Cara comunità,
Ho un enorme set di dati RNAseq (leggi i conteggi) e voglio solo trasformare le letture in diversi stili. Ofc So che il miglior software per questo potrebbe essere bioconduttore / R, ma visto che sto usando JMP13, mi sono chiesto se fosse possibile trasformare i miei dati in un formato di dati box-cox o di stabilizzazione della varianza usando JMP.
Molte grazie per il vostro aiuto,
Markus
C'è una bella tabella di dati di esempio che illustra Box-Cox all'interno di JMP.
Vai a:
Aiuto ==> Libreria dati di esempio
e quindi aprire la tabella di dati "Box-Cox".
C'è uno script incorporato nella tabella dati chiamato "Fit Model"
Esegui lo script facendo clic sul trangolo verde accanto alla sceneggiatura
Nell'output visualizzato, scorrere verso il basso fino al paragrafo Box-Cox. Il triangolo rosso mostra diverse azioni che puoi intraprendere sulla trasformazione visualizzata.
Puoi anche usare il "?" strumento e fare clic sul grafico Trasformazioni Box-Cox e ottenere assistenza dettagliata sul display.
E, solo per curiosità, perché pensi " bioconduttore / R "sarebbe una scelta migliore di JMP?
