Analisi dell'associazione QK con SSR<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ciao,
Sono un nuovo utente di JMP, e il problema è che ho una collezione di linee inbred di un raccolto che sono genotipizzate con 150 marcatori SSR, e il fenotipo è un tratto binario (0 e 1), dal momento che ho intenzione di fare QK analisi delle associazioni Ho ampliato il formato dei marcatori usando JMP Genomics 7.0 e sto usando la regressione logistica per fare test di associazione. Il mio caso è simile all'esempio della "Guida passo passo all'analisi delle associazioni con i marcatori SSR". Il problema è che ho seguito la maggior parte del passaggio della guida, ma non sono riuscito a ottenere risultati di successo.
Quello che ho fatto è:
1) Espansione del formato dei marcatori multirellio SSR (ad esempio 150/150, 167/150, 167/167) in formato 0, 1 e 2 (dove 0 e 2 sono l'omozigote e 1 l'eterozigote).
2) Calcolo dell'APC per tenere conto della struttura della popolazione
3) Calcola una matrice di relazione con marker (IBS).
4) Analisi dell'associazione QK utilizzando l'opzione Marker-Trait Association di JMP Genomics.
4.1 Ho provato a utilizzare i marcatori multiallelici (non i marcatori EG_) come suggerito nella guida e nella casella "Genotypes" nelle "Opzioni" e "/" come delimitatore di genotipo. Il risultato è il seguente messaggio di errore "ERRORE: il file WORK.GENOTYPES.DATA non esiste"
4.2 Ho provato ad usare i marcatori estesi (con il prefisso EG_) e spuntando la casella "Genotipi numerici" in "Opzioni" tocca ma quando eseguo l'analisi Sembra che stia funzionando bene ma il processo non finisce mai, è più come congelato.
Qualcuno potrebbe aiutarmi con questa analisi?
Grazie
LF
Ri: analisi delle associazioni QK con SSRCaro Kelci,
Grazie per il vostro supporto, ho provato diverse specifiche per ottenere
la matrice K compresso, ottengo sempre un errore quando inserisco pca1 pca2
e pca3 nella casella "Q Matrix Variables" della scheda "Variabili del modello".
Però:
1. quando metto pca1, pca2 e pca3 nella casella "Q Matrix Variable" e
controllando anche la casella "Colonne di Q somma a 1", ottengo come risultato una matrice K
(di 420 linee) compresso in 11 gruppi.
2. quando controllo solo la casella "Columns of Q sum to1" senza collocare il
tre primi componenti principali nella casella "Q Matrix Variable", o entrambi
quando entrambe le caselle vengono lasciate vuote, il risultato è una matrice K calcolata in 8
gruppi.
Quindi ho usato una delle due matrici K compresse nell'associazione
test ma i risultati sono ancora insoddisfacenti.
LF
Ri: analisi delle associazioni QK con SSRCiao LF,
Il nostro team di sviluppo ha provato e non ha potuto duplicare l'errore che stai vedendo. Ti metterò in contatto con il nostro sviluppatore dei processi di Genetica per cercare di aiutare a risolvere i problemi ulteriormente tramite la tua email! In questo modo puoi condividere più facilmente file di registro / impostazioni ecc. In modo che possiamo aiutarti a capire i problemi!
L'errore nella compressione della matrice K è un po 'più utile, quando un tratto è binario, viene utilizzata la procedura GLIMMIX ed è più sensibile ai modelli che non si adattano / convergono bene in modo che possa essere il modello che si sta tentando di adattare i tuoi dati non sono possibili
Ri: analisi delle associazioni QK con SSRInoltre, non è possibile riprodurre l'analisi dell'esempio nella "Guida passo passo all'associazione ..." utilizzando lo stesso set di dati e le stesse specifiche, ottengo il seguente errore nel primo passaggio (espansione genotipo).
ERRORE: il file WORK.AF (memtype = DATA) esiste già. Rinominare non è stato fatto.
Grazie
LF
Ri: analisi delle associazioni QK con SSRLa ringrazio per la risposta,
La prima volta che ho eseguito l'analisi (per il caso 4.2) sono state necessarie più di otto ore (macchina: CPU Intel Xeron E5-1620 3,60 GHz e 64 Gb RAM) senza finitura.
Mentre era in esecuzione, ho fatto clic sui pulsanti "Visualizza registro" e "Apri cartella temporanea SAS" e non ha risposto. Inoltre ho provato con 10 marcatori e ho aspettato per quasi 40 minuti e non è mai finito. Abbiamo ~ 420 linee, non sono troppe, tuttavia ho anche provato a calcolare K-matrix compressa e ottengo il seguente errore:
ERRORE: nessuno dei modelli convergenti. La matrice K non può essere compressa. Si prega di verificare le specifiche del modello.
syserr = 0
exiterror = 1
ERRORE: KMatrixCompression terminata a causa di errori.
Sto seguendo la maggior parte delle specifiche della guida, tranne che ho selezionato un tratto binario.
Posso inviare i file di registro come richiesto
Grazie
LF
Ri: analisi delle associazioni QK con SSRCiao LF,
Mi dispiace sentire che stai riscontrando problemi con l'analisi QK con marcatori multiallelici. Vorrei indirizzarvi ai nostri specialisti del supporto tecnico, inoltrerò il vostro contatto a loro per aiutare ad aprire una traccia di supporto. Il primo problema che avremo probabilmente bisogno delle tue impostazioni e del tuo file di log, può aiutarti a ottenere le informazioni giuste in modo che possiamo capire cosa sta succedendo.
Quanto tempo hai lasciato correre per il caso 4.2? Hai controllato il tuo SAS Temp durante l'esecuzione per vedere se i file erano ancora in fase di elaborazione? Quante linee (la dimensione della tua matrice K può aggiungere esponenzialmente all'elaborazione, specialmente quando hai marcatori multiallelici che vengono espansi in molti più test di 150)? Suggerirei di selezionare solo i primi 5-10 marker e provare a eseguirlo per vedere se può finire.
Puoi anche provare la compressione della matrice K nel sottomenu Misure di correlazione per ridurre la dimensione della tua matrice K nei test e ottenere stime per correggere la stima dell'effetto casuale come suggerito da Zhang et al. (Nature Genetics, 2010).
Kelci Miclaus
