Análisis de asociación QK con SSR<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hola,
Soy un nuevo usuario de JMP, y el problema es que tengo una colección de líneas puras de un cultivo que están genotipadas con 150 marcadores SSR, y el fenotipo es un rasgo binario (0 y 1), ya que planeo hacer QK análisis de asociación He expandido el formato de marcadores utilizando JMP Genomics 7.0 y estoy usando la regresión logística para realizar la prueba de asociación. Mi caso es similar al ejemplo de la "Guía paso a paso para el análisis de asociación con marcadores SSR". El problema es que he seguido la mayor parte del paso de la guía pero no he podido obtener resultados exitosos.
Lo que hice es:
1) Ampliando el formato de los marcadores SSR multialélicos (por ejemplo, 150/150, 167/150, 167/167) a formato 0, 1 y 2 (donde 0 y 2 son homocigotos y 1 heterocigotos).
2) Calcular PCA para tener en cuenta la estructura de la población
3) Calcular una matriz de relación de marcador basada (IBS).
4) Análisis de asociación QK mediante la opción de asociación de marcador-rasgo de JMP Genomics.
4.1 He intentado usar los marcadores multi-alélicos (no los marcadores EG_) como sugerí en la guía y revisando el recuadro "Genotipos" en el tap "Opciones" y "/" como delimitador de genotipo. El resultado es el siguiente mensaje de error "ERROR: El archivo WORK.GENOTYPES.DATA no existe"
4.2 He intentado usar los marcadores extendidos (con el prefijo EG_) y marcar la casilla "Genotipos numéricos" en el tap "Opciones" pero cuando ejecuto el análisis Parece que se está ejecutando bien, pero el proceso nunca termina, es más como congelado
¿Podría alguien ayudarme con este análisis?
Gracias
LF
Re: Análisis de asociación QK con SSRQuerido Kelci,
Gracias por su apoyo, he intentado diferentes especificaciones para obtener
La matriz K comprimida, siempre recibo un error cuando coloco el pca1 pca2
y pca3 en el cuadro "Variables de la matriz Q" de la pestaña "Variables del modelo".
Sin embargo:
1. cuando coloco pca1, pca2 y pca3 en el cuadro "Variable de la matriz Q" y
También marcando la casilla "Columnas de Q suma a 1", obtengo como resultado una matriz K
(de 420 líneas) comprimidas en 11 grupos.
2. cuando solo reviso la casilla "Las columnas de Q suman a 1" sin colocar el
tres primeros componentes principales en el cuadro "Variable de matriz Q", o bien
cuando ambas casillas se dejan en blanco, el resultado es una matriz K comprimida en 8
grupos
Así que he usado cualquiera de las dos matrices K comprimidas en la asociación
Pruebas pero los resultados siguen siendo insatisfactorios.
LF
Re: Análisis de asociación QK con SSRHola LF,
Nuestro equipo de desarrollo intentó y no pudo duplicar el error que está viendo. ¡Voy a ponerte en contacto con nuestro desarrollador de procesos de Genética para intentar ayudar a resolver este problema a través de tu correo electrónico! De esa manera, puede compartir más fácilmente los archivos de registro / configuración, etc. ¡así podemos ayudar a resolver los problemas!
El error en la compresión de la matriz K es un poco más útil, cuando un rasgo es binario, se usa el procedimiento GLIMMIX y es más sensible a los modelos que no encajan / convergen bien, por lo que podría ser el modelo al que está tratando de ajustar. Sus datos no son posibles.
Re: Análisis de asociación QK con SSRAdemás, no es posible reproducir el análisis del ejemplo en la "Guía paso a paso para asociar ..." utilizando el mismo conjunto de datos y las mismas especificaciones, obtengo el siguiente error en el primer paso (expansión genotipo).
ERROR: El archivo WORK.AF (memtype = DATA) ya existe. Renombrar no se hizo
Gracias
LF
Re: Análisis de asociación QK con SSRGracias por su respuesta,
La primera vez que ejecuté el análisis (para el caso 4.2) tomó más de ocho horas (máquina: CPU Intel Xeron E5-1620 3.60 GHz y 64 Gb de RAM) sin terminar.
Mientras se estaba ejecutando, hice clic en los botones "Ver registro" y "Abrir carpeta temporal de SAS" y no respondió. También probé con 10 marcadores y esperé durante casi 40 minutos y nunca terminó. Tenemos ~ 420 líneas, no son demasiadas, sin embargo, también traté de calcular la matriz K comprimida y obtengo el siguiente error:
ERROR: Ninguno de los modelos convergió. La matriz K no se puede comprimir. Por favor revise las especificaciones del modelo.
syserr = 0
exiterror = 1
ERROR: KMatrixCompression salió debido a errores.
Estoy siguiendo la mayoría de las especificaciones de la guía, excepto que seleccioné un rasgo binario.
Puedo enviar los archivos de registro como usted lo requiera
Gracias
LF
Re: Análisis de asociación QK con SSRHola LF,
Lamento escuchar que tiene problemas con el análisis QK con marcadores multialélicos. Me gustaría referirlo a nuestros especialistas de soporte técnico, les reenviaré su contacto para ayudarlo a abrir una pista de soporte. El primer problema probablemente necesitaremos su configuración y el archivo de registro, pueden ayudar a obtener la información correcta para que podamos averiguar qué está pasando.
¿Cuánto tiempo lo dejaste correr para el caso 4.2? ¿Revisó su SAS Temp mientras corría para ver si los archivos aún estaban siendo procesados? ¿Cuántas líneas (el tamaño de su matriz K puede aumentar exponencialmente al procesamiento, especialmente cuando tiene marcadores multialélicos que se expanden en muchas más pruebas que 150) tiene? Sugeriría simplemente seleccionar los primeros 5-10 marcadores y tratar de ejecutarlo para ver si eso puede terminar.
También puede probar la compresión de la matriz K en el submenú Medidas relacionadas para reducir el tamaño de su matriz K en las pruebas, así como obtener estimaciones para corregir la estimación del efecto aleatorio como lo sugiere Zhang et al. (Nature Genetics, 2010).
Kelci Miclaus
