datos de evolución temporal en formato de placa de microtitulación¿Alguien puede ayudarme con el generador de gráficos para generar los datos del transcurso del tiempo que se registran con un lector de placas de microtitulación?
He leído la publicación sobre el mapa de microplacas.Si bien eso es para datos bidimensionales. Con los datos de tiempo, ¿cómo se pueden definir los datos de rol del mapa? Gracias
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulación¡Lo hice usando la función de ajuste!Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulación¡Muchas gracias por la demostración! Ya casi estoy allí. La columna de pila es realmente una clave.
Mediante el filtro de datos local, puedo elegir que se muestre una determinada columna, pero aún así no puedo mostrarlas individualmente.
Como nuevo usuario, realmente aprecio la ayuda de usted y de Mark.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónLos datos se han apilado: las primeras 'n' filas corresponden a los datos del transcurso del tiempo para el primer recipiente del biorreactor, las siguientes 'n' corresponden al siguiente recipiente del biorreactor, etc. Var está en el eje y, la edad o la marca de tiempo en la x -eje, bireactor es la variable envolvente y/o la variable de filtro de datos.
Mirando su tabla de datos, para darle esta forma, primero necesitaría transponer los datos y luego apilar las columnas.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónParece que la tabla de datos fue transpuesta. Desea tener tres columnas: Ubicación, Hora y Respuesta. Entonces podría eliminar la primera fila del ejemplo y cambiar el nombre de las columnas como Ubicación , 562 , 1162 , etcétera. Es decir, el nombre de la penúltima columna es el valor de tiempo. Luego apila todas las columnas. excepto el primero ( Ubicación ). Asigne un nombre a la nueva columna de datos Respuesta y la nueva columna de etiquetas Tiempo . Cambie el tipo de datos a Numérico y el tipo de modelado a Continuo para Tiempo . Esos cambios deberían darle el diseño adecuado para este ejercicio.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónHola Dave,
¿Te importaría mostrarme tu tabla de datos? Cuando usa el filtro de datos local, ¿qué columna usa para hacer el filtro?
¿Cómo agrupas las diferentes columnas y las defines como biorreactores? Puse el nombre del reactor en la información de la columna. Así que cada columna son los datos de este reactor. Para cada punto de tiempo, los datos son una fila para un conjunto de reactores. En resumen, tengo una columna de serie temporal y todas las columnas de reactores. No tengo ninguna columna para seleccionar para el filtro. Estoy atascado en este punto. Gracias
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónMuchas gracias por sus pacientes respuestas. Entiendo la forma de usar la creación de gráficos para hacerlo con su descripción teóricamente.
Creo que todavía estoy atascado en un punto sobre cómo ingresas los datos en la tabla. Dado que mi formato de datos tiene una dimensión de serie temporal por hh: mm: ss y una dimensión de posición del pozo (A1, B2, etc.). Si coloca la identificación del pozo en una columna, los datos de tiempo estarán en la fila. Si bien mi información de tiempo exacto estará en una fila separada, lo que significa que debajo de una columna, los datos están mezclados. Como tratas con esto? Gracias
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulacióngracias david Esta podría ser una solución.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónComo dije antes, puede usar un filtro de datos local con Graph Builder para animar la pantalla con su variable de tiempo. Suelte la columna de datos con las ubicaciones de los pozos en la zona del mapa. Coloque la columna de datos con las respuestas en el lienzo. Esto es lo mismo que la 'plantilla'. Ahora haga clic en el triángulo rojo y seleccione Filtro de datos locales. Seleccione la columna de datos con sus tiempos y haga clic en Agregar. Cambie el intervalo para que sea lo suficientemente pequeño y luego arrastre el intervalo o haga clic en el triángulo rojo junto a Filtro de datos local y seleccione Animar.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónNo estoy seguro de que necesites usar el mapa. Simplemente trazaría mis variables frente al tiempo, envuelto o filtrado por buque
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónPuedo enviarle una muestra de datos si lo desea.
Gracias,
hui
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónSí. Usé esta plantilla para entender. Mi aplicación es que si tiene un conjunto de datos para un pozo, eso es un curso de datos en el tiempo.
¿Cómo pudiste dibujar eso?
hui
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónSi desea utilizar las formas de placas de microtitulación (pocillos) en Graph Builder, NO arrastre la columna y la fila a X e Y. En su lugar, solo arrastre la columna con la ubicación a la zona del mapa. A continuación, debería ver las formas (8 filas por 12 columnas). Luego arrastre la columna con la respuesta al centro de las formas.
