JMP Genomics So passen Sie QK-Matrizen in ein Experiment mit mehreren Standorten ein<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hallo,
Ich verwende JMP Genomics, um ein Multi-Location-Experiment mit ca. 400 Sorten zu modellieren. Bei einem MAF = 0,05 bleiben rund 10.000 SNPs erhalten. Die Analysen ohne Berücksichtigung der Verwandtschaft zwischen den Sorten scheinen in Ordnung zu sein. Ich weiß jedoch, dass einige dieser Sorten verwandt sind. Und das möchte ich bei der Modellierung berücksichtigen. Insbesondere möchte ich die QK-Matrizen einbeziehen, wenn ich standortübergreifend analysiere, dh wenn alle Standorte gleichzeitig analysiert werden.
Sollte bereits ein Tutorial vorhanden sein, würde ich mich gerne beraten lassen. Sollte dies nicht der Fall sein, würde ich mich über ein Feedback zu meinem Problem freuen.
Vielen Dank
Jahn
Re: JMP Genomics So passen Sie QK-Matrizen in ein Multi-Location-Experiment einHi Jahn,
Tolle Frage. Das wird etwas kompliziert, daher würde ich empfehlen, eine E-Mail zu senden support@jmp.com Um einen Tech Support-Track zu öffnen, können wir die Details weiter besprechen. Die allgemeine Idee ist, dass Ihre Q- und K-Matrizen aus identischen Blöcken bestehen, die für jeden Ort wiederholt werden. Sie können den vollständigen Datensatz und die Abschätzung von Q und K auf einmal verwenden, oder Sie können sie an einem einzigen Standort schätzen und dann manuell für die anderen Standorte replizieren (effizienter).
Hoffe das hilft ein bisschen.
Vielen Dank,
Adam
