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Test di ipotesi multiple<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Ciao a tutti,

Avrò molto presto per eseguire un gran numero di test di ipotesi. Poiché è risaputo che in tal caso fare affidamento su valori p è una cosa sbagliata, a causa di errori di tipo I, vorrei utilizzare il tasso di falsi discovery e più precisamente il tasso di falsi positivi positivi (Storey) e calcolare i valori di q come i miei "valori p regolati".

La mia domanda è divisa in due:

1. Esiste da qualche parte un codice per calcolare pFDR e i corrispondenti valori di q in JMP 9? Ho visto qualcosa su Internet da cui presumo che tali funzioni esistano già in JMP Clinical. Ho solo una licenza per JMP 9, e non ho idea di quanto costi clinici JMP o se avrò un budget. Quindi se c'è un semplice codice JSL da qualche parte, può essere molto utile per me.

2. Nel caso ci sia un tale codice, molto probabilmente richiederà un vettore di valori p come output. Considera che ho un file JMP con 1 variabile categoriale e 500 continui, e voglio eseguire un t-test per ciascuno dei 500, e per salvare in un nuovo file, una variabile dei valori p, contenente 500 di loro. Come faccio a farlo in JSL? È possibile a tutti? Quel JMP eseguirà automaticamente 500 test e salverà solo i p-value?

Grazie in anticipo....

Test di ipotesi multiple

Grazie per l'aiuto, tutti.

Dopo il weekend proverò a lavorare con il codice e leggerò le diapositive.

Grazie Dave per il link, sembra che sia proprio quello di cui ho bisogno, e grazie a tutti per l'assistente, lo apprezzo!

Test di ipotesi multiple

Un sacco di buone informazioni in quelle diapositive. Grazie per aver condiviso Dave.

Test di ipotesi multiple

Ecco alcune diapositive che spiegano come usa JSL per connetterti a R

Test di ipotesi multiple

Per matrici || è un operatore di concatenazione orizzontale. Concat (m, owr ...) è equivalente.

Non ho esperienza di FDR, ma ho giocato un po 'con la conncention di JMP-R. Di seguito è un esempio. La prima metà è identica all'esempio precedente. L'output è mostrato nel registro jmp. Per ottenere l'output come stringa, inserisci R Submit nella funzione Log Capture ().

dt = Aperto ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;

m = [] ;

Per ( io = 4 , io <= N Col ( dt ) , io ++,

          OW = Senso unico ( Y ( Colonna ( io ) ) , X ( : sesso ) , t Test ( 1 ) , invisibile ) ;

          OWR = rapporto ( OW ) ;

          m = m || OWR [ "t Test" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

) ;

dtp = Nuova tabella ( "t-test" , Nuova colonna ( "P" , numerico , imposta valori ( m ) ) ) ;

nomevar = "P" ;

R Init () ; // Inizializza la connessione R

R Invia ( dtp ) ; // Invia tabella dati a R

// Invia una stringa con i comandi R

R Invia ( "Dati <- dtp

nomi (dei dati)

attach (dati)

significare(" || nomevar || ")" ) ;  

Rterm () ;

Test di ipotesi multiple

Grazie, è una buona idea ...

C'è ancora una cosa che devo fare (accetta le mie scuse, dato che sono troppo occupato, non ho mai il tempo di imparare JSL proprely ...). Dal tuo codice ottengo una tabella JMP contenente 1 colonna, di valori p, giusto? Dovrei ora scrivere un codice JSL che si connette a R, se è così, avrò bisogno di una piccola guida, o, se dovessi esportare la tabella e lavorare direttamente da R, dovrebbe funzionare, no?

Se qualcuno può scrivermi un semplice esempio di come dopo aver riconfermato la nuova tabella, per connettersi a R e per eseguire anche qualcosa di semplice come mean (p), posso modificarlo per il pFDR in seguito.

e un'ultima domanda (promessa), nella riga:

m = m || OWR [ "t Test" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

perché m o owr [...]? Voglio dire, perché il || è necessario ?

Grazie mille, mi stai risparmiando un sacco di tempo esportando grandi dataset in R e codificandoti lì ....

Test di ipotesi multiple

1. Non sono a conoscenza del codice JMP liberamente disponibile ma ci sono diverse opzioni in R. http://strimmerlab.org/notes/fdr.html elenca alcuni pacchetti relativi a FDR. JMP 9 può connettersi e recuperare i risultati da R. Questo è probabilmente un compito molto più semplice della codifica degli algoritmi in JSL da zero.

2. Dovrebbe essere possibile Di seguito è riportato un esempio che potrebbe darti qualche idea. Funziona eseguendo il looping di tutte le colonne y numeriche a destra della colonna x fissa in un adattamento oneway e recuperando il valore p (test t-test bilaterale) dal report e inserendolo in una matrice. La matrice viene infine aggiunta a una colonna in una nuova tabella di dati.

dt = Aperto ( "$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp" ) ;

m = [] ;

Per ( io = 4 , io <= N Col ( dt ) , io ++,

          OW = Senso unico ( Y ( Colonna ( io ) ) , X ( : sesso ) , t Test ( 1 ) , invisibile ) ;

          OWR = rapporto ( OW ) ;

          m = m || OWR [ "t Test" ] [ Numero Col Box ( 4 )] [ 1 ] ;

) ;

Nuova tabella ( "t-test" , Nuova colonna ( "P" , numerico , imposta valori ( m ) ) ) ;

Test di ipotesi multiple

Penso che pFDR esista in JMP Genomics, ma non standard (o Pro) JMP