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Box-Cox- oder VST-Transformation von RNAseq-Daten

Liebe Community,

 

Ich habe einen riesigen RNAseq-Datensatz (Readcounts) und möchte die Reads einfach in verschiedene Styles umwandeln. Ofc Ich weiß, dass die beste Software dafür Bioconductor / R ist, aber da ich auch JMP13 verwende, habe ich mich gefragt, ob es möglich ist, meine Daten mithilfe von JMP in ein Box-Cox- oder ein Varianz-Stabilisierungs-Datenformat umzuwandeln.

 

Vielen Dank für deine Hilfe,

 

Markus

Re: Box-Cox- oder VST-Transformation von RNAseq-DatenDanke vielmals. Wissen Sie, wie Sie dieses Skript auf meine Daten anwenden können? Was sind die anderen Variablen in meiner RNAseq-Einstellung?



Re: Box-Cox- oder VST-Transformation von RNAseq-DatenIn JMP Genomics können Sie die Daten mit TPM, RPM, KDMM, TMM und Upper Quartile normalisieren.

Es können verschiedene Transformationen durchgeführt werden, z.

JMP Genomics ist wahrscheinlich besser für sehr große Datensätze geeignet, wie Transkripte / Gene Zeilen und Samples Spalten sind.

https://www.jmp.com/en_us/software/jmp-genomics.html

Chris
Re: Box-Cox- oder VST-Transformation von RNAseq-Daten

Es gibt eine schöne Beispieldatentabelle, die Box-Cox in JMP veranschaulicht.

Gehe zu:

    Hilfe ==> Beispieldatenbibliothek

und öffnen Sie dann die Datentabelle "Box-Cox".

In der Datentabelle befindet sich ein eingebettetes Skript mit der Bezeichnung "Fit Model".

Führen Sie dieses Skript aus, indem Sie auf das grüne Kästchen neben dem Skript klicken

Scrollen Sie in der angezeigten Ausgabe zum Absatz von Box-Cox.  Das rote Dreieck zeigt mehrere Aktionen, die Sie für die angezeigte Transformation durchführen können.

Sie können auch das "?" Klicken Sie auf die Box-Cox Transformations-Grafik und erhalten Sie detaillierte Hilfe zur Anzeige.  

 

Und, aus Neugier, warum denkst du " Biokonduktor / R "wäre eine bessere Wahl als JMP?