QK-Assoziationsanalyse mit SSR<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hallo,
Ich bin ein neuer Benutzer von JMP, und das Problem ist, dass ich eine Sammlung von Inzuchtlinien einer Ernte habe, die mit 150 SSR-Markern genotypisiert sind, und der Phänotyp ist ein binäres Merkmal (0 und 1), da ich QK machen möchte Assoziationsanalyse Ich habe das Markerformat mit JMP Genomics 7.0 erweitert und verwende logistische Regression für Assoziationsversuche. Mein Fall ähnelt dem Beispiel der "Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Assoziationsanalyse mit SSR-Markern". Das Problem ist, dass ich die meisten Schritte des Leitfadens befolgt habe, jedoch keine erfolgreichen Ergebnisse erzielen konnte.
Was ich getan habe ist:
1) Erweitern des Formats der multielallelen SSR-Marker (z. B. 150/150, 167/150, 167/167) auf 0, 1 und 2 (wobei 0 und 2 die Homozygoten und 1 die Heterozygoten sind).
2) Berechnen Sie die PCA, um die Bevölkerungsstruktur zu berücksichtigen
3) Berechnen Sie eine basierte Markierungsbeziehungsmatrix (IBS).
4) QK-Assoziationsanalyse unter Verwendung der Marker-Trait-Association-Option von JMP Genomics.
4.1 Ich habe versucht, die multi-allelischen Marker (nicht die EG_-Marker) als Leitfaden zu verwenden und das "Genotypes" -Feld in den "Options" -Papieren und "/" als Genotyp-Trennzeichen zu verwenden. Das Ergebnis ist die folgende Fehlermeldung "ERROR: Datei WORK.GENOTYPES.DATA ist nicht vorhanden"
4.2 Ich habe versucht, die erweiterten Marker (mit dem Präfix EG_) zu verwenden und das Kontrollkästchen "Numerische Genotypen" in der Option "Optionen" zu aktivieren. Wenn ich jedoch die Analyse starte, scheint es gut zu laufen, aber der Prozess endet nie, es ist mehr wie eingefroren.
Kann mir jemand bei dieser Analyse helfen?
Vielen Dank
LF
Re: QK-Assoziationsanalyse mit SSRLieber Kelci,
Vielen Dank für Ihre Unterstützung, ich habe verschiedene Spezifikationen ausprobiert
Bei der komprimierten K-Matrix bekomme ich immer einen Fehler, wenn ich pca1 pca2 platziere
und pca3 im Feld "Q-Matrixvariablen" der Registerkarte "Modellvariablen".
Jedoch:
1 wenn ich pca1, pca2 und pca3 in das Feld "Q Matrix Variable" und
Wenn Sie das Kästchen "Spalten von Q-Summe zu 1" aktivieren, erhalte ich als Ergebnis eine K-Matrix
(von 420 Zeilen) in 11 Gruppen komprimiert.
2 Wenn ich nur das Feld "Columns of Q sum to1" ankreuze, ohne das Feld zu platzieren
drei erste Hauptkomponenten im Feld "Q Matrix Variable" oder eine der beiden
Wenn beide Felder leer bleiben, wird eine K-Matrix in 8 dargestellt
Gruppen.
Ich habe also eine der beiden komprimierten K-Matrizen in der Assoziation verwendet
Tests, aber die Ergebnisse sind immer noch unbefriedigend.
LF
Re: QK-Assoziationsanalyse mit SSRHallo LF,
Unser Entwicklungsteam hat den aufgetretenen Fehler ausprobiert und konnte ihn nicht wiederholen. Ich werde Sie mit unserem Entwickler von Genetics-Prozessen in Verbindung setzen, um zu versuchen, das Problem mit Ihrer E-Mail weiter zu verbessern. Auf diese Weise können Sie Protokoll- / Einstellungsdateien usw. einfacher freigeben, damit wir die Probleme herausfinden können!
Der Fehler bei der K-Matrix-Komprimierung ist etwas hilfreicher. Wenn ein Merkmal binär ist, wird die GLIMMIX-Prozedur verwendet und ist empfindlicher für Modelle, die nicht gut passen / zusammenlaufen Ihre Daten sind nicht möglich.
Re: QK-Assoziationsanalyse mit SSREs ist auch nicht möglich, die Analyse des Beispiels in der "Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Zuordnung ..." mit demselben Datensatz und denselben Spezifikationen zu reproduzieren. Im ersten Schritt (Erweiterung) wird der folgende Fehler angezeigt Genotyp).
FEHLER: Die Datei WORK.AF (Memtype = DATA) ist bereits vorhanden. Umbenennen wurde nicht durchgeführt.
Vielen Dank
LF
Re: QK-Assoziationsanalyse mit SSRVielen Dank für Ihre Antwort,
Das erste Mal, als ich die Analyse durchführte (für den 4.2-Fall), dauerte es mehr als acht Stunden (Maschine: Intel Xeron CPU E5-1620 3,60 GHz und 64 GB RAM), ohne den Vorgang abzuschließen.
Während es lief, klickte ich auf die Schaltflächen "Protokoll anzeigen" und "Open SAS Temporary Folder" und antwortete nicht. Ich habe es auch mit 10 Markern versucht und fast 40 Minuten gewartet und es endete nie. Wir haben ~ 420 Zeilen, sie sind nicht zu viel, aber ich habe auch versucht, eine komprimierte K-Matrix zu berechnen, und ich erhalte den folgenden Fehler:
FEHLER: Keines der Modelle konvergierte. Die K-Matrix kann nicht komprimiert werden. Bitte überprüfen Sie die Modellspezifikationen.
syserr = 0
exiterror = 1
FEHLER: KMatrixCompression wurde aufgrund von Fehlern beendet.
Ich befolge die meisten Spezifikationen des Leitfadens, außer dass ich ein binäres Merkmal ausgewählt habe.
Ich kann die Protokolldateien nach Ihren Wünschen senden
Vielen Dank
LF
Re: QK-Assoziationsanalyse mit SSRHallo LF,
Es tut mir leid, dass Sie Probleme mit der QK-Analyse mit Multi-Allel-Markern haben. Ich möchte Sie an unsere Spezialisten für technischen Support weiterleiten. Ich leite Ihren Kontakt an diese weiter, um einen Support-Track zu eröffnen. Beim ersten Problem benötigen wir wahrscheinlich Ihre Einstellungen und die Protokolldatei. Sie können dabei helfen, die richtigen Informationen zu erhalten, damit wir herausfinden können, was los ist.
Wie lange haben Sie es für den 4.2-Fall laufen lassen? Haben Sie Ihre SAS Temp während des Laufens ausgecheckt, um festzustellen, ob Dateien noch verarbeitet werden? Wie viele Zeilen (die Größe Ihrer K-Matrix kann die Verarbeitung exponentiell erhöhen, insbesondere wenn Sie über multi-allelische Marker verfügen, die in viel mehr Tests als 150 erweitert werden), haben Sie? Ich würde vorschlagen, einfach die ersten 5-10 Markierungen auszuwählen und zu versuchen, es auszuführen, um zu sehen, ob das fertig ist.
Sie können auch die K-Matrix-Komprimierung im Untermenü "Zugehörigkeitsmessungen" versuchen, um die Größe Ihrer K-Matrix in den Tests zu reduzieren und Schätzungen zu erhalten, um die Schätzung der zufälligen Effekte zu korrigieren Zhang et al. (Nature Genetics, 2010).
Kelci Miclaus
