JMP Genomics Comment adapter des matrices QK à une expérience multi-localisation<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Salut,
J'utilise JMP Genomics pour modéliser une expérience multi-localisation avec environ 400 cultivars. Avec un MAF = 0,05, environ 10 000 SNP sont retenus. Les analyses, sans tenir compte de la parenté entre les cultivars, semblent être OK. Cependant, je sais que certains de ces cultivars sont liés. Et j'aimerais en rendre compte dans la modélisation. En particulier, j'aimerais inclure les matrices QK lorsque j'analyse des emplacements, c'est-à-dire lorsque tous les emplacements sont analysés simultanément.
Si un tutoriel décrivant cela existe déjà, je serais heureux de le savoir. Si ce n'est pas le cas, cependant, j'apprécierais des informations sur mon problème.
Merci
jahn
Re: JMP Genomics Comment adapter les matrices QK dans une expérience multi-localisationSalut jahn
Excellente question. Cela devient un peu compliqué, alors je suggère d'envoyer un courriel support@jmp.com pour ouvrir une piste de support technique afin que nous puissions en discuter plus en détail. L'idée générale est que vos matrices Q et K seront composées de blocs identiques répétés pour chaque emplacement. Vous pouvez utiliser l'ensemble de données complet et estimer simultanément Q et K, ou vous pouvez les estimer à un seul endroit, puis les répliquer manuellement pour les autres emplacements (plus efficace).
J'espère que ça aidera un peu.
Merci,
Adam
