QK與SSR的關聯分析<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />你好，
我是JMP的新用戶，問題是我有一系列作物的近交系，他們用150個SSR標記進行基因分型，表型是二元性狀（0和1），因為我打算做QK關聯分析我使用JMP Genomics 7.0擴展了標記格式，我使用邏輯回歸進行關聯測試。我的案例類似於“與SSR標記關聯分析的逐步指南”的例子。問題是我已經遵循了指南的大部分步驟，但我未能取得成功的結果。
我做的是：
1）將多等位基因SSR標記（例如150 / 150,167 / 150,167 / 167）的格式擴展為0,1和2格式（其中0和2是純合的，1是雜合的）。
2）計算PCA以考慮人口結構
3）計算基於標記的關係矩陣（IBS）。
4）使用JMP Genomics的Marker-Trait Association選項進行QK關聯分析。
4.1我嘗試使用多等位基因標記（不是EG_標記）作為指導和檢查“選項”點擊中的“基因型”框和“/”作為基因型定界符。結果是以下錯誤消息“錯誤：文件WORK.GENOTYPES.DATA不存在”
4.2我嘗試使用擴展標記（帶有前綴EG_）並檢查“選項”點擊中的“數字基因型”框但是當我運行分析時似乎它運行良好但過程永遠不會結束，它更多喜歡冷凍。
有人可以幫我解決這個問題嗎？
謝謝
如果
Re：用SSR進行QK關聯分析親愛的凱爾奇，
感謝您的支持，我嘗試了不同的規格
壓縮的K矩陣，當我放置pca1 pca2時，我總是會出錯
和“模型變量”選項卡的“Q矩陣變量”框中的pca3。
然而：
1。當我將pca1，pca2和pca3放在“Q矩陣變量”框中時
還檢查“Q sum to 1的列”框，我得到一個K矩陣
（420行）壓縮成11組。
2。當我只檢查“Q sum to1的列”框而不放置
“Q矩陣變量”框中的三個第一主成分，或者任意一個
當兩個方框都留空時，結果是8中的K矩陣
組。
所以我在關聯中使用了兩個壓縮的K矩陣中的任何一個
測試但結果仍不理想。
如果
Re：用SSR進行QK關聯分析你好LF，
我們的開發團隊嘗試過並且無法複製您看到的錯誤。我打算讓您聯繫我們的Genetics流程開發人員，嘗試通過您的電子郵件幫助解決問題！這樣你就可以更輕鬆地共享日誌/設置文件等，這樣我們就可以幫助找出問題所在！
K矩陣壓縮中的錯誤更有幫助，當特徵是二進制時，使用GLIMMIX過程並且它對不適合/收斂的模型更敏感，因此它可能是您嘗試適合的模型你的數據是不可能的。
Re：用SSR進行QK關聯分析另外，無法使用相同的數據集和相同的規範重現“關聯分步指南...”中的示例分析，我在第一步中得到以下錯誤（擴展基因型）。
錯誤：文件WORK.AF（memtype = DATA）已存在。重命名沒有完成。
謝謝
如果
Re：用SSR進行QK關聯分析謝謝您的回答，
我第一次進行分析（對於4.2的情況）花了8個多小時（機器：英特爾Xeron CPU E5-1620 3.60 GHz和64 Gb RAM）沒有完成。
在它運行時，我點擊了“查看日誌”和“打開SAS臨時文件夾”按鈕，它沒有響應。此外，我嘗試了10個標記，等待將近40分鐘，它永遠不會結束。我們有~420行，它們沒有太多，但我也嘗試計算壓縮的K矩陣，我得到以下錯誤：
錯誤：沒有一個模型融合。K矩陣無法壓縮。請檢查型號規格。
syserr = 0
exiterror = 1
錯誤：由於錯誤，KMatrixCompression退出。
我遵循指南的大部分規範，除了我選擇了二元特徵。
我可以根據需要發送日誌文件
謝謝
如果
Re：用SSR進行QK關聯分析你好LF，
我很遺憾聽到您在使用多等位基因標記進行QK分析時遇到麻煩。 我想向您介紹我們的技術支持專家，我會將您的聯繫轉發給他們，以幫助開辟支持軌道。 第一個問題我們可能需要您的設置和日誌文件，它們可以幫助您獲取正確的信息，以便我們可以弄清楚發生了什麼。
你讓它運行4.2的情況多久了？您是否在運行時查看了SAS Temp以查看文件是否仍在處理中？你有多少行（你的K矩陣的大小可以指數級地加工，特別是當你有多等位基因標記擴展到超過150的更多測試時）？我建議只選擇前5-10個標記並嘗試運行它以查看是否可以完成。
您還可以在“相關性度量”子菜單下嘗試K矩陣壓縮，以減少測試中K矩陣的大小，並獲得估計以確定隨機效果估計值。張等人。（Nature Genetics，2010）。
凱爾西米克勞斯
