SSRによるQKアソシエーション分析<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />こんにちは、
私はJMPの新しいユーザーです、そして問題は私がQKをするつもりであるので私が彼らが150のSSRマーカーでジェノタイピングされている作物の近交系のコレクションを持っている、そして表現型関連分析JMP Genomics 7.0を使用してマーカー形式を拡張し、関連テストを行うためにロジスティック回帰を使用しています。私の場合は、「SSRマーカーを用いた関連解析のステップバイステップガイド」の例と似ています。問題は私がガイドのステップの大部分をたどったことですが、私は成功した結果を得ることができなかったということです。
私がしたことは、
１）多対立遺伝子ＳＳＲマーカーのフォーマット（例えば、１５０ ／ １５０、１６７ ／ １５０、１６７ ／ １６７）を０、１、および２フォーマット（ここで、０および２はホモ接合性であり、１はヘテロ接合性）に拡張する。
2）人口構造を説明するためにPCAを計算する
３）ベースのマーカー関係行列（ＩＢＳ）を計算する。
4）JMP GenomicsのMarker-Trait Associationオプションを使用したQK関連解析。
4.1私はガイドが示唆しているようにマルチアレルマーカー（EG_マーカーではない）を使い、"Options"タップの "Genotypes"ボックスと "/"を遺伝子型の区切り文字としてチェックした。結果は、次のエラーメッセージです。"エラー：ファイルWORK.GENOTYPES.DATAが存在しません"
4.2拡張マーカー（接頭辞EG_付き）を使用して、[Options]タップの[Numeric Genotypes]ボックスをチェックしてみましたが、分析を実行するとうまくいっているようですが、プロセスは終了しません。凍ったように。
誰かがこの分析を手伝ってくれる？
ありがとう
LF
再：SSKとQKの関連分析Kelci様、
ご支援ありがとうございます、私は得るために別の仕様を試してみました
圧縮されたK行列、pca1 pca2を配置すると必ずエラーが発生します。
[モデル変数]タブの[Q行列変数]ボックスでpca3を選択します。
しかしながら：
1。pca1、pca2、pca3を[Q Matrix Variable]ボックスに配置したとき
また、「Qの合計を1にする」ボックスをチェックすると、結果としてK行列が得られます。
11グループに圧縮された（420行の）。
2。「Q sum to 1」の欄にチェックを入れずに
[Q行列変数]ボックスの3つの最初の主成分、または
両方のボックスが空白のままの場合、結果は8で解釈されるK行列です。
グループ。
だから私は協会で2つの圧縮K行列のどちらかを使用しました
テストはしますが結果はまだ満足のいくものではありません。
LF
再：SSKとQKの関連分析こんにちはLF、
私たちの開発チームは、あなたが見ているエラーを再現しようと試みましたが再現できませんでした。私たちのGeneticsプロセス開発者と連絡を取って、あなたのEメールでこれをさらにトラブルシュートする手助けをしようとしています！こうすれば、ログや設定ファイルなどをより簡単に共有できるので、問題の解決に役立ちます。
K行列圧縮のエラーはもう少し有用です。トレイトがバイナリの場合、GLIMMIX手続きが使用され、近似/収束しないモデルに対してより敏感になるため、近似しようとしているモデルになる可能性があります。あなたのデータは不可能です。
再：SSKとQKの関連分析また、同じデータセットと同じ仕様を使用して「関連付けのステップバイステップガイド」の例の分析を再現することはできません。最初のステップで次のエラーが発生します（展開）遺伝子型）。
エラー：ファイルWORK.AF（memtype = DATA）は既に存在します。名前の変更は行われていません。
ありがとう
LF
再：SSKとQKの関連分析ご回答ありがとうございます
私が初めて解析を実行したとき（4.2の場合）、終了することなく8時間以上かかりました（マシン：Intel Xeron CPU E5-1620 3.60 GHzおよび64 Gb RAM）。
それが実行されている間、私は「View Log」と「Open SAS Temporary Folder」ボタンをクリックしましたが、それは応答しませんでした。また、私は10個のマーカーで試してみて、ほぼ40分待っていました、そしてそれは決して終わらなかった。420行ありますが、それほど多くはありませんが、圧縮K-matrixを計算しようとしたところ、次のエラーが発生しました。
エラー：どのモデルも収束しませんでした。K行列は圧縮できません。モデルの仕様を確認してください。
syserr = 0
exiterror = 1
エラー：エラーのためKMatrixCompressionが終了しました。
私はバイナリー特性を選択したことを除いてガイドの仕様の大部分に従っています。
必要に応じてログファイルを送信できます
ありがとう
LF
再：SSKとQKの関連分析こんにちはLF、
多対立遺伝子マーカーを使ったQK解析に問題があると聞いて申し訳ありません。 私たちのテクニカルサポートスペシャリストにあなたを紹介したいのですが、サポートトラックを開くのを助けるためにあなたのコンタクトを彼らに転送します。 私たちがあなたの設定とログファイルを必要とする最初の問題は、私たちが何が起こっているのか把握することができるように正しい情報を得るのを助けることができます。
あなたはそれを4.2のケースでどれぐらい実行させましたか？ファイルがまだ処理されているかどうかを確認するために、実行中にSAS Tempをチェックアウトしましたか？何行（K行列のサイズによって処理が指数関数的に増加する可能性があります。特に、150を超える多数のテストに展開されるマルチアレルマーカーがある場合）最初の5〜10個のマーカーを選択し、それを実行してそれが終了するかどうかを確認することをお勧めします。
また、関連性の尺度サブメニューの下でK行列圧縮を試して、テストでのK行列のサイズを縮小したり、で提案されているようにランダム効果推定を修正するための推定を取得することもできます。チャン他。（Nature Genetics、2010）。
ケルチ・ミクラウス