Consulte esta entrada en la sección Intercambio de archivos de la comunidad JMP: Formas de placas de microtitulación
Explicará cómo usarlos e incluye un ejemplo para que pueda verificar que funciona según lo previsto. También puede usar el ejemplo para confirmar que le dará el resultado que desea.
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónGracias por su respuesta. Mi análisis de datos particular es para un ensayo de cinética enzimática.
Tengo datos de curso de tiempo en cada pozo para 96 pozos. El diseño del lector de placas generalmente es que en la dirección de la columna es el tiempo diferente, en la fila habrá diferentes pocillos.
entonces los datos reales de lectura están en la tabla. Puedo dibujar la lectura como Y y el tiempo como X en el generador de gráficos. ¿Cómo podría dibujar todos los 96 conjuntos de datos como una curva Y frente a X en el diseño de la placa de 96 pocillos?
Mejor,
hui
Re: datos de curso de tiempo en formato de placa de microtitulaciónLa respuesta depende de lo que quieras hacer con estos datos. Por ejemplo, si desea examinar el cambio en la respuesta a lo largo del tiempo mientras observa la pantalla de la placa de microtitulación, puede usar la animación a través de un filtro de datos, que está configurado para filtrar la variable de tiempo, y simplemente agregar un nuevo columna para el tiempo. Arrastre la columna con la ubicación del pozo a la zona del Mapa para obtener la forma. Arrastre la columna con la respuesta al lienzo para obtener la respuesta media. Ahora haga clic en el triángulo rojo junto a Graph Builder y seleccione script > Redo > Local Data Filter. Seleccione la columna con el tiempo para el filtro.
¿Te ayuda este ejemplo o estás tratando de hacer algo muy diferente?
Re: datos del curso temporal en formato de placa de microtitulaciónExcelente pregunta. Visualizar datos del curso temporal en un formato de 96 pocillos definitivamente puede resultar complicado, especialmente cuando se intenta preservar tanto la cinética como la disposición espacial de la placa.
Un método que me ha funcionado es transformar primero los datos sin procesar en un formato largo donde cada fila incluya: Tiempo, ID del pocillo (p. ej., A1, A2…) y la medición correspondiente. Después, en el Constructor de Gráficos, se puede asignar el Tiempo al eje X y la Respuesta al eje Y. Para conservar la disposición visual de la placa, utilice el ID del pocillo para mapear los datos espacialmente. Arrastre el ID del pocillo a la zona del Mapa, que debería reflejar la posición física de cada pocillo en la placa.
Para ver la cinética completa de los 96 pocillos a la vez, también puede considerar el uso de múltiplos pequeños (gráficos de facetas). Cada panel mostrará la evolución temporal de un solo pocillo, lo que le permitirá detectar valores atípicos, tendencias o patrones en la placa. Si su software lo permite, la facetación por filas y columnas (según la disposición de la placa) facilitará aún más la interpretación.
Además, para mapear la placa y planificar su visualización de manera más efectiva, puede encontrar útil esta plantilla de placa de 96 pocillos : es una referencia práctica al momento de alinear su estructura de datos con el diseño físico de la placa de microtitulación.
¡Espero que esto te sea útil! Avísame si necesitas ayuda para reestructurar tu conjunto de datos o configurar los múltiplos pequeños.
Re: Datos de series temporales en formato de placa de microtitulaciónUna configuración que suele funcionar bien consiste en reorganizar los datos en un formato apilado en lugar de intentar mantener una columna por pocillo o biorreactor. En esta estructura, cada fila representa una única medición con columnas como Tiempo, ID de Pocillo/Biorreactor, Respuesta y, opcionalmente, ID de Tratamiento o Placa. A continuación, se puede asignar el Tiempo al eje X, la Respuesta al eje Y y usar Pocillo/Biorreactor como variable de agrupación, color o ajuste.
Re: Datos de series temporales en formato de placa de microtitulaciónHola @choufree
Solo quería agregar algo a esta conversación, otra forma útil de visualizar las placas es combinar la lectura estándar de la placa (es decir, DO máxima por pozo) y la serie temporal junto con etiquetas emergentes (ver más abajo).
Para ello, crea los gráficos de tu serie temporal en el Generador de gráficos y, a continuación, pulsa el botón rojo > Convertir en tabla de datos. Esto convierte los gráficos en una imagen para cada fila. Vuelve a incorporarla a tu tabla original (por ejemplo, con Unir o Actualizar) y, a continuación, puedes usar la columna de la imagen como etiqueta.
Adjunto una tabla de datos para que la veas (necesitas los archivos shapefile del mapa en tu carpeta de mapas).
Gracias,
Ben
