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RNAseq 데이터의 Box-Cox 또는 VST 변형

친애하는 커뮤니티,

 

난 거대한 RNAseq 데이터 세트 (카운트 읽기)가 있고 난 그냥 다른 스타일로 읽기를 변환 싶어요. 내가 가장 잘 알고있는 소프트웨어는 bioconductor / R 일 수도 있지만 JMP13도 사용하고 있기 때문에 JMP를 사용하여 데이터를 box-cox 또는 variance-stabilizing 데이터 형식으로 변환 할 수 있는지 궁금합니다.

 

많은 도움을 주셔서 감사합니다.

 

마르쿠스

Re : Box-Cox 또는 RNAseq 데이터의 VST 변환많은 감사. 이 스크립트를 내 데이터에 적용하는 방법을 알고 계십니까? RNAseq 설정에서 다른 변수는 무엇입니까?



Re : Box-Cox 또는 RNAseq 데이터의 VST 변환JMP Genomics에서는 TPM, RPM, KDMM, TMM 및 Upper Quartile을 사용하여 데이터를 표준화 할 수 있습니다.

로그 제곱근 (log square root)과 같은 다양한 변환이 가능합니다.

JMP Genomics는 아마도 transcripts / genes가 행이고 샘플이 열이므로 매우 큰 데이터 세트에 더 적합 할 것입니다.

https://www.jmp.com/en_us/software/jmp-genomics.html

크리스
Re : Box-Cox 또는 RNAseq 데이터의 VST 변환

JMP에서 Box-Cox를 보여주는 멋진 샘플 데이터 테이블이 있습니다.

이동 :

    도움말 ==> 샘플 데이터 라이브러리

"Box-Cox"데이터 테이블을 엽니 다.

"Fit Model"이라는 데이터 테이블에 임베디드 스크립트가 있습니다.

스크립트 옆의 녹색 줄기를 클릭하여 해당 스크립트를 실행하십시오.

표시된 출력에서 Box-Cox 단락으로 스크롤하십시오.  빨간색 삼각형은 표시된 변환에서 취할 수있는 몇 가지 작업을 보여줍니다.

당신은 또한 "?" 도구를 선택하고 Box-Cox Transformations 그래프를 클릭하고 디스플레이에 대한 자세한 도움말을 얻으십시오.  

 

그리고 호기심에서 벗어나 왜 " bioconductor / R "이 JMP보다 더 나은 선택일까요?