고서에서 p- 값 (양면 t- 검정)을 검색하여 행렬에 삽입합니다. 마지막으로 행렬이 새 데이터 테이블의 열에 추가됩니다.
dt = 열다 ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;
엠 = [] ;
에 대한 ( 나는 = 4 , 나는 <= N Col ( dt ) , 나는 ++,
아야 = 일방 통행 ( 와이 ( 기둥 ( 나는 ) ) , 엑스 ( : 섹스 ) , 시험 ( 1 ) , 보이지 않는 ) ;
올빼미 = 보고서 ( 아야 ) ;
엠 = 엠 || 올빼미 [ "t 테스트" ] [ 번호 열 상자 ( 4 )] [ 1 ] ;
) ;
새 테이블 ( "t- 테스트" , 새 열 ( "피" , 숫자 , 값을 설정하다 ( 엠 ) ) ) ;
다중 가설 테스트나는 pFDR이 JMP Genomics에는 존재하지만 표준 (또는 Pro) JMP에는 존재하지 않는다고 생각한다.
