SSR을 사용한 QK 연관 분석<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />여보세요,
저는 JMP의 새로운 사용자입니다. 문제는 150 개의 SSR 마커로 유전자형이 지정된 작물의 근친 교배종 줄을 가지고 있으며 표현형은 QK를 할 계획이므로 이진 형질 (0과 1)입니다. 연관 분석 JMP Genomics 7.0을 사용하여 마커 형식을 확장했으며 연관 테스트를 위해 로지스틱 회귀 분석을 사용하고 있습니다. 내 경우는 "SSR 마커를 사용한 연관성 분석을위한 단계별 가이드"의 예와 유사합니다. 문제는 내가 가이드의 대부분의 단계를 따르지만 성공적인 결과를 얻을 수 없었다는 것입니다.
내가 한 일은 :
1) 다중 iallelic SSR 마커 (예 : 150/150, 167/150, 167/167)의 형식을 0, 1 및 2 형식 (0과 2는 동형 접합체이고 1은 이형 접합체)으로 확장합니다.
2) 인구 구조를 고려하기 위해 PCA 계산
3) 기반 마커 관계 행렬 (IBS)을 계산합니다.
4) JMP Genomics의 Marker-Trait Association 옵션을 사용한 QK 연관 분석.
4.1 나는 "Options"탭의 "Genotypes"상자와 genotype delimiter로서 "/"를 가이드로 제안하고 cheking하는 것처럼 다중 대립 마커 (EG_ 마커가 아닌)를 사용하여 시도했다. 결과는 다음 오류 메시지입니다. "오류 : 파일 WORK.GENOTYPES.DATA가 없습니다"
4.2 확장 마커 (접두사 EG_)를 사용하고 "옵션"탭의 "숫자 형 유전자형"상자를 확인해 보았습니다. 그러나 분석을 실행할 때 실행중인 것처럼 보이지만 프로세스가 끝나지 않는 것처럼 보입니다. 얼어 붙은 것처럼.
누구라도이 분석을 도와 줄 수 있습니까?
감사
LF
제목 : Re : SSR로 QK 연관 분석친애하는 Kelci,
지원해 주셔서 감사합니다. 다른 사양을 시도했습니다.
압축 된 K 행렬, pca1 pca2를 배치하면 항상 오류가 발생합니다.
및 "모델 변수"탭의 "Q 행렬 변수"상자에서 pca3을 선택합니다.
하나:
1. "Q Matrix Variable"상자에 pca1, pca2 및 pca3을 배치하고
또한 "Q sum of Columns of 1"상자를 검사하면 결과가 K 행렬이됩니다.
(420 라인 중) 11 개 그룹으로 압축.
2. "Q의 합계를 1로 설정"상자를 선택하지 않고 확인 만하면
"Q 행렬 변수 (Q Matrix Variable)"상자의 3 가지 주요 구성 요소 중 하나 또는
두 상자를 모두 비워두면 결과는 K 행렬이됩니다.
여러 떼.
그래서 나는 협회에서 2 개의 압축 된 K 매트릭스 중 하나를 사용했다.
테스트 결과는 여전히 불만족 스럽습니다.
LF
제목 : Re : SSR로 QK 연관 분석안녕 LF,
개발팀에서 귀하가보고있는 오류를 재현하지 못했습니다. Genetics 프로세스 개발자와 연락을 취해서 이메일을 통해 문제를 해결할 수있게 도와 드리겠습니다. 그렇게하면 로그 / 설정 파일 등을 더 쉽게 공유 할 수 있으므로 문제를 파악하는 데 도움이됩니다!
K 매트릭스 압축의 오류는 좀 더 유용합니다. 특성이 바이너리이고 GLIMMIX 절차가 사용되며 잘 맞지 않는 모델에 더 민감하므로 적합하려고하는 모델 일 수 있습니다 당신의 데이터는 불가능합니다.
제목 : Re : SSR로 QK 연관 분석또한 동일한 데이터 세트 및 동일한 사양을 사용하여 "단계별 연결 가이드 ..."에서 예제의 분석을 재현 할 수 없으므로 첫 번째 단계에서 다음 오류가 발생합니다 (확장 유전자형).
오류 : WORK.AF (memtype = DATA) 파일이 이미 있습니다. 이름 바꾸기가 완료되지 않았습니다.
감사
LF
제목 : Re : SSR로 QK 연관 분석답변 주셔서 감사합니다,
처음으로 분석을 실시했을 때 (4.2 경우), 마무리 작업없이 8 시간 이상 (Intel Xeron CPU E5-1620 3.60 GHz 및 64 Gb RAM) 소요되었습니다.
실행되는 동안 "로그보기"및 "SAS 임시 폴더 열기"버튼을 클릭했으나 응답하지 않았습니다. 또한 나는 10 개의 마커로 시도하고 거의 40 분을 기다렸고 결코 끝나지 않았다. 우리는 ~ 420 라인을 가지고 있지만, 너무 많은 것은 아닙니다. 그러나 압축 된 K 매트릭스를 계산하려고 시도했지만 다음과 같은 오류가 발생합니다.
오류 : 어떤 모델도 수렴하지 않았습니다. K 매트릭스는 압축 할 수 없습니다. 모델 사양을 확인하십시오.
syserr = 0
exiterror = 1
오류 : KMatrixCompression 오류로 인해 종료되었습니다.
바이너리 특성을 제외하고 가이드의 대부분의 사양을 따르고 있습니다.
필요에 따라 로그 파일을 보낼 수 있습니다.
감사
LF
제목 : Re : SSR로 QK 연관 분석안녕 LF,
다중 대립 형 마커를 사용하여 QK 분석에 문제가 있다는 소식을 듣고 유감입니다. 기술 지원 전문가에게 당신을 소개하고 싶습니다. 고객 지원 팀에 연락하여 지원 트랙을 열어 드리겠습니다. 첫 번째 문제는 설정 및 로그 파일이 필요할 것이므로 올바른 정보를 얻을 수 있도록 도움을 줄 수 있으므로 어떤 일이 일어나는지 파악할 수 있습니다.
4.2 사건으로 얼마나 오래 끌었 니? 파일이 아직 처리 중인지 확인하기 위해 실행 중 SAS Temp를 확인 했습니까? 몇 줄 (K 매트릭스의 크기가 처리에 기하 급수적으로 추가 할 수 있으며, 특히 멀티 대립 형 마커가 150 개 이상의 많은 테스트로 확장되는 경우)가 있습니까? 첫 번째 5-10 마커를 선택하고 마커를 끝내기 위해 실행하려고합니다.
또한 관련도 측정 하위 메뉴에서 K 매트릭스 압축을 시도하여 테스트에서 K 매트릭스의 크기를 줄이고 다음과 같이 임의의 효과 추정치를 수정하는 예상치를 얻을 수도 있습니다. Zhang et al. (Nature Genetics, 2010).
켈시 미 클라우스
