多重假設檢驗<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />大家好，
我很快就需要進行大量的假設檢驗。因為眾所周知，在這種情況下依賴p值是錯誤的，由於I類錯誤，我想使用錯誤發現率，更準確地說是積極的錯誤發現率（Storey），並且計算q值作為我的“調整後的p值”。
我的問題分為兩個：
1。是否有任何代碼來計算JMP 9中的pFDR和相應的q值？我在互聯網上看到了一些東西，我認為這些功能已經存在於JMP Clinical中。我只有JMP 9的許可證，我不知道JMP的臨床費用是多少，或者我是否有任何預算。因此，如果某處有一個簡單的JSL代碼，它對我來說非常有用。
2。如果存在這樣的代碼，則很可能需要p值向量作為輸出。考慮到我有一個帶有1個分類變量和500個連續變量的JMP文件，我想為500中的每一個運行一個t檢驗，並在一個新文件中保存一個p值的變量，包含其中500個。我如何在JSL中做到這一點？有可能嗎？JMP將自動運行500次測試並僅保存p值？
先感謝您....
多重假設檢驗感謝大家的幫助。
週末過後，我將嘗試使用代碼並閱讀幻燈片。
感謝Dave的鏈接，它看起來就像我需要的那樣，謝謝大家的幫助，我很感激！
多重假設檢驗這些幻燈片中有很多好的信息。謝謝你分享戴夫。
多重假設檢驗以下是一些解釋如何操作的幻燈片使用JSL連接到R
多重假設檢驗對於矩陣||是一個水平連接運算符。Concat（m，owr ......）是等價的。
我沒有FDR的經驗，但我在JMP-R情感方面做了一些嘗試。以下是一個例子。前半部分與上面的例子相同。輸出顯示在jmp日誌中。要將輸出作為字符串輸入，請將R Submit放入Log Capture（）函數中。
DT = 打開 （ “$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp” ） ;
米 = [] ;
對於 （ 一世 = 4 ，一世 <= N Col （ DT ） ，一世 ++，
流 = 單程 （ ÿ （ 柱 （ 一世 ） ） ， X （ ： 性別 ） ， t測試 （ 1 ） ，無形 ） ;
OWR = 報告 （ 流 ） ;
米 = 米 || OWR [ “t測試” ] [ 數字Col Box （ 4 ）] [ 1 ] ;
） ;
DTP = 新表 （ “t檢驗” ，新欄目 （ “P” ，數字 ，設定值 （ 米 ） ） ） ;
VARNAME = “P” ;
R初始 （） ; //初始化R連接
R發送 （ DTP ） ; //將數據表發送給R.
//使用R命令提交字符串
R提交 （ “數據< - dtp
名稱（數據）
連接（數據）
意思（” || VARNAME || “）” ） ;
R項 （） ;
多重假設檢驗謝謝，這是一個好主意......
還有一件事我需要完成它（接受我的道歉，因為我太忙了，我沒有時間真正學習JSL ......）。從你的代碼中我得到一個包含1列p值的JMP表，對吧？我現在應該編寫一個連接到R的JSL代碼，如果是這樣，我需要一點指導，或者，如果我導出表並直接從R工作，它應該可以工作，不是嗎？
如果有人能給我寫一個快速簡單的例子，說明如何在重新啟動新表之後，連接到R並運行像mean（p）這樣簡單的東西，我可以稍後為pFDR修改它。
和最後一個問題（承諾），在行：
米 = 米 || OWR [ “t測試” ] [ 數字Col Box （ 4 ）] [ 1 ] ;
為什麼要么 owr [...]？我的意思是，為什麼||需要嗎？
萬分感謝，你節省了我很多時間將大數據集導出到R並在那裡編碼....
多重假設檢驗1。我不知道可以自由使用的JMP代碼，但R中有幾個選項。 http://strimmerlab.org/notes/fdr.html 列出了一些與FDR相關的包。JMP 9可以連接到R並從中檢索結果。這可能比從頭開始編寫JSL中的算法要簡單得多。
2。那應該是可能的。下面是一個可能會給你一些想法的例子。它通過以單向擬合循環遍歷固定x列右側的所有數字y列並從報告中檢索p值（雙側t檢驗）並將其插入矩陣來工作。矩陣最終被添加到新數據表中的列中。
DT = 打開 （ “$ ENGLISH_SAMPLE_DATA / Big Class.jmp” ） ;
米 = [] ;
對於 （ 一世 = 4 ，一世 <= N Col （ DT ） ，一世 ++，
流 = 單程 （ ÿ （ 柱 （ 一世 ） ） ， X （ ： 性別 ） ， t測試 （ 1 ） ，無形 ） ;
OWR = 報告 （ 流 ） ;
米 = 米 || OWR [ “t測試” ] [ 數字Col Box （ 4 ）] [ 1 ] ;
） ;
新表 （ “t檢驗” ，新欄目 （ “P” ，數字 ，設定值 （ 米 ） ） ） ;
多重假設檢驗我認為pFDR存在於JMP Genomics中，但不存在於標準（或Pro）JMP中
