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Transformación Box-Cox o VST de los datos de RNAseq

Querida comunidad,

 

Tengo un gran conjunto de datos RNAseq (recuentos de lectura) y solo quiero transformar las lecturas en diferentes estilos. Ofc. Sé que el mejor software para esto podría ser bioconductor / R, pero como también estoy usando JMP13, me pregunté si es posible transformar mis datos en un formato de datos box-cox o variance-stabilzing usando JMP.

 

Muchas gracias por su ayuda,

 

Markus

Re: Transformación Box-Cox o VST de datos RNAseqMuchas gracias. ¿Sabes cómo aplicar este Script en mis datos? ¿Cuáles son las otras variables en mi configuración de RNAseq?



Re: Transformación Box-Cox o VST de datos RNAseqEn JMP Genomics puede normalizar los datos utilizando TPM, RPM, KDMM, TMM y Upper Quartile.

Se pueden hacer varias transformaciones como log raíz cuadrada, etc.

JMP Genomics es probablemente más adecuado para conjuntos de datos muy altos como los que podría tener, ya que las transcripciones / genes son filas y las muestras son columnas.

https://www.jmp.com/en_us/software/jmp-genomics.html

Chris
Re: Transformación Box-Cox o VST de datos RNAseq

Hay una buena tabla de datos de muestra que ilustra Box-Cox dentro de JMP.

Ir:

    Ayuda ==> Biblioteca de datos de muestra

y luego abrir la tabla de datos "Box-Cox".

Hay una secuencia de comandos incrustada en la tabla de datos llamada "Fit Model"

Ejecute ese script haciendo clic en el triángulo verde al lado del script

En la salida mostrada, desplácese hacia abajo hasta el párrafo de Box-Cox.  El triángulo rojo muestra varias acciones que puede realizar en la transformación mostrada.

También puedes usar el "?" y haga clic en el gráfico de Transformaciones de Box-Cox y obtenga ayuda detallada en la pantalla.  

 

Y, por curiosidad, ¿por qué crees " bioconductor / R "sería una mejor opción que JMP?